发个分子力常数拟合程序（尝鲜版）

beefly · 发表于 Post on 2018-1-18 14:18:18

本帖最后由 beefly 于 2019-1-14 19:48 编辑

简单的计算流程：

1，用Gaussian、ORCA、等可以做振动频率计算的量子化学程序计算并保存Hessian等信息。完整的量子化学程序/数据格式列表，参见UniMoVib手册。

2，用UniMoVib程序读取上面的数据，执行简正振动模式分析，并产生数据文件。更新版本的UniMoVib程序包括源代码，可以到主页下载：https://github.com/zorkzou/UniMoVib

3，用LocalModes程序读取上面的数据，执行局域模式分析，产生分子的键长（键伸缩）、键角等的力常数。LocalModes程序尚未正式发布，这里是测试版。正式版可能会在这里发布：https://github.com/catco-smu

简单的使用方法：

1，把test\Cfour或test\Gaussian中的job.inp文件，以及job.inp中引用的数据文件（在$qcdata部分定义）复制到run.bat所在的根目录下

2，鼠标双击run.bat

3，用ue等专业的文本编辑器查看输出文件job.out

chrinide · 发表于 Post on 2018-1-18 16:13:04

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ggdh · 发表于 Post on 2018-1-19 15:52:10

不知道跟Compliance相比有啥异同？

beefly · 发表于 Post on 2018-1-19 17:23:30

ggdh 发表于 2018-1-19 15:52
不知道跟Compliance相比有啥异同？

Ka = 1/Compliance

如果你说的Compliance是Grunenberg那种计算力常数方法，参见KaFml关键词的说明

ikea1984 · 发表于 Post on 2018-2-1 23:57:17

大佬好厉害

展盼007 · 发表于 Post on 2018-2-5 08:45:24

膜拜大佬，厉害了

qczgzly · 发表于 Post on 2018-4-20 10:40:50

尝试了一下，我用unimovib程序正常，用lmodes程序时报错，信息为

Error! The above dihedral angle leads to singularity!

不知道楼主有没有遇到过这样的情况？

beefly · 发表于 Post on 2018-4-22 19:38:56

qczgzly 发表于 2018-4-20 10:40
尝试了一下，我用unimovib程序正常，用lmodes程序时报错，信息为

Error! The above dihedral angle lead ...

一般是a-b-c或b-c-d的键角=180造成的

ggdh · 发表于 Post on 2019-1-13 23:55:06

LocoMode 那个网站打不开了？什么情况啊

beefly · 发表于 Post on 2019-1-14 19:52:40

ggdh 发表于 2019-1-13 23:55
LocoMode 那个网站打不开了？什么情况啊

把网址改了。准备等文章投稿后再发布，但是其他事情太多，耽搁到现在文章也没投，两年前还因此被审稿人嘲笑过。预计今年夏天会投稿

ggdh · 发表于 Post on 2019-1-15 09:47:31

beefly 发表于 2019-1-14 19:52
把网址改了。准备等文章投稿后再发布，但是其他事情太多，耽搁到现在文章也没投，两年前还因此被审稿人嘲 ...

。。。我也是这样。怎么能够因为发文章，耽误程序发布呢。春节放假期间写好投了！来年我们好引用

zhangfuqiang · 发表于 Post on 2019-1-17 18:42:24

请问与QuickFF（http://molmod.github.io/QuickFF）比，有啥优点？这个软件看着挺厉害的

ghifi37 · 发表于 Post on 2021-5-17 21:48:39

看起来执行振动模式分析的UniMoVib支持不少PBC软件，LModeA现在支持分析PBC体系吗？
如果只对某几个原子的力常数感兴趣，是不是只要对这几个原子做振动分析就行？
最重要的，文章发了吗？我们能不能用上正式版了？期待好久了啊！

smutao · 发表于 Post on 2021-5-18 00:10:09

ghifi37 发表于 2021-5-17 21:48
看起来执行振动模式分析的UniMoVib支持不少PBC软件，LModeA现在支持分析PBC体系吗？
如果只对某几个原子的 ...

LModeA内部版已经支持PBC体系了文章也发表了请见 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.8b01279
支持PBC的LModeA的公开版本（届时将直接开源）正在开发中，预计今年底发布相关综述请见 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/wcms.1480
近期将介绍LModeA非PBC版的使用

ghifi37 · 发表于 Post on 2021-5-18 08:34:53

smutao 发表于 2021-5-18 00:10
LModeA内部版已经支持PBC体系了文章也发表了请见 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.8b01 ...

感谢回复！我就是看到19年的那篇文章算了不同维度的体系，燃起了希望，还看到摘要插图中最小的那个SIESTA的字样，那么小的字号，是说明支持的功能少呢？还是潜在用户少？
特别是“A benefit of doing so is that the force constant matrix can be calculated in a primitive cell model with sufficient sampling of the Brillouin zone instead of using supercells.”可以直接跑多K点，而不像CP2K产生molden文件只能是跑gamma，尺寸不够大真不好收敛。
很期待你们的公开版，就是看起来还要等半年了……

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