请问有人做过Targeted MD吗？遇到问题很多

ChaosChiao · 发表于 Post on 2018-1-25 10:51:13

用Targeted MD，已经确定了始态结构和终态结构，并按照说明书上内容，修改好了氨基酸的编号保持一致。但是最终结果却完全不是从始态到终态，而是把蛋白拉平了。
不知道是否有人做过这方面的模拟？能否请教一下TMD的关键点在什么地方？网上完全查不到实例教程。
非常感谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-1-25 12:33:04

没有用amber做过，你可以把拉平的结构发来大家看看问题在哪

beyond · 发表于 Post on 2018-1-25 16:06:38

你用什么软件做的？可以把你的input文件贴上来看看，还有就是蛋白怎么被拉平了，贴个图展示一下

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