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[Gaussian/gview] ONIOM中如何写钠离子的原子类型?

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发表于 2018-2-9 10:43:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
我想在计算的体系中添加几个钠离子。由于L层是用amber描述的,所以需要定义钠离子的原子类型。
我发现无论写成“Na-Na”或者“Na-IP”都会报错,称与钠离子相关的键长键角没有定义。
请教一下各位老师,这个钠离子的原子类型应该怎么写。
谢谢。

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发表于 2018-2-9 13:39:49 | 显示全部楼层
绘制结构的时候,Na和其它原子连键了否?应当没有连键才对,此时也没有bond,angle项的事

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 楼主| 发表于 2018-2-9 13:49:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 ra2ghgzh 于 2018-2-9 13:57 编辑
sobereva 发表于 2018-2-9 13:39
绘制结构的时候,Na和其它原子连键了否?应当没有连键才对,此时也没有bond,angle项的事
解决了,多谢

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发表于 2018-2-9 13:57:47 | 显示全部楼层

没具体情况不好说
在Gaussian里用Amber力场,钠离子用IP作为原子类型会当做是钠离子,我计算时并未碰到错误
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发表于 2018-7-26 17:45:48 | 显示全部楼层
我是用TAO package setup我的体系的,钠离子的prep文件长这样:
[jhli@beta tao4oniom]$ cat taopackage/ESPT/prepfiles/Na.prep
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This is a remark line
Na+.res
Na+   INT  0
CORRECT     OMIT DU   BEG
  0.0000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.523   111.21       .0      .00000
   4  Na    Na    M    3   2   1     1.540   111.208  -180.000  1.000000  11


LOOP

IMPROPER

DONE
STOP

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