使用VMD计算径向分布函数，最终稳定的数值的意义是什么

yuyu116 · 发表于 Post on 2019-12-13 15:30:23

fhh2626 发表于 2018-4-16 16:14
因为你只统计到10啊。。

您好关于VMD计算径向分布函数想请教您 PBC是什么意思？为什么我在 Selection1 = all， Selection2 = all，得到的值，和同等间距 Selection1 = type Co， Selection2 = Co比较的时候，Co的g（r）远大于总的g（r）？是需要把Co的g（r）除2吗？希望您指点指点，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-15 11:10:56

yuyu116 发表于 2019-12-13 15:30
您好关于VMD计算径向分布函数想请教您 PBC是什么意思？为什么我在 Selection1 = all， Selection2 = al ...

PBC显然是周期边界条件。计算rdf时是否考虑PBC很多情况会影响结果
你先确保all和type Co两种选择方式的等价性再说

yuyu116 · 发表于 Post on 2019-12-16 09:04:28

sobereva 发表于 2019-12-15 11:10
PBC显然是周期边界条件。计算rdf时是否考虑PBC很多情况会影响结果
你先确保all和type Co两种选择方式的 ...

多谢sobereva老师指点！！

elpa · 发表于 Post on 2020-12-9 22:28:10

琥珀坠发表于 2019-6-5 20:00
请问VMD考虑pbc时只能算正交格矢的吗，如何算六方的

可以转成正交再搞

丁越 · 发表于 Post on 2021-9-26 19:56:37

fhh2626 发表于 2018-4-16 16:14
因为你只统计到10啊。。

那请问一下这个max r具体指的是什么呢？选取有什么要求么？假如我的盒子是立方边长是a。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-9-27 10:21:00

丁越发表于 2021-9-26 19:56
那请问一下这个max r具体指的是什么呢？选取有什么要求么？假如我的盒子是立方边长是a。

你统计的最远距离

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