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[Gaussian/gview] 柔性扫描log文件用gview打开错误

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发表于 2018-2-12 10:40:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
柔性扫描,一次是找到个TS后,去testify the different orientation in TS,看H和裸露的O是否会形成氢键,就扫了H和O的键长,涉及O-O键断裂,关键词um062x/6-31+g(d) opt=modredundant guess=(mix,always) ,末尾是B 4 8 S 15 -0.150000。一次是寻找过渡态初猜,扫了S和O的键长,末尾是B 3 15 S 10 -0.100000。但用gaussview两次打开log文件,均无法从results栏选择Scan选项查看scan plot,想问下是啥原因导致,之前都能正常查看scan plot去看scan of total energy的。有一个log文件太大,没大上传,谢谢了
TS-OH-O-scan.gjf.png
TS-OH-O-scan.log.png
PSO-PN-scan2.gif.png
PSO-PN-scan2.log.png

TS-OH-O-scan.gjf

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PSO-PN-scan2.gjf

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PSO-PN-scan2.rar

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发表于 2018-2-12 15:56:42 | 显示全部楼层
如置顶的新人必读贴所示,上传较大文本文件前必须先压缩以节约论坛空间、降低下载耗时。给你压缩后重新上传了,希望下次注意
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发表于 2018-2-12 16:17:54 | 显示全部楼层
gv6能打开,并看到四帧
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发表于 2018-2-12 19:40:39 | 显示全部楼层
File, open, 勾选Read Intermediate Geometries (Gaussian Optimizations Only), 打开,就能查看scan plot去看scan of total energy。

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 楼主| 发表于 2018-2-13 10:22:48 | 显示全部楼层
huangtf 发表于 2018-2-12 19:40
File, open, 勾选Read Intermediate Geometries (Gaussian Optimizations Only), 打开,就能查看scan plot ...

我用的是gaussview5.0.8,勾选后确实能查看scan plot,谢谢了!
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 楼主| 发表于 2018-2-13 10:24:55 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-12 15:56
如置顶的新人必读贴所示,上传较大文本文件前必须先压缩以节约论坛空间、降低下载耗时。给你压缩后重新上传 ...

谢谢Sob提醒,下次我会压缩再上传。我用的是gv5.0.8,我下个gv6试试
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 楼主| 发表于 2018-2-14 10:57:32 | 显示全部楼层
正常用GV打开scan后的log文件去查看scan plot是正常显示,横坐标是scan coordinate,如图1,但有时勾选Read Intermediate Geometries (Gaussian Optimizations Only)后显示,横坐标是scan step number,而且gjf文件末尾是B 4 8 S 15 -0.150000,只扫描15步,却出现48个结构,如图2 ,这是为什么呢?谢谢解答了

图1,scan10步,横坐标scan coordinate

图1,scan10步,横坐标scan coordinate

图2 scan15步

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发表于 2018-2-14 17:00:42 | 显示全部楼层
lijiayisjtu 发表于 2018-2-14 10:57
正常用GV打开scan后的log文件去查看scan plot是正常显示,横坐标是scan coordinate,如图1,但有时勾选Read ...


图2估计是任务没正常结束的情况,于是显示出来的不是扫描曲线,而是某步的柔性扫描曲线
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