关于sob老师博文“在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本”的一个疑问

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-16 19:33:34

本帖最后由让你变成回忆于 2018-3-16 19:35 编辑

如题，在分析脚本的第三行得到了该结构文件的总残基数，那么第四行的循环从1开始，一直循环完所有残基，每循环一次，第五行的“resid $ires”就会选中该残基。
我的问题是：如果我这个结构文件，第一个残基的序号并不是1，假设是2000，但是总残基数只有200，那么问题来了，"resid $ires"就会选不中该残基。那么在下面就会提示"measure center: bad weight sum, would cause divide by zero"错误信息。
比如用我这个gro文件，使用该脚本就会提示上面的错误信息。这个gro文件是模拟的两种分子的混合，最后提取了其中一种分子的结构，正好这个分子的resid就不是从1开始的。我不知道是否是我在提取结构文件的时候用trjconv出错还是其他情况。所以发帖问问sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-17 03:58:29

你的trjconv的用法没问题。VMD里面残基号有两种，resid和residue，当输入文件里有残基号的时候，resid和输入文件保持一致，而residue从是从0开始自动排的。
相应地改一下脚本就能用了，set ires 1都改为set ires 2142，<= $nres都改为<= 2292即可

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-17 08:34:03

sobereva 发表于 2018-3-17 03:58
你的trjconv的用法没问题。VMD里面残基号有两种，resid和residue，当输入文件里有残基号的时候，resid和输 ...

明白了。谢谢老师~

青青青 · 发表于 Post on 2019-4-24 11:05:26

本帖最后由青青青于 2019-4-24 11:13 编辑

sobereva 发表于 2018-3-17 03:58
你的trjconv的用法没问题。VMD里面残基号有两种，resid和residue，当输入文件里有残基号的时候，resid和输 ...

老师，我想在VMD中移动一组原子的位置，结果出现和楼主一样的错误提示，resid号已检查过了与Gro文件中的一致，请问这是什么原因呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-24 22:39:03

青青青发表于 2019-4-24 11:05
老师，我想在VMD中移动一组原子的位置，结果出现和楼主一样的错误提示，resid号已检查过了与Gro文件中的 ...

你先输入$my_sel num看看选区到底有多少原子
如果为0，肯定选择语句不对

青青青 · 发表于 Post on 2019-4-25 10:20:50

sobereva 发表于 2019-4-24 22:39
你先输入$my_sel num看看选区到底有多少原子
如果为0，肯定选择语句不对

好的，谢谢老师，我看一下

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