VMD编写tcl脚本求助

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-27 20:23:37

通过模拟得到了一个二元混合体系（分别记为分子1和分子2），现在我想以某个分子（分子1）为中心，把它周围一定距离范围内的所有分子2都选出来，以便后续计算。

现在写出来的tcl脚本能实现找到所有满足条件的分子2，问题是：能否把这些分子的元素符号以及x、y、z坐标输出成一个坐标文件以便VMD可以直接打开。

我是通过atomselect0 get {name x y z}这样的方式，但是这样的问题就是一行出现很多次元素名称以及坐标，没有换行。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-28 15:11:57

用lindex命令把列表里的元素提出来之后再输出

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-29 08:48:34

sobereva 发表于 2018-3-28 15:11
用lindex命令把列表里的元素提出来之后再输出

OK，搞定了。之前没弄明白列表里具体的信息。
谢谢sob老师~

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-29 19:14:06

sobereva 发表于 2018-3-28 15:11
用lindex命令把列表里的元素提出来之后再输出

sob老师您好，再请问您一下：能否将选中的结构输出成一个gro文件呢？还是说只有先提取了各部分内容，然后另外写程序来输出。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-29 20:21:05

可以用$sel writegro citrus.gro来把$sel对应的原子保存出gro文件

HJC · 发表于 Post on 2020-12-14 14:11:35

楼主您好！我也想统计给定距离范围内的这样一个二元或三元的dimer，但由于本人才疏学浅，尝试后还是不会写tcl脚本，您方便的话可以分享一下吗？感谢！

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2020-12-14 18:16:41

本帖最后由让你变成回忆于 2020-12-14 18:17 编辑

HJC 发表于 2020-12-14 14:11
楼主您好！我也想统计给定距离范围内的这样一个二元或三元的dimer，但由于本人才疏学浅，尝试后还是不会写t ...

这个脚本年代有些久远了，后来我用了其他语言实现该功能（不过由于这里面调用了别人的一些代码，所以不方便公开代码，抱歉），就再也没用过这个tcl脚本了。
我大概找了一下，你可以试试下面的代码：

set nmol [llength [lsort -unique [[atomselect top all] get residue]]]
set guest [atomselect top "resid 1400"]
set gcom [measure center $guest weight mass]
set x0 [lindex $gcom 0]
set y0 [lindex $gcom 1]
set z0 [lindex $gcom 2]
for {set imol 1} {$imol <= $nmol} {incr imol} {
set sel [atomselect top "resid $imol"]
set COM [measure center $sel weight mass]
set x($imol) [lindex $COM 0]
set y($imol) [lindex $COM 1]
set z($imol) [lindex $COM 2]
}
$sel delete
set crit 20
set output [open ./output w]
for {set i 1} {$i <= $nmol} {incr i} {
set sel [atomselect top "resid $i"]
set dx2 [expr ($x($i)-$x0)**2]
set dy2 [expr ($y($i)-$y0)**2]
set dz2 [expr ($z($i)-$z0)**2]
set dist [expr sqrt($dx2+$dy2+$dz2)]
if {$dist <= $crit} {
set data [$sel get { resid resname name serial x y z}]
set numh [$sel num]
for {set j 0 } {$j < $numh} {incr j} {
puts $output [lindex $data $j]
}
}
}
close $output

复制代码

HJC · 发表于 Post on 2020-12-14 19:51:50

让你变成回忆发表于 2020-12-14 18:16
这个脚本年代有些久远了，后来我用了其他语言实现该功能（不过由于这里面调用了别人的一些代码，所以不方 ...

谢谢您的帮助！我尝试一下，如果还是不会想等您空闲时，与您再进行交流~

wdp · 发表于 Post on 2021-12-23 21:43:14

您好，我想从钙钛矿体系中选出甲胺分子，您有类似的脚本可以分享一下吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-24 01:35:10

wdp 发表于 2021-12-23 21:43
您好，我想从钙钛矿体系中选出甲胺分子，您有类似的脚本可以分享一下吗

结合实际情况举一反三
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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