能量最小化问题

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-11 20:01:03

我在做能量最小化时，出现未达到我规定的步数和设置的最大力时就停止，不知道是怎么回事？

#附上图#

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-11 20:12:33

可能原因很多
诸如初始结构比较糟糕，拓扑文件有问题等等
也可以尝试用双精度版本

只要你确认输入文件都没问题，极小化后结构也正常，那么没必要非要极小化很充分，只要接下来动力学能正常跑起来就行了（如果一开始崩，从0K慢慢升温，1fs步长。跑几个几百ps再转成2fs）。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2018-4-13 09:41:29

不知道你模拟的是什么体系，是不是普通的蛋白质+显式水的体系。
如果是，我认为你的力太大了（F一直是10的五次方量级），就像Sob社长说的，最可能的问题是原子位置过近，导致打架了。建议你先不要加水和离子，用蛋白在真空环境下优化一下，看看力还是不是这么大，如果是，照着输出的atom去查查是不是结构之间原子有碰撞，用VMD等软件好好修一下，然后再加水加离子进一步优化。

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-16 16:48:59

tomwong4253 发表于 2018-4-13 09:41
不知道你模拟的是什么体系，是不是普通的蛋白质+显式水的体系。
如果是，我认为你的力太大了（F一直是10的 ...

好的，谢谢你

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-16 16:57:34

sobereva 发表于 2018-4-11 20:12
可能原因很多
诸如初始结构比较糟糕，拓扑文件有问题等等
也可以尝试用双精度版本

sob老师，我初始化结构应该还行，我在平衡后的密度和实验值都很接近。但是有个问题，我体系并不是很大，4、5万个原子吧，平衡5ns后，我看势能波动还挺大的（波动值在-673500~-670000kj/mol）。控压 Berendsen、控温V-rescale，time step 2fs，体系graphene-water。我甚至开始怀疑我的势函数有问题了。

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-17 03:24:58

虔诚的人发表于 2018-4-16 16:57
sob老师，我初始化结构应该还行，我在平衡后的密度和实验值都很接近。但是有个问题，我体系并不是很大，4 ...

这种程度波动没什么，这是正常应有的微观涨落。对曲线做平均，整体是个直线就行了

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-17 10:43:54

sobereva 发表于 2018-4-17 03:24
这种程度波动没什么，这是正常应有的微观涨落。对曲线做平均，整体是个直线就行了

好的，谢谢sob老师。

lonemen · 发表于 Post on 2018-5-31 09:29:16

学到技巧了，谢谢！

Angelle · 发表于 Post on 2023-7-17 09:08:24

sobereva 发表于 2018-4-11 20:12
可能原因很多
诸如初始结构比较糟糕，拓扑文件有问题等等
也可以尝试用双精度版本

sob老师，我OPLSS-AA力场根据文献添加的bond、nonbond文件的参数，跑能量最小化之后，结构变得不合理，可任意跑NPT和NVT，但是跑完结果也很糟糕，甚至跑的过程中分子移动不明显，这是怎么回事呢，我应该从哪里改进呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-17 09:16:31

Angelle 发表于 2023-7-17 09:08
sob老师，我OPLSS-AA力场根据文献添加的bond、nonbond文件的参数，跑能量最小化之后，结构变得不合理，可 ...

力场项没弄对，或者参数错误、单位错误等等

Angelle · 发表于 Post on 2023-7-17 21:27:51

刚看了一下力场文件，对比文献确实是设置有些错误，谢谢老师。

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