“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8043|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] 离子周围一定范围的水分子随着z坐标的变化

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

63

eV
积分
73

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 shizizuo 于 2018-4-16 16:16 编辑

我想计算离子周围一定范围的水分子睡着z坐标的变化,但是目前只能计算随帧数的变化,请问咋样计算随z左标的变化呢。能否提供一个脚本参考一下。 文章是这样算的


c2c1d26e94788a1de4e0c62be34f6d8.png (187.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

jpg

jpg

1175

帖子

7

威望

6908

eV
积分
8223

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2018-4-16 16:15:29 | 只看该作者 Only view this author
计算每一帧对应的反应坐标值,把相同反应坐标值对应的帧都取出来,然后取平均

10

帖子

0

威望

63

eV
积分
73

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-16 16:28:08 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-4-16 16:15
计算每一帧对应的反应坐标值,把相同反应坐标值对应的帧都取出来,然后取平均

非常感谢您的回答。我来试试

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-17 03:13 , Processed in 0.247372 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list