NPT与NVT比较，及不同的系综计算对扩散系数值的影响？

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-4-15 09:24:46

大家好！！！    问题有点绕，我尽量表示清楚！大家别介意哈~
   当我们想要得到一个体系的扩散系数这一性质时，用ms forcite模块，有的用NVT计算，有的用NPT计算。
   这两种系综，我的理解是它们的着眼点不一样，但本质应该是一样的。也就是说用NVT计算出来的压力 P放到 NPT中去计算，理论上平衡时应该可以得到对应的体积V，这样的理解对吗？
   按照上面的理解，当我想算扩散系数这一性质时，用NVT模拟，体系平衡时会有一个平衡压力P1，那么此时的扩散系数能否就当成P1和T下的扩散系数？它和直接用NPT（P=P1）模拟得到的扩散系数哪个更准确些呢？

   欢迎大家讨论并提出意见！！！！！

k64_cc · 发表于 Post on 2018-4-15 11:31:12

NVT下平衡压力可以为0，你在NPT下设P=0试试？

xylz6188 · 发表于 Post on 2018-4-15 12:17:06

做扩散，一般都是先NVT，再NVE。条件好点的，用NPT，再NVE

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-4-15 23:29:15

xylz6188 发表于 2018-4-15 12:17
做扩散，一般都是先NVT，再NVE。条件好点的，用NPT，再NVE

谢谢您答复！！我有个问题~
若先NVT后再NVE，我试了下，NVE后，体系的平衡温度和初始NVT的不一样呀？也就是说先NVT后NVE平衡温度不就变了吗？（因为NVE是定能量，我们无法确定想要模拟的体系的能量，一般只知道温度、压力或密度等参数）
在MS 上我是Forcite——Dynamics——restart这样操作的，是我操作的问题吗？

xylz6188 · 发表于 Post on 2018-4-16 20:39:08

阳光下的尘发表于 2018-4-15 23:29
谢谢您答复！！我有个问题~
若先NVT后再NVE，我试了下，NVE后，体系的平衡温度和初始NVT的不一样呀？也 ...

是有点偏差，但模拟步长足够的话一般还是比较接近的。我一般不用你这种方法，我是在NVT后的平衡结构的基础上再做一次NVE

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-4-16 21:25:42

xylz6188 发表于 2018-4-16 20:39
是有点偏差，但模拟步长足够的话一般还是比较接近的。我一般不用你这种方法，我是在NVT后的平衡结构的基 ...

奥奥，这样呀

！谢谢

agent99 · 发表于 Post on 2018-4-17 01:47:39

最好用NVE，因为NVT/NPT里的控温/控压方法可能会对轨迹产生扰动从而影响扩散行为。如果一定要用，建议采用Nose-Hoover系列方法，一定不要用Andersen

ulosggs · 发表于 Post on 2018-4-17 10:58:22

平衡之后NVT和NPT没有区别。
但是控温方法要注意，选Nose-Hoover是没错的。
http://dx.doi.org/10.1021/ct400109a

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-4-17 11:02:25

ulosggs 发表于 2018-4-17 10:58
平衡之后NVT和NPT没有区别。
但是控温方法要注意，选Nose-Hoover是没错的。
http://dx.doi.org/10.1021/c ...

是这样奥，多谢！！！

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-4-17 11:03:08

agent99 发表于 2018-4-17 01:47
最好用NVE，因为NVT/NPT里的控温/控压方法可能会对轨迹产生扰动从而影响扩散行为。如果一定要用，建议采用N ...

原来控温方法选择也有讲究，谢谢！！！

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