在Gaussian中做限制性优化的方法

lqhenwunai · 发表于 Post on 2021-9-6 10:22:13

wzkchem5 发表于 2021-9-5 16:37
翻一翻比较新的国外的量化教材，找找有没有这个论述。另外https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c ...

谢谢，我看一下。

lqhenwunai · 发表于 Post on 2021-9-6 10:24:17

wzkchem5 发表于 2021-9-5 16:37
翻一翻比较新的国外的量化教材，找找有没有这个论述。另外https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c ...

谢谢。我看一下。顺便请问下，你是用什么关键词搜索的?

lqhenwunai · 发表于 Post on 2021-9-6 10:25:11

sobereva 发表于 2021-9-5 12:41
这种显然不合理的行为不会有文献专门说

谢谢。但是老板非要这么做。请问有什么教材有介绍么？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 15:12:10

lqhenwunai 发表于 2021-9-6 10:25
谢谢。但是老板非要这么做。请问有什么教材有介绍么？

教材里难道还会专门讲怎么做无意义的计算？

如果他执意这么做，你让他说出理由、必要性、证明合理性，这种问题是内行审稿人也会问的；如果逼你这么做，也不给个说法，你就这么做，到时候通过审稿人的comment来教育他。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-6 16:01:55

sobereva 发表于 2021-9-6 08:12
教材里难道还会专门讲怎么做无意义的计算？

如果他执意这么做，你让他说出理由、必要性、证明合理性， ...

如果审稿人真揪出来这个问题倒是好事，就怕审稿人没看出这个问题，文章发出来了，丢人现眼，影响文章作者的前途

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-6 16:04:16

lqhenwunai 发表于 2021-9-6 03:24
谢谢。我看一下。顺便请问下，你是用什么关键词搜索的?

我没有搜，只是以前恰好看到过这篇文章而已，你沿着这篇文章的参考文献顺藤摸瓜就行了

加州旅馆雨 · 发表于 Post on 2021-10-15 18:44:24

请问各位老师，用固定优化来初期找过渡态的时候，关键词里要放“ts"吗？是opt=(modredundant)还是opt=(ts,modredundant)？不加”ts“是不是理论上会有更大的概率找到一个中间体？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-16 03:15:43

加州旅馆雨发表于 2021-10-15 18:44
请问各位老师，用固定优化来初期找过渡态的时候，关键词里要放“ts"吗？是opt=(modredundant)还是opt=(ts, ...

如果你在找过渡态时候要通过modredundant施加限制，那么是后者。但这不是什么普适的做法，强烈不建议随便用。

加州旅馆雨 · 发表于 Post on 2021-10-16 15:42:53

sobereva 发表于 2021-10-16 03:15
如果你在找过渡态时候要通过modredundant施加限制，那么是后者。但这不是什么普适的做法，强烈不建议随便 ...

谢谢sob老师的回答。比如我找某个3+2成环反应的过渡态，常规的做法第一步我通过opt=modredundant限制了两根键得到一个初始结构，第二步再拿这个优化后的初始结构放开所有限制去跑opt=(ts)判断是否是为想要的过渡态。我现在很好奇，如果我在第一步中多加一个ts的关键词[opt=(ts,modredundant)]然后再第二步放开限制跑opt=(ts)，在其他条件都不变的情况下，理论上会不会增加第二步找到想要的过渡态的成功几率，会不会是一种更科学的写法。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-16 18:38:47

加州旅馆雨发表于 2021-10-16 15:42
谢谢sob老师的回答。比如我找某个3+2成环反应的过渡态，常规的做法第一步我通过opt=modredundant限制了两 ...

你的做法绝对不是什么“常规的做法”
本来3+2成环反应就不复杂，直接手动摆个初猜就完了，先做限制性优化多此一举。
实在自己摆初猜老也收敛不到期望的过渡态再试你这种迫不得已才考虑的trick。

加州旅馆雨 · 发表于 Post on 2021-10-18 09:35:11

sobereva 发表于 2021-10-16 18:38
你的做法绝对不是什么“常规的做法”
本来3+2成环反应就不复杂，直接手动摆个初猜就完了，先做限制性优 ...

好的，谢谢sob老师回复

lychee321 · 发表于 Post on 2022-5-29 11:38:19

本帖最后由 lychee321 于 2022-5-30 17:03 编辑

各位老师好！我需要在优化构型的时候保持分子骨架为平面，我尝试了将分子先大致对齐X-Y平面，然后手动把笛卡尔坐标下的Z坐标改成0，最后采用g16的GIC的功能frozen目标原子的Z(i)，但计算完之后分子还是扭转了变成了非平面。我用氯仿作为模型尝试了多个输入文件的写法均不能有效实现单一坐标的冻结，请问这是什么原因，怎么实现我的需要？
以下为我尝试的输入文件写法（一开始我以为是我使用GIC功能用的不对，所以试了几个）：
1.
# opt=addGIC freq b3lyp/6-31g(d,p)

CF

0 1
C                -0.00000000 0.00000000 0.00000000
H                0.00000000 -1.00880567 0.00000000
H                -0.87365134 0.50440284 0.00000000
H                0.87365134 0.50440284 0.00000000
Cl             -0.00000000 0.00000000 -1.65038448

Z(1-4) F

2.
# opt=addGIC freq b3lyp/6-31g(d,p)
xxxx
Z(1) F
Z(2) F
Z(3) F
Z(4) F

3.
# opt=addGIC freq b3lyp/6-31g(d,p)
xxxx
ZCntr(1-4) F

4.
# opt=addGIC freq b3lyp/6-31g(d,p) nosymm
xxxx
ZCntr(1-4) Frozen

5.
# opt=addGIC freq b3lyp/6-31g(d,p)
xxx
Cartesian(1,Z) F
Cartesian(2,Z) F
Cartesian(3,Z) F
Cartesian(4,Z) F

6. 这个没有用GIC，但优化出来也没有保持平面
# opt=modredundant freq b3lyp/6-31g(d,p)
xxx
1 2 3 4 F

lychee321 · 发表于 Post on 2022-5-29 12:42:36

lychee321 发表于 2022-5-29 11:38
sob老师好！我需要在优化构型的时候保持分子骨架为平面，我尝试了将分子先大致对齐X-Y平面，然后手动把笛卡 ...

请问是什么情况

zch22076027 · 发表于 Post on 2022-8-1 09:50:46

请问sob老师可以对全优化结构的部分原子做freq嘛我试了上述的方法报错了

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-1 22:00:56

zch22076027 发表于 2022-8-1 09:50
请问sob老师可以对全优化结构的部分原子做freq嘛我试了上述的方法报错了

可能可以，但这没什么实际意义

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