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[VMD] VMD如何把氢原子隐去

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发表于 2018-3-12 16:52:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
在VMD中如和让氢原子不显示??
vmd中如何更改键的颜色??

Snipaste_2018-03-12_16-49-35.png

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发表于 2018-3-12 20:14:08 | 显示全部楼层
1.载入分子后,在graphics->representation中,selected atom中输入not hydrogen,如此不显示H原子,如图1所示;

图1 去H原子

图1 去H原子

2.我一般的做法是这样的,仅供参考:
建立两层,一层用某个风格显示,如本图中的CPK风格;另一层是Bonds风格,在coloring method中,选择一个颜色,比如白色。如图2所示。

图2 修改键的颜色

图2 修改键的颜色

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发表于 2018-3-12 21:16:42 | 显示全部楼层
PS:not hydrogen更简单写法是noh
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发表于 2018-3-12 21:21:41 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-3-12 21:16
PS:not hydrogen更简单写法是noh

谢谢sob老师指出更简单方法,学习了~
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 楼主| 发表于 2018-3-13 19:16:48 | 显示全部楼层
978142355 发表于 2018-3-12 20:14
1.载入分子后,在graphics->representation中,selected atom中输入not hydrogen,如此不显示H原子,如图1 ...

感谢回复 很有帮助
我用noh把氢原子隐去了
但是该键的颜色没有成功 我也是照你说的在“drawing method”中选择“bonds” 进而在“coloring method”中该颜色 但是没有任何变化 但当我在“drawing method”中选择“CPK”是 颜色是改成功了 但是是全部 而不是只有键
如图

01.png
02.png

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发表于 2018-3-13 21:30:42 | 显示全部楼层
涅涅尘 发表于 2018-3-13 19:16
感谢回复 很有帮助
我用noh把氢原子隐去了
但是该键的颜色没有成功 我也是照你说的在“drawing metho ...

Bonds的style中,Bond Radius你设置为0了,所以没显示出来。
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 楼主| 发表于 2018-3-14 09:31:52 | 显示全部楼层
978142355 发表于 2018-3-13 21:30
Bonds的style中,Bond Radius你设置为0了,所以没显示出来。

非常感谢 收获良多

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发表于 2018-5-31 09:43:08 来自手机 | 显示全部楼层
哇,sob老师的命令好简洁!

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
978142355 发表于 2018-3-12 20:14
1.载入分子后,在graphics->representation中,selected atom中输入not hydrogen,如此不显示H原子,如图1 ...

感谢您的帮助,学到了!
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