mopac怎么回事

xyz · 发表于 Post on 2015-2-11 09:47:53

openmp并行32核比gaussian差的不是一点半点。优化320个原子的体系，高斯哗哗的走，15分钟就搞定了。MOPAC2012开了BFGS，5、6分钟刷一个cycle，整了几个小时还没完。而且MOPAC并行调用负载均衡做的超烂，时而占有率能到3200%，时而就99%，平均估计也就用了4、5个核左右。当时不知道看了网上哪个帖子说MOPAC并行PM6比高斯好，浪费了三天，幸好做了测试。

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-11 10:21:41

你在MOPAC里没有用对方法。要么用EF，要么用LBFGS，对于你这样大小的体系不到10秒钟就能走一步。不要用BFGS，否则极慢。

高斯的半经验不支持并行。
MOPAC的半经验的效率绝对高于高斯，特别是对于大体系，速度甚至快几个数量级。虽说MOPAC的并行效率不怎么样，但这不是问题。

xyz · 发表于 Post on 2015-2-11 11:51:28

试了LBFGS，比BFGS更慢，15分钟了没出一个CYCLE，大概是体系相关。。。

高斯的问题，l301,l302,l401,l502都是并行的，全程保持2400%～3200%的cpu利用率, 除非高斯虚报使用率，否则并行是肯定的。

xyz · 发表于 Post on 2015-2-11 11:54:54

试了09C01-smp和09D01版本，都是并行的

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-11 12:10:34

把你的MOPAC输入文件发上来我看看

xyz · 发表于 Post on 2015-2-11 12:17:29

谢谢帮忙检查！

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-11 12:25:10

建议你对比一下G09串行和并行半经验计算的wall clock时间，会发现并行不并行没多大区别，16核就比串行快不到一半，虽然看似并行计算的时候CPU占满了。

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-11 13:00:49

加上PL关键词就可以看到每一步迭代的过程，1秒钟好几步，比起Gaussian几秒钟一步快一个数量级。
但是你的体系太复杂了，一堆I、Cl、Pb堆在一起，导致MOPAC一直SCF迭代没有收敛，所以你看到优化过程奇慢。Gaussian收敛控制得比较好，最终收敛了，但即使如此我这里对初始结构做SCF也用了高达96步。

对于“正常”的体系，比如算个10个碱基对儿的DNA，MOPAC转眼就能优化完，完全不是高斯能企及的。

对于当前体系，建议适当地调调结构，修改、简化一下，反复尝试几遍，估计MOPAC就能收敛了。比如说，先把所有I去掉，如果优化收敛了，然后步步为营再把I加进去。

xyz · 发表于 Post on 2015-2-11 13:07:27

非常感谢，我先把一些局部结构弄好再往上一个个扔。

北纬18° · 发表于 Post on 2015-2-11 18:18:12

你用的关键词：PM7 LFGS CYCLES=2000
在 http://openmopac.net/manual/allkeys.html 没用找到关键词 LFGS.

xyz · 发表于 Post on 2015-2-12 12:21:04

上来update一下，对于难收敛的烂体系，一定要开EF，一上来就开shift=10和pulay (真不行再加camp, 参见http://openmopac.net/manual/SCF_convergence.html). 第一轮熬过去，后面就是康庄大道。感谢sobereva的PL关键字提示.

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[MOPAC] mopac怎么回事

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