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[新手求助] 如何计算过渡态中的溶剂效应solvent effect

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发表于 2018-1-11 15:07:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在过渡态的计算中。一是优化了真空条件下产物结构,中间体,过渡态,随后在真空条件下使用高级别的方法获得了单点能。二是进行了溶剂效应的计算,添加溶剂化条件下优化了产物结构,中间体,过渡态,随后在溶剂模型下使用高级别的方法获得了单点能。

对比真空和溶剂的计算结果发现,对活化能影响不大,但是对反应物和产物的能量差影响较大,差了30Kcal/mol,溶剂效应明显。

有两个问题想请教一下:
1,这两个结果那个更可靠。
2,文献中还有一种计算溶剂效应的方法,使用真空条件优化的结构,添加溶剂模型后计算单点能,以此来考察溶剂效应。
      这种方法和我用的溶剂化条件下优化产物结构并在溶剂模型下获得单点能,那种更可靠。

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发表于 2018-1-11 18:14:32 | 显示全部楼层
在计算准确的前提下,更偏向于后者。
首先可以比较下两种条件下优化的结构的差别。
另外,真空条件下优化结构,然后加溶剂化条件下的单点能,结果是什么样的?

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公社社长

发表于 2018-1-11 18:45:23 | 显示全部楼层
大多数情况真空和溶剂下优化的结构差异很小,真空下优化可以接受
但鉴于某些情况下溶剂效应对势能面产生定性影响,而隐式溶剂模型对计算量增加也就20%,强烈建议一律在溶剂模型下优化,省得节外生枝,招审稿人吐槽。
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发表于 2018-1-11 23:30:00 | 显示全部楼层
溶剂化处理,参考这篇文章。

jctc-9-2013-1799-DMSOR.pdf

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 楼主| 发表于 2018-1-14 11:32:52 | 显示全部楼层
shx 发表于 2018-1-11 18:14
在计算准确的前提下,更偏向于后者。
首先可以比较下两种条件下优化的结构的差别。
另外,真空条件下优化 ...

真空条件下优化结构,然后加溶剂化条件下的单点能这个暂时我还没有计算

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发表于 2018-1-15 15:40:00 | 显示全部楼层
loovfnd 发表于 2018-1-14 11:32
真空条件下优化结构,然后加溶剂化条件下的单点能这个暂时我还没有计算

就是你在帖子中提到的第二点

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 楼主| 发表于 2018-1-16 14:26:32 | 显示全部楼层
shx 发表于 2018-1-15 15:40
就是你在帖子中提到的第二点

这个结果溶剂单点能/真空优化和溶剂单点能/溶剂优化结果基本一致。

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发表于 2018-1-16 16:23:04 | 显示全部楼层
loovfnd 发表于 2018-1-16 14:26
这个结果溶剂单点能/真空优化和溶剂单点能/溶剂优化结果基本一致。

所以也就是sob老师说的“大多数情况真空和溶剂下优化的结构差异很小,真空下优化可以接受”。
总而言之,就是,溶剂化效应是要考虑的,但是优化的过程中是否添加对最终结果影响不大,优化过程中加上溶剂化效应可以免得审稿人挑刺。
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