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[Gaussian/gview] 二面角扫描中断

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发表于 2018-2-27 14:51:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
扫描基态二面角,文件中断了之后把剩下的部分再重新编辑后继续提交上去,结果总是计算几秒就被杀死了。显示是l101错误,检查输入文件,感觉没有问题。开始用的12核6GB,改成14核8GB,还是一样的错误。log文件显示二面角添加错误,重新添加还是不行,上传了输入文件和log文件,求帮助~谢谢老师!

c1gsscan2.gjf

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发表于 2018-2-27 15:30:17 | 显示全部楼层
提示里写了
User requested dihedral      3     16     44     46 involves a near-linear angle.
Error in added dihedral.

16-44-46几乎完全是一条直线,显然对这个二面角扫描不可能执行,二面角几乎没法定义
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 楼主| 发表于 2018-2-27 15:47:32 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-27 15:30
提示里写了
User requested dihedral      3     16     44     46 involves a near-linear angle.
Err ...

哦,这样。这是之前扫描的最后一步的结构,这样的话是不是说明,如果要是想继续前面的扫描是不是就不可能了?

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发表于 2018-2-27 15:54:08 | 显示全部楼层
zhaoxy 发表于 2018-2-27 15:47
哦,这样。这是之前扫描的最后一步的结构,这样的话是不是说明,如果要是想继续前面的扫描是不是就不可能 ...

至少你得想办法避开当前问题,要么适当修改结构,要么修改被扫描的变量,要么加入额外限制等
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 楼主| 发表于 2018-2-27 16:06:42 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-27 15:54
至少你得想办法避开当前问题,要么适当修改结构,要么修改被扫描的变量,要么加入额外限制等

恩恩,谢谢老师!

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 楼主| 发表于 2018-3-1 20:16:54 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-27 15:54
至少你得想办法避开当前问题,要么适当修改结构,要么修改被扫描的变量,要么加入额外限制等

感谢老师的耐心回答。sob老师,我还想请教您一下问题,假如我想从其中一个C上的氢开始数二面角,一边的二面角锁定等于另一边的话,想请教一下,怎样锁定两个二面角相等呢?没有搜到相关内容,麻烦老师讲一下,谢谢啦~

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发表于 2018-3-2 08:33:17 | 显示全部楼层
zhaoxy 发表于 2018-3-1 20:16
感谢老师的耐心回答。sob老师,我还想请教您一下问题,假如我想从其中一个C上的氢开始数二面角,一边的 ...

看不懂你的意思

对于刚性扫描,如果要让两个二面角总保持相等,就把二者都用一个变量表示
对于柔性扫描没法实现
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 楼主| 发表于 2018-3-5 14:52:09 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-3-2 08:33
看不懂你的意思

对于刚性扫描,如果要让两个二面角总保持相等,就把二者都用一个变量表示

恩恩,我再想想。谢谢您详细的回答~~~

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发表于 2018-7-11 17:21:13 | 显示全部楼层
请问,你是如何继续计算的?(比如你提交任务时,设定了time limit,但在设定时间中没有完成扫描,该如何继续呢?)谢谢
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