在Gaussian中做限制性优化的方法

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-19 03:10:43

咕噜咕噜发表于 2023-5-18 21:27
想问下老师异构体优化可以采用限制性优化吗，需求是需要确保顺式异构优化完还是顺式，反式优化完还是反式

想多了
优化过程哪会那么容易无理由地就自发翻过去

咕噜咕噜 · 发表于 Post on 2023-5-19 15:11:05

sobereva 发表于 2023-5-19 03:10
想多了
优化过程哪会那么容易无理由地就自发翻过去

好的，了解了，谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-19 16:52:00

咕噜咕噜发表于 2023-5-18 14:27
想问下老师异构体优化可以采用限制性优化吗，需求是需要确保顺式异构优化完还是顺式，反式优化完还是反式

普通的C=C双键，优化的过程中不会翻过去，因为顺反异构能垒很高。如果是很特殊的双键，例如金属卡宾之类的，那另说。但是即使这种情况下，也不应该用限制性优化，因为双键的二面角并不是精确的0度、180度，如果你把二面角限定为一个给定的值，那么得到的结构并不是完全收敛的，结果不能用。

咕噜咕噜 · 发表于 Post on 2023-5-23 11:05:10

wzkchem5 发表于 2023-5-19 16:52
普通的C=C双键，优化的过程中不会翻过去，因为顺反异构能垒很高。如果是很特殊的双键，例如金属卡宾之类 ...

好的，谢谢

交大小周 · 发表于 Post on 2023-7-7 17:20:12

本帖最后由交大小周于 2023-7-7 17:21 编辑

老师好，我是想对比氧气和超氧自由基在我这个体系反应中起的作用(催化材料上与苄基自由基的反应性)，但是vasp对超氧自由基和氧气不太好描述，所以看到老师的这篇文章，希望尝试用高斯限制原子的功能进行计算，但是优化过程会报错，一开始查了这个错误，说可能是内存不够，但是删除至只留几个固定原子，也会出现一样的错误，希望老师可以为我答疑解惑，一下是我的输入文件。谢谢您。
错误提示：
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000146344e243db
rdx 000000000000000f, rsp 00007ffee1a36f18, rbp 00007ffee1a37490
rsi 000000000000000b, rdi 00000000003e2439, r8  0000146312dcb000
r9  0000000000000401, r10 000000000041531e, r11 0000000000000206
r12 00007ffee1a374d8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x146345136420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x146344e243db]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x679759]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x6991ba]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x71c20c]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x6c7fbf]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x500b3e]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x49dd85]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x462ab8]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x452eb6]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x450beb]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x450af4]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x146344e05083]
  /share/home/qren/soft/gaussian/g16/l301.exe() [0x4509e9]
Aborted (core dumped)

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-8 09:27:54

交大小周发表于 2023-7-7 17:20
老师好，我是想对比氧气和超氧自由基在我这个体系反应中起的作用(催化材料上与苄基自由基的反应性)，但是va ...

贴Gaussian输出文件
贴这些general的操作系统的报错信息毫无用处

交大小周 · 发表于 Post on 2023-7-8 19:18:06

抱歉，老师，我发现我的错误了，是由于6-31G(d)基组没有定义我体系中的Bi元素导致的错误，以后我一定在更仔细复查后再提问。

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