opt=z-matrix计算坐标的问题

lp2014

请教问题：优化分子结构，欲用opt=z-matrix优化结构来得到两个片段连接处的优化信息（键长，键长，二面角），但结果log文件中并未有时并未出现z-matrix坐标，该如何解决呢?
例如，分子1.log （见附件）   【opt=z-matrix B3LYP/6-31G*】分子结构是Z-matrix，但没有参数，opt则转成内坐标计算
               分子2.log     （见附件） 【opt=z-matrix B3LYP 6-31G*】分子结构是Z-matrix，有参数，opt还是转成内坐标计算（大部分情况是按Z-MATRIXopt）

如何设置能保证计算是按Z-matrix来进行这样结果文件方面批量提取连接处信息？谢谢

Daniel_Arndt

你尝试一下将所有的变量都用B1、A1、D1这种方式表示。然后在z-matrix后空一行再写B1=、A1=、D1=这些东西。
举个例子，二氟卡宾这样写：
C              
F                  1            B1
F                  1            B1    2            A1

   B1             1.30233577
   A1           103.82872065


然后在输出文件中应该就有“Final structure in terms of initial Z-matrix:”。
我仅在g09中试过，手头没有g16。

Daniel_Arndt

补充一下，要是有些120度、180度之类的角（关系到对称性，不能改）的话，就先把其他的变量写出来，空一行，再写这些变量。我之前写过一个螺旋桨烷的。
X
C                  1            B1
C                  1            B2    2            A1
C                  1            B1    3            A1    2            D1
C                  1            B2    3            A2    2            D2
C                  1            B2    3            A3    2            D2
H                  3            B3    1            A4    2            D3
H                  3            B3    1            A5    2            D3
H                  5            B3    1            A4    2            D3
H                  5            B3    1            A5    2            D3
H                  6            B3    1            A4    2            D3
H                  6            B3    1            A5    2            D3

   B1             0.77000000
   B2             1.33368000
   B3             1.00000000
   A4           120.00000000
   A5          -120.00000000

   A1            90.00000000
   A2           120.00000000
   A3          -120.00000000
   D1           180.00000000
   D2            90.00000000
   D3            90.00000000

lp2014

Daniel_Arndt 发表于 2018-3-25 19:41
你尝试一下将所有的变量都用B1、A1、D1这种方式表示。然后在z-matrix后空一行再写B1=、A1=、D1=这些东西。
...

我尝试了把变量都放在之后做opt，但仍然没有z-matrix，而是自动转成stand orientation做的计算

Daniel_Arndt

lp2014 发表于 2018-3-27 06:15
我尝试了把变量都放在之后做opt，但仍然没有z-matrix，而是自动转成stand orientation做的计算

仍然没有“Final structure in terms of initial Z-matrix:”？好的吧，也许g16改了log文件的格式吧。或者你用g09试试看。

zjxitcc

you may try 'Fopt=z-matrix'

sobereva

默认情况下是用冗余内坐标优化的，凡是判断为成键的原子，键长以及相关联的键角、二面角都会在输出文件里直接给出。如果发现想要的项没用，用opt=modredundant，在输入文件末尾空一行加入额外的冗余内坐标，这些坐标肯定会在优化的每一步的时候都输出