amber16的sander读取NetCDF格式rst文件失败

kaliandaze

各位老师，我用amber16模拟一个蛋白-dna复合物。对接后的复合物加了水盒子用sander做了能量最小化，然后用最小化的重开始文件(.rst，CDF二进制文件)作为升温系统的输入文件。
升温这一步无法进行，sander指令瞬间就停了。指令如下：
sander -O -i heat1.in -p combox.prmtop -c relax.rst -r heat1.rst -x heat1.mdcrd -o heat1.out -inf heat1.info
输出的.out文件内容如下：
          -------------------------------------------------------
          Amber 16 SANDER                              2016
          -------------------------------------------------------

| Run on 03/05/2018 at 10:36:02

|   Executable path: sander
| Working directory: /home/cx/project/1vkx
|          Hostname: Unknown
  [-O]verwriting output

File Assignments:
|  MDIN: heat1.in                                                              
| MDOUT: heat1.out                                                            
|INPCRD: relax.rst                                                            
|  PARM: combox.prmtop                                                         
|RESTRT: heat1.rst                                                            
|  REFC: refc                                                                  
| MDVEL: mdvel                                                                 
| MDFRC: mdfrc                                                                 
|  MDEN: mden                                                                  
| MDCRD: heat1.mdcrd                                                           
|MDINFO: heat1.info                                                            
|  MTMD: mtmd                                                                  
|INPDIP: inpdip                                                               
|RSTDIP: rstdip                                                               
|INPTRA: inptraj                                                               


Here is the input file:

                                                                              
Heating up the system stage 1                                                  
&cntrl                                                                        
nstlim = 5000 , dt = 0.002 , ntx = 1 , irest = 0 , ntpr = 5000 , ntwr = 5000 , ntwx = 500 ,
tempi = 100.0 , temp0 = 300.0 , ntt = 1 , tautp = 2.0 , ig = -1 ,            
                                                                              
ntb = 1 , ntp = 0 ,                                                           
                                                                              
ntc = 2 , ntf = 2 ,                                                           
                                                                              
nrespa = 2                                                                    
/                                                                              

--------------------------------------------------------------------------------
   1.  RESOURCE   USE:
--------------------------------------------------------------------------------

| Flags:                                                                        
getting box info from netcdf restart file
看上去程序就卡在读取restart文件的盒子信息这一步。我把.rst换用未能量最小化的inpcrd文件就可以正常运行这个指令，所以应该是我的.rst文件有问题。转换成.rst7文件依然不行。
请问这个问题是什么原因呢？

附：我的能量最小化输入文件和指令如下：
initial relax of our system
&cntrl
imin = 1 , maxcyc = 500 , ncyc = 250 ,
cut = 12 , ntb = 0
/

                                

$ sander -O -i relax.in -o relax.out -p combox.prmtop -c combox.inpcrd-r relax.rst

这一步输出的relax.rst文件是默认的二进制NetCDF文件，转化成Pdb格式可以看到水盒子。

tomwong4253

我也经常遇到这问题。
不要输出rst文件或者rst7文件，试试把扩展名换成nc（NetCDF格式的轨迹文件）应该就可以解决了。
也就是
sander -O -i relax.in -o relax.out -p combox.prmtop -c combox.inpcrd -r relax.nc

孟依然

请问楼主，您遇到的这个问题后来是怎么解决的呢。我也遇到这样的问题了，把扩展名换成nc，也没有成功。希望楼主您能分享一下解决办法，谢谢您，祝您一切顺利！

cciw

请问楼主最后是怎么解决的呢？我也遇到了