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[GAMESS-US] gamess计算大体系cpu利用率很低

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大家好,我初次使用gamess做能量分解计算,发现cpu利用率很低很低,具体是在SCF自洽迭代的这步。我怀疑是不是我的体系太大了?还是输入文件写法有误?我有41个原子,带-1电荷,并且采用的是b3lyp/6-311++G**的基组,具体用了一个节点12个CPU。具体输入文件和cpu利用率如下:
$contrl scftyp=rhf runtyp=eda dfttyp=b3lyp coord=PRINAXIS icharg=-1 mult=1
  nosym=1 $end
$guess  guess=Huckel $end
$system mwords=100 memddi=1200 $end
$basis gbasis=N311 ngauss=6 npfunc=1 ndfunc=1 diffsp=.true. diffs=.true. $end
$lmoeda matom(1)=3,38 mcharg(1)=-1,0 mmult(1)=1,1 supbas=.true. $end
$data
scn-eda
C1
S   16.0               8.70568300   16.32682200    6.24519900
N    7.0               6.56457800   14.51240300    6.68352900
C    6.0               7.45736300   15.25941100    6.50567800
Cl  17.0              11.77992900   19.98115600    7.22841100
Cl  17.0               3.92773300   11.07773000    7.40154500
O    8.0               8.14856900   12.11322000    9.56107400
O    8.0              11.33466900   15.68799800    9.44492700
O    8.0               7.92739100   18.70089400    9.85163500
O    8.0               4.73681800   15.13130700    9.89223200
N    7.0               4.39076400   13.19773100    8.81435900
N    7.0               6.17905400   11.65257100    8.58987500
N    7.0               6.47739100   13.64642800    9.84242000
N    7.0              11.51953400   17.69421600    8.45615400
N    7.0               9.74374800   19.25455500    8.66631800
N    7.0               9.62327300   17.16591500    9.78203500
C    6.0               5.23314100   13.95608500    9.51478600
C    6.0               4.93798000   12.07272300    8.38498600
C    6.0               6.89334600   12.49795900    9.33685500
C    6.0               9.00106600   12.99674400   10.23677600
C    6.0               9.16797500   12.85396400   11.60438300
H    1.0               8.59022900   12.11154400   12.14711700
C    6.0              10.06198100   13.69987700   12.25666300
H    1.0              10.18748800   13.61971400   13.33129100
C    6.0              10.78909600   14.65415600   11.54777300
H    1.0              11.48450800   15.32207700   12.04757800
C    6.0              10.58366300   14.75509200   10.18172300
C    6.0               9.69393000   13.94274900    9.49463900
H    1.0               9.50940100   14.08245300    8.43360200
C    6.0              10.79386400   16.88375000    9.23419300
C    6.0              10.93031700   18.85925900    8.23756100
C    6.0               9.13579700   18.34486300    9.43387700
C    6.0               7.16570400   17.76393500   10.56815500
C    6.0               7.17366600   17.81253400   11.95160100
H    1.0               7.81498100   18.52012800   12.46854800
C    6.0               6.36660900   16.91624900   12.64858800
H    1.0               6.37914800   16.91515100   13.73297500
C    6.0               5.55262300   16.01235000   11.97070300
H    1.0               4.91813300   15.31078300   12.50350600
C    6.0               5.58391800   16.00577000   10.58588200
C    6.0               6.38736800   16.86681700    9.85305300
H    1.0               6.44106000   16.80576300    8.77059100
$end

谢谢大家了!

QQ截图20150310170436.png (47.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 72)

cpu利用率

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发表于 Post on 2015-3-10 18:19:47 | 只看该作者 Only view this author
先做个普通的单点任务,比较一下12核和串行情况下运行的实际耗时,以确认到底是否并行正常。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-11 13:36:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-10 18:19
先做个普通的单点任务,比较一下12核和串行情况下运行的实际耗时,以确认到底是否并行正常。

老师,谢谢您的回复。我测试过基组精度仅为3-21G时,进行同样的能量分解计算,并行cpu利用率基本100%的,所以推断基组太大了?不合理啊,仅仅是scf自洽迭代部分,照理说体系和基组又不大的。是不是在安装gamess-1 MAY 2013 (R1)时候有问题?我是按照您博客上“GAMESS-US 2013-May版编译方法”一步步安装的,并且测试任务的结果全部检验通过的。并行选的是sockets。谢谢您了!

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发表于 Post on 2015-3-11 14:38:32 | 只看该作者 Only view this author
从你的截图看,似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap,造成硬盘大量读写,此时容易造成CPU占用率很低,闲着没事干。
计算时注意看看硬盘是否正在频繁读写。

可以将并行核数降低到2、4再看看情况。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-13 10:35:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-11 14:38
从你的截图看,似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap,造成硬盘大量读写,此时容易造成CPU ...

谢谢您的回复!貌似核数下降还是老样子。。。另外,我想问下您gamess能跨节点并行吧?安装时候跟原先选sockets有啥区别呢?我选择mpi时发现,编译ddi里面并没有生成ddikick.x呢。谢谢!

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发表于 Post on 2015-3-13 12:56:39 | 只看该作者 Only view this author
跨节点、MPI方式编译我没试过
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发表于 Post on 2015-6-19 12:28:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huanyizhen 于 2015-6-19 16:49 编辑
sobereva 发表于 2015-3-11 14:38
从你的截图看,似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap,造成硬盘大量读写,此时容易造成CPU ...

sob老师,我遇到的情况和楼主图片中的情况一样,top后,每项显示都差不多。我用1核来计算时,cpu利用率升高了一些,但也只有30%左右且不很稳定。总共16G的内存,已全部占满了,遇到这种情况,该如何解决呢?
kernel.shmmax=333554432;kernel.shmall=20097152  inp文件如图

HZ18UDMRIM@%MAI}QLGDJSA.png (3.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

HZ18UDMRIM@%MAI}QLGDJSA.png

2XZ4WCY_}0QL2VJ}8SW5T[W.png (9.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 85)

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发表于 Post on 2015-6-19 21:36:39 | 只看该作者 Only view this author
huanyizhen 发表于 2015-6-19 12:28
sob老师,我遇到的情况和楼主图片中的情况一样,top后,每项显示都差不多。我用1核来计算时,cpu利用率升 ...

你看看是否正在大量读写硬盘。
可以看硬盘灯是否在闪,也可以用vmstat 3 -S M命令,每3秒采集一次硬盘状态,由此可以看硬盘是否正在读写,以M为单位输出。运行一般没有读写硬盘的任务时,显示的bi、bo也就是0至几十。如果上万了或者更多,就说明在读写硬盘比较厉害。
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发表于 Post on 2015-6-22 20:06:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-13 12:56
跨节点、MPI方式编译我没试过

mpi 和socket 都是可以支持跨节点的。
只是需要注意的是并行环境,如果是千兆网,节点间的并行效果不太好。不要超过4节点吧。

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