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[GROMACS] 冰-Ih结构创建问题

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大家好,由于目前需要做ice-Ih的相关模拟,但不知道如何创建的Gromacs的结构档
我上网搜寻了很久,只有找到到cif档,
听网路上的人说可以用一个叫做Mercury的软体打开并转成PDB档
不过打开后居然有3个档案,而且其中2个档案只有1个水分子,另一个档案有2颗水分子,有点搞不清楚要如何进行下去

想请问有在做冰-ih模拟的,究竟是如何创建结构的?
感谢

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发表于 Post on 2018-3-5 10:51:54 | 只看该作者 Only view this author
有2个水的那个还有可能是asymmetric unit,只有1个水应该就是没有正确读取了。试试material studio吧,cif文件很乱的...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-5 11:37:32 | 只看该作者 Only view this author
agent99 发表于 2018-3-5 10:51
有2个水的那个还有可能是asymmetric unit,只有1个水应该就是没有正确读取了。试试material studio吧,cif ...

那请问要如何用material studio创建ice-ih呢?网路上找不到教程

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发表于 Post on 2018-3-5 15:20:28 | 只看该作者 Only view this author
构建方法看此文 Hayward冰的结构-Unit cells for the simulation of hexagonal ice .pdf (155.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 314)

现成的构建好的不同尺寸的冰的Ih结构文件: Hayward.rar (37.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 367)

另有专门生成冰的结构的程序GenIce:J. Comput. Chem., 39, 61 (2018)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-5 17:53:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-5 15:20
构建方法看此文

现成的构建好的不同尺寸的冰的Ih结构文件:

老师好!
1.关于第一篇论文,我有大致看过一下,里面是介绍ice-ih的晶体规则,请问这是要自己利用这些规则编译程式吗?
2.因为我平常都是用material studio建构结构,刚刚试了提供的xyz档,发现不能载入,请问是需要其他的处理吗,或是老师平常是如何将这些xyz档转成gromacs的结构档?
3. 这篇paper提供的程式好像要用python 3编译,不过lab平常是用c++编译,请问还有其他的推荐程序吗?
谢谢您

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发表于 Post on 2018-3-5 18:33:31 | 只看该作者 Only view this author
hogan6789 发表于 2018-3-5 17:53
老师好!
1.关于第一篇论文,我有大致看过一下,里面是介绍ice-ih的晶体规则,请问这是要自己利用这些规则编 ...

1 是。没有特殊情况,就用作者现成提供好的就够了
2 怎么不能载入?载入到哪里?如果是载入到MS,转化成MS可以导入的格式诸如pdb。xyz文件稍微手动改一下就成了.gro格式。
3 我没试过那个程序。python程序用不着编译,本身就是脚本语言
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发表于 Post on 2018-3-6 03:12:11 | 只看该作者 Only view this author
hogan6789 发表于 2018-3-4 21:37
那请问要如何用material studio创建ice-ih呢?网路上找不到教程

我说的是用MS打开你的cif文件,不是在MS里从头搭结构。我见过不少例子,一些格式不太标准的cif文件在mercury或者gaussview里打开都很乱,但在MS里都能正常显示

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 08:58:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-5 18:33
1 是。没有特殊情况,就用作者现成提供好的就够了
2 怎么不能载入?载入到哪里?如果是载入到MS,转化成 ...

老师,这是我汇入时显示的错误讯息。
还是我应该把xyz档最后二个column (#number && patt number) 删除后再汇入呢?

28768584_1549923568439752_292862229_o.jpg (569.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 102)

刚载入就出现的错误讯息

刚载入就出现的错误讯息

28754950_1549923615106414_1237592928_o.jpg (577.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 100)

匯入的xyz檔

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发表于 Post on 2018-3-6 13:16:57 | 只看该作者 Only view this author
hogan6789 发表于 2018-3-6 08:58
老师,这是我汇入时显示的错误讯息。
还是我应该把xyz档最后二个column (#number && patt number) 删除 ...

MS本来就不支持载入xyz
启动MS,file-import,支持哪些格式都有罗列。
把.xyz用VMD或Multiwfn转成pdb,就能载入MS
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 17:53:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 13:16
MS本来就不支持载入xyz
启动MS,file-import,支持哪些格式都有罗列。
把.xyz用VMD或Multiwfn转成pdb, ...

成功用VMD载入xyz档了!
我再来研究一下如何用VMD转档

谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-7 12:57:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-5 15:20
构建方法看此文

现成的构建好的不同尺寸的冰的Ih结构文件:

想问下,压缩文档里的冰模型,是根据什么水模型构建的呢,例如,spc/e和tip4p/ice 的键长和键角不一样,这样会有影响么

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发表于 Post on 2018-4-7 18:57:29 | 只看该作者 Only view this author
dgwfly 发表于 2018-4-7 12:57
想问下,压缩文档里的冰模型,是根据什么水模型构建的呢,例如,spc/e和tip4p/ice 的键长和键角不一样, ...


这点无所谓。模拟时候用NPT,结构和晶格尺寸都会自发进行调整。
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发表于 Post on 2020-7-17 10:25:57 | 只看该作者 Only view this author
请问,怎么利用现成的xyz文件想,修改冰分子的个数?例如,下载的文件中有1080 slab个冰的,我想改成256x1的冰

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发表于 Post on 2020-7-17 14:00:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-7 18:57
这点无所谓。模拟时候用NPT,结构和晶格尺寸都会自发进行调整。

请教Sob老师,如果采用TIP4P水模型,有无方法快速将结构文件中缺少的虚拟原子补上?

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发表于 Post on 2020-7-18 10:55:57 | 只看该作者 Only view this author
armstrong 发表于 2020-7-17 10:25
请问,怎么利用现成的xyz文件想,修改冰分子的个数?例如,下载的文件中有1080 slab个冰的,我想改成256x1 ...

恰当删除,需要自行保证盒子尺寸能让体系满足周期性
另有专门生成冰的结构的程序GenIce,但我没试过:J. Comput. Chem., 39, 61 (2018)
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