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[Gaussian/gview] 使用oniom方法优化显式溶液的问题

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发表于 2018-1-12 20:06:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
1. 用amber计算溶剂(水)时,是否必须指定原子的电荷?我发现不指定电荷时算得非常快,但是担心这样做有问题。

2. 如果不冻结溶剂的坐标所有的分子都优化的话,经常会出现优化错误“New curvilinear step not converged.”。以往用opt=cartesian可以解决这个问题,但是这个关键词与microiteration冲突不能与oniom共存。

以上两个问题请各位专家帮我看看,谢谢。

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发表于 2018-1-12 21:17:02 | 显示全部楼层
(1)不指定电荷应该会用默认的电荷,电荷的存在应该是为了计算静电相互作用,不知道Gaussian的ONIOM是怎么计算的,但是GROMACS的话静电作用的长程部分是算得很慢的。
(2)ONIOM默认是使用微迭代方式,首先是保持MM不动对QM进行优化,然后再保持QM不动,对MM进行优化,如此反复。用opt=QuadMac,可以考虑QM与MM之间的原子耦合,但这仅仅是为了加速收敛。
以上是个人的理解,如有误,请指出。

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低调做人,低调做事~

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 楼主| 发表于 2018-1-13 09:41:27 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-1-12 21:17
(1)不指定电荷应该会用默认的电荷,电荷的存在应该是为了计算静电相互作用,不知道Gaussian的ONIOM是怎么 ...

非常感谢,不过我使用opt=(quadmac,cartesian)后还是报错说微迭代中不能用笛卡尔坐标。

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发表于 2018-1-13 09:45:58 | 显示全部楼层
ra2ghgzh 发表于 2018-1-13 09:41
非常感谢,不过我使用opt=(quadmac,cartesian)后还是报错说微迭代中不能用笛卡尔坐标。

不加cartesian试试?
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 楼主| 发表于 2018-1-13 13:59:46 | 显示全部楼层

不加cartesian没问题。

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发表于 2018-1-13 14:20:40 | 显示全部楼层
ra2ghgzh 发表于 2018-1-13 13:59
不加cartesian没问题。

如果是说不让用笛卡尔坐标,那肯定就不能加cartesian了。
加quadmac是为了加速收敛。
低调做人,低调做事~

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 楼主| 发表于 2018-1-13 18:06:28 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-1-13 14:20
如果是说不让用笛卡尔坐标,那肯定就不能加cartesian了。
加quadmac是为了加速收敛。

多谢。
您能否帮我看看我的任务有没有问题:
%mem=20GB
%nprocshared=16
#p opt=(calcall,quadmac,loose) int=ultrafine oniom(b3pw91/6-31g(d):amber)=embed nosymm 6d

Opt G6P in water from MD

0 1
O-OW--0.834                 0.56263268    0.96602971    0.00000000        H
H-HW-0.417                  1.52263268    0.96602971    0.00000000                H
H-HW-0.417                  0.24217810    1.87096554    0.00000000                H
O-OW--0.834                 3.42887464    0.85987260    1.00000000        L
H-HW-0.417                  4.38887464    0.85987260    1.00000000                L
H-HW-0.417                  3.10842006    1.76480843    1.00000000                L


我想这个任务已经够简单了,而且我尽我所能地使用了快速收敛的方法以及宽松的收敛判据,但是依然任务失败。
非常想知道到底是哪里出了问题。谢谢您的帮助。

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发表于 2018-1-14 23:53:29 | 显示全部楼层
ra2ghgzh 发表于 2018-1-13 18:06
多谢。
您能否帮我看看我的任务有没有问题:
%mem=20GB


你的计算都没设连接关系,此时基于分子力场的计算根本没法进行,或者说结果完全是错的
写6d是完全多余的

不设原子电荷,也不写诸如=QEq让程序自动计算,则MM方法描述的原子之间就不会有静电相互作用
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 楼主| 发表于 2018-1-15 09:17:21 | 显示全部楼层
本帖最后由 ra2ghgzh 于 2018-1-15 09:56 编辑
sobereva 发表于 2018-1-14 23:53
你的计算都没设连接关系,此时基于分子力场的计算根本没法进行,或者说结果完全是错的
写6d是完全多余 ...

感谢指导,再问个问题:

如何设置原子电荷?我这里在坐标部分写成 “元素-原子类型-原子电荷” 的形式还要做哪些补充?

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发表于 2018-1-15 10:13:39 | 显示全部楼层
ra2ghgzh 发表于 2018-1-15 09:17
感谢指导,再问个问题:

如何设置原子电荷?我这里在坐标部分写成 “元素-原子类型-原子电荷” 的形式 ...

你原先写的格式就是对的
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 楼主| 发表于 2018-1-15 10:57:34 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-1-15 10:13
你原先写的格式就是对的

谢谢。
另外你之前说的“没设连接关系”的问题。指的是两层之间的链接原子吧?这样设置是否可行?
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O-OW--0.834                 0.56263268    0.96602971    0.00000000        H
H-HW-0.417                  1.52263268    0.96602971    0.00000000         H
H-HW-0.417                  0.24217810    1.87096554    0.00000000         H
O-OW--0.834                 3.42887464    0.85987260    1.00000000        L    H     2
H-HW-0.417                  4.38887464    0.85987260    1.00000000         L
H-HW-0.417                  3.10842006    1.76480843    1.00000000         L

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发表于 2018-1-15 11:05:03 | 显示全部楼层
ra2ghgzh 发表于 2018-1-15 10:57
谢谢。
另外你之前说的“没设连接关系”的问题。指的是两层之间的链接原子吧?这样设置是否可行?
0 1
...

我是指geom=connectivity要读取的那一堆信息,那表明了拓扑关系
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