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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-11-19 21:01:17 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-11-19 19:02
感谢,还有个问题,能否再给我说说负能垒的物理意义,如果再写文章过程中,怎么阐述比较好呢?感谢 ...

当能垒足够接近0的时候,能垒就没有物理意义了,因为能垒是过渡态理论的概念,能垒足够低的时候过渡态理论就不成立了,也就是能垒和反应速率不成指数关系了,甚至会出现能垒降低反应速率反而降低的现象。所以负能垒没有物理意义,但是像能垒是正的1kcal/mol、2kcal/mol这种也没有物理意义。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-20 04:36:07 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-11-19 19:02
感谢,还有个问题,能否再给我说说负能垒的物理意义,如果再写文章过程中,怎么阐述比较好呢?感谢 ...

说清楚是电子能量还是自由能,自由能绝对不要用“能量”来描述,会造成严重混淆

TS的自由能低于反应物是老生常谈,公社论坛首页google框搜索 过渡态 反应物 低,有无数帖子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-11-22 22:22:22 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我用UDFT优化具有D2h对称性蒽醌分子的T1态是B1G对称性(输出log中表明“The electronic state is 3-B1G.”),由于DFT优化的T1态无法确定跃迁轨道性质,请问B1G对称性是如何确定的呢?1

orbital.png (64.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

orbital.png

t1.log

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发表于 Post on 2020-11-26 22:40:02 | 只看该作者 Only view this author
sob老师打扰了,为什么我用sobMECP计算的时候Max change of X都是0.02不发生变化,老师您给的test中的例子是不断变小的,这是为什么呀?估计这就是我的MECP不收敛的原因

问题.JPG (165.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

问题.JPG

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发表于 Post on 2020-11-27 10:20:38 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算重元素的CCSD(T)单点校正出现801错误

各位老师好!我正在做CCSD(T)单点计算,基组:Th (cc-pVTZ-PP),O和H( 6-311++G(d,p)).先是得到L801錯誤(excessive mixing of frozen core and valence orbitals.)
然后按照论坛上的报错提示,加了CCSD(T,full).但是运行不成功,这种问题应该怎么解决?

1ThO.gjf

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1ThO.out

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3TS5-Th.gjf

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3TS5-Th.out

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发表于 Post on 2020-11-27 10:29:28 | 只看该作者 Only view this author
CCSD(T, full)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 10:36:03 | 只看该作者 Only view this author

1ThO.out 重跑
3TS5-Th.out 给的内存不够

PS:6-311++G(d,p)用于CCSD(T)是很荒诞的,何况这体系还很小。没有任何理由不用cc-pVTZ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 10:38:18 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2020-11-26 22:40
sob老师打扰了,为什么我用sobMECP计算的时候Max change of X都是0.02不发生变化,老师您给的test中的例子 ...

看看优化轨迹
可能是震荡了。改改步长上限试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 10:40:23 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-11-22 22:22
Sob老师,我用UDFT优化具有D2h对称性蒽醌分子的T1态是B1G对称性(输出log中表明“The electronic state is  ...

既然轨道的不可约表示都给出了,自行对占据轨道做直积就得到了
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发表于 Post on 2020-11-27 12:45:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-27 10:38
看看优化轨迹
可能是震荡了。改改步长上限试试

谢谢sob老师,老师怎么看它是否震荡了,用giew或VMD如何看震荡了

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发表于 Post on 2020-11-27 14:12:31 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2020-11-27 12:45
谢谢sob老师,老师怎么看它是否震荡了,用giew或VMD如何看震荡了

打开输出文件搜每步的能量即可
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2020-11-27 16:38:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-27 14:12
打开输出文件搜每步的能量即可

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-11-27 16:41:11 | 只看该作者 Only view this author

高斯出现Link died! 请大家帮忙分析原因

本帖最后由 Jerry_Wang 于 2020-11-27 16:43 编辑

各位老师,大家好,请教大家一个问题。
高斯程序跑了一段时间后,出现了 Link died!  

如下图所示,想请大家帮忙分析一下原因



.out 文件的最后显示是这样的


输入文件 .gif 如下所示:

%nprocshared=2
%mem=1GB
%chk=C:\Users\nercict\Desktop\35_yichun_1.chk
# opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=ethanol) geom=connectivity


35_yichun_1


0 1
C                 21.03650000   15.99480000   23.20390000
C                 22.21880000   16.56440000   23.87760000
O                 22.62610000   17.71920000   23.92710000
O                 22.85250000   15.63850000   24.61110000
C                 20.34970000   14.86200000   23.74020000
C                 19.08540000   14.50300000   23.29920000
O                 18.23400000   13.57140000   23.82860000
C                 18.69190000   13.05960000   25.08030000
C                 18.54440000   15.28400000   22.24170000
C                 19.15750000   16.39320000   21.70840000
O                 18.76550000   17.00060000   20.51400000
C                 17.53770000   17.74520000   20.75780000
C                 20.39460000   16.78630000   22.24450000
H                 23.63400000   15.92930000   25.11620000
H                 20.82600000   14.35600000   24.52940000
H                 19.54030000   12.38170000   24.84450000
H                 18.89880000   13.83220000   25.77430000
H                 18.00930000   12.38350000   25.61060000
H                 17.63050000   14.90180000   21.75970000
H                 17.08420000   17.91660000   19.73530000
H                 16.90920000   17.20280000   21.47690000
H                 17.88490000   18.75580000   21.14890000
H                 20.80900000   17.71610000   21.84620000
C                 23.43120000   16.09990000   27.64810000
C                 24.88740000   15.81340000   27.27090000
O                 25.06810000   15.83700000   25.84310000
H                 23.26600000   15.85630000   28.72230000
H                 22.70690000   15.40790000   27.25180000
H                 23.11510000   17.10310000   27.36950000
H                 25.24480000   14.81560000   27.54920000
H                 25.39560000   16.65890000   27.79620000
H                 25.99630000   15.66810000   25.58930000


1 2 1.0 5 1.0 13 2.0
2 3 2.0 4 1.0
3
4 14 1.0
5 6 2.0 15 1.0
6 7 1.0 9 1.0
7 8 1.0
8 16 1.0 17 1.0 18 1.0
9 10 2.0 19 1.0
10 11 1.0 13 1.0
11 12 1.0
12 20 1.0 21 1.0 22 1.0
13 23 1.0
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24 25 1.0 27 1.0 28 1.0 29 1.0
25 26 1.0 30 1.0 31 1.0
26 32 1.0
27
28
29
30
31
32

请大家帮忙分析一下,感谢各位老师啦!






35_yichun_1.gjf

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发表于 Post on 2020-11-27 16:47:33 | 只看该作者 Only view this author
说明有的键角本来不是180度,但是在优化过程中变成了180度,这样的话涉及这个键角的二面角就没有定义了。
把你优化的最后一步的结构作为初始结构,重新优化,如果还不行,用modredundant改变内坐标的定义,去掉那个变成180度的键角,同时加几个新的键角,再试。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-27 17:36:20 | 只看该作者 Only view this author

高斯中如何指定分子带电荷?

新手小白提问,还请各位老师们不吝赐教。如何指定分子的某一原子上带电荷呢?是最后通过修改自旋多重度来控制吗?
我要算的是4硝基苯硫酚,结构如下图:



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