怎么评价gromacs模拟体系的合理性？

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-3 15:14:59

本帖最后由 yaochuang 于 2015-3-3 15:18 编辑

请教各位老师，
利用gromacs做分子模拟时，有没有什么参数可以用来评价体系的合理性？
比如初始建立的模拟，如何判断其合理性呢？
以及在动力学模拟之前一般需要使体系的能量最小化，以及使体系初步平衡。这些有没有具体的参数可以用来评价呢？
然后就是在动力学模拟过程中，模拟的时间长短是自己设定的。有没有什么参数可以用来评价我设定的这个模拟时间是不是合理呢（也就是说如何判断我设定的这个时间长度就是足够的）？

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-3 15:41:38

这个必须看具体问题。比如均相小分子体系，压力、能量、盒子尺寸等等平均值不怎么变了就算是平衡了，但是对于诸如蛋白质，就不能这么判断平衡，一般都看蛋白RMSD曲线。
模拟时间也是，比如模拟水盒子100ps就足够平衡了，但是膜体系得模拟几十ns甚至上百ns往往才能充分平衡。

所以必须知道研究的体系和问题后才能回答怎么设定合理。

如果没把握，模拟前应当先看多看相关模拟的文献来作为参考。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-3 15:54:45

sobereva 发表于 2015-3-3 15:41
这个必须看具体问题。比如均相小分子体系，压力、能量、盒子尺寸等等平均值不怎么变了就算是平衡了，但是对 ...

谢谢sob老师，那我再多看些文献。

shx · 发表于 Post on 2015-3-5 18:02:21

你可以用体系的性质与实验值相比较，由此来判断你的参数，模拟条件等是否合理

yaochuang · 发表于 Post on 2015-3-6 09:11:56

shx 发表于 2015-3-5 18:02
你可以用体系的性质与实验值相比较，由此来判断你的参数，模拟条件等是否合理

谢谢！
我的问题主要是这样的，就是计算的体系性质与实验中的不一样的时候，如何判断问题主要出现在哪儿？我判断不了究竟是初始模型的不对，还是说动力学模拟的时间不够或者是其他什么原因。

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-6 09:14:10

yaochuang 发表于 2015-3-6 09:11
谢谢！
我的问题主要是这样的，就是计算的体系性质与实验中的不一样的时候，如何判断问题主要出现在哪儿 ...

如果通过经验、知识无法判断，就只能通过trial & error，类似对比实验，把可能造成问题的因素逐一排除，一般最后总能找到办法。

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