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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-1 12:11:50 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-30 17:59
刚发现至今为止这篇文章还没加入molclus结合gemer与xTB生成溶质溶剂团簇模型的流程,这不符合社长的风格啊 ...

packmol用于这个目的比genmer得到的溶剂层更为致密。genmer不完全适合用于此目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2026-5-19 20:12:59 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下,我在研究反应机理的过程中发现需要考虑显示溶剂模型,这种情况下,我是要对过渡态做溶剂层包裹吗,是不是要对每个过渡态和中间体都要进行这个过程啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-19 20:30:42 | 只看该作者 Only view this author
123456mmm 发表于 2026-5-19 20:12
我想问一下,我在研究反应机理的过程中发现需要考虑显示溶剂模型,这种情况下,我是要对过渡态做溶剂层包裹 ...

仅需要对显式溶剂不可忽视的一个或多个基元反应步骤需要加显式溶剂,其它基元步骤可以不带着显式溶剂(在旁边带了虽然通常也没坏处,但纯粹无意义地增加计算量)
加显式溶剂未必是需要靠一层包裹的溶剂层来体现,许多反应甚至只需要加一个显式溶剂分子就足够(比如一个溶剂分子产生催化效果)
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发表于 Post on 2026-5-19 21:22:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想问一下针对这个d-a反应,我发现使用隐式溶剂模型得到的计算结果exo和endo构型产物的比例与实验相反,这种情况是不是需要使用显示溶剂模型,那这种情况下氯苯溶剂分子的个数和位置应该怎么确定啊,难道一个一个尝试吗。我认为这里面溶剂分子氯苯应该是可以与过渡态分子之间存在非共价相互作用,从而影响了过渡态的稳定性,进而导致两种产物的决速步能垒不同的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-19 22:09:51 | 只看该作者 Only view this author
123456mmm 发表于 2026-5-19 21:22
sob老师,我想问一下针对这个d-a反应,我发现使用隐式溶剂模型得到的计算结果exo和endo构型产物的比例与实 ...

要搞清楚所有可能导致和实验不符的原因,没有确切依据之前,不要凭感觉光赖到其中一个因素上并在这个因素上钻牛角尖
溶剂和溶质总会有弱相互作用存在,显然不意味着溶剂就不能用隐式溶剂模型描述。
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发表于 Post on 2026-5-21 18:57:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 123456mmm 于 2026-5-21 19:32 编辑
sobereva 发表于 2026-5-19 22:09
要搞清楚所有可能导致和实验不符的原因,没有确切依据之前,不要凭感觉光赖到其中一个因素上并在这个因素 ...

sob老师,当时在探究这个反应时,发现溶剂对这个反应的影响很大,换不同的溶剂就有可能导致实验结果中的主产物为exo或着endo。当时我用的PCM隐式溶剂模型进行计算,也尝试了不同就计算方法,发现b3lyp-d3bj,m06,m062x都与实验不符只有使用m06l才与实验结果一样。但感觉这样容易被质疑,所以就想着考虑显示溶剂模型。除此之外,因为这个反应是在123摄氏度下反应24小时,总产率达到95%了,我就想着加上温度矫正来算,这个结果与实验相符合,但发现这样算出来的结果能垒很高,最高从27.9升高到了38.5kcal/mol,这个能垒太高了,我通过计算发现这个能垒超出反应极限了,正常最高应该在30kcal/mol左右的,就感觉不合理。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-21 23:26:59 | 只看该作者 Only view this author
123456mmm 发表于 2026-5-21 18:57
sob老师,当时在探究这个反应时,发现溶剂对这个反应的影响很大,换不同的溶剂就有可能导致实验结果中的 ...

本身就应当用SMD而不是PCM,后者都没考虑非极性部分贡献
M06L都完全没试的必要,肯定很烂
氯苯的极性较弱,能和反应物产生难以用隐式溶剂模型表现的显著相互作用的可能性很有限(顶多是pi-氢键、pi-pi作用、卤键,非要用显式溶剂的话需要考虑这种作用怎么形成、如何影响反应)
“温度矫正”指代不明。算反应本身就必须得用实际反应温度的自由能变化说事,其它方式计算哪怕碰巧能解释实验也毫无意义,仔细看:
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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发表于 Post on 2026-5-22 18:37:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-21 23:26
本身就应当用SMD而不是PCM,后者都没考虑非极性部分贡献
M06L都完全没试的必要,肯定很烂
氯苯的极性较 ...

好的老师,但我其实也用了SMD,但和PCM得到的选择性结果是一样的。

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