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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-8 12:21:44 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-7-7 14:58
请教各位老师,我用CYLview20打开Gaussian09优化结构输出的log文件,一片空白,可能是因为什么原因?另,求 ...

2.0的事发邮件问作者

1.0地址
链接:https://pan.baidu.com/s/1PimM0MkQYYteFpzQVRmpLg
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-7-8 14:56:07 | 只看该作者 Only view this author
ZSM-5分子筛负载金属

求助大佬:通过MS 截取ZSM-5分子筛,Al取代12位的Si,
                在负载Zn时,把Zn放进双十元环内,Zn的具体方位应该怎么判断呢?

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发表于 Post on 2021-7-8 15:45:00 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-8 07:56
ZSM-5分子筛负载金属

求助大佬:通过MS 截取ZSM-5分子筛,Al取代12位的Si,

第一,查文献看看有没有人研究过应该放在哪;第二,如果没有,那么把所有可能的位点都算一下(用的理论级别可以比你实际计算的理论级别低一些也没关系),取能量最低的。
所有找吸附位点/负载位点的问题都是这个答案
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-8 16:30:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-8 15:45
第一,查文献看看有没有人研究过应该放在哪;第二,如果没有,那么把所有可能的位点都算一下(用的理论级 ...

好的 谢谢大佬

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发表于 Post on 2021-7-8 16:52:32 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,我在用gaussian09选择半经验PM6-D3优化一个超分子组装体(2个主体,2个客体,200-300个原子,主要作用力是派派堆积)的过程中,使用常规的opt和GDIIS命令均出现FormBX报错。我尝试用cartesian坐标优化,但均出现Diagonalization in DiagDN失败的报错,请问如何解决这个优化失败的问题?另外常见的半经验优化方式AM1-D、PM3-D、OM1/2/3-D、PM6-DH1、PM6-DH2、PM6-DH2X、PM6-DH+、PM6-D3H4和PM7等在Gaussian09上是否可以使用,关键词如何查询呢?

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发表于 Post on 2021-7-8 17:49:16 | 只看该作者 Only view this author
Edwardlfz 发表于 2021-7-8 09:52
请教各位老师,我在用gaussian09选择半经验PM6-D3优化一个超分子组装体(2个主体,2个客体,200-300个原子 ...

是不是初始结构不合理,比如有原子离得太近了,或者晶体无序原子没有处理?
建议肉眼检查一下结构是不是完全合理,如果合理,可以用UFF先优化一下,UFF优化完的结构再上PM6
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-8 20:07:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-8 17:49
是不是初始结构不合理,比如有原子离得太近了,或者晶体无序原子没有处理?
建议肉眼检查一下结构是不是 ...

好的谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-9 08:48:15 | 只看该作者 Only view this author
Edwardlfz 发表于 2021-7-8 16:52
请教各位老师,我在用gaussian09选择半经验PM6-D3优化一个超分子组装体(2个主体,2个客体,200-300个原子 ...

G09里能描述色散作用的半经验方法只有PM6D3可用

这种问题不给输入输出文件没法简单判断
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发表于 Post on 2021-7-9 13:18:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-9 08:48
G09里能描述色散作用的半经验方法只有PM6D3可用

这种问题不给输入输出文件没法简单判断

好的,感谢老师

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发表于 Post on 2021-7-9 19:45:53 | 只看该作者 Only view this author
多个用户使用gaussian,那么在安装时,scratch文件夹创建在g09文件夹下可以吗(不同用户调用时产生的碎片会不会干扰)?还是要将scratch文件件创建在每个用户自己的文件夹下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-10 09:37:47 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2021-7-9 19:45
多个用户使用gaussian,那么在安装时,scratch文件夹创建在g09文件夹下可以吗(不同用户调用时产生的碎片会 ...

可以。不会干扰,因为临时文件是根据PID号命名的,不会重复
放到自己目录下的话用户自己清理起来方便
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发表于 Post on 2021-7-10 13:19:37 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,想问一下是不是所有的开壳层UDFT计算都用到broken symmetry方法?

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发表于 Post on 2021-7-10 15:25:36 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-7-10 06:19
sob老师您好,想问一下是不是所有的开壳层UDFT计算都用到broken symmetry方法?

不是,如果体系的单电子都是alpha电子,没有成单的beta电子,就不需要做broken symmetry
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-11 12:55:32 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-7-10 13:19
sob老师您好,想问一下是不是所有的开壳层UDFT计算都用到broken symmetry方法?

只有自旋多重度为1的开壳层体系做UKS计算才需要特意考虑对称破缺(这里指使用对称破缺初猜)
自旋多重度大于1的情况,默认初猜下UKS计算得到的波函数本身就是对称破缺的
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发表于 Post on 2021-7-12 09:10:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-10 15:25
不是,如果体系的单电子都是alpha电子,没有成单的beta电子,就不需要做broken symmetry

谢谢老师

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