计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 22662|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 高斯中怎么计算一步反应的活化能,我的ts震动方向,虚频,和IRC都是对的,

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

18

eV
积分
21

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
(1)我的这个反应是快速高温反应。因为不确定这个反应是不是基元反应。我首先选用了TS方法找过渡态,得到了过渡态,查看震动方式正确,有唯一虚频,IRC显示也是正确的。由此                     可以确定我的反应不是基元反应吗?如果是基元反应,我按照一步反应,可以得到正确的ts吗?


(2)我用低精度下的opt+freq,得到Zero-point correction,和高精度下的单点能(即summary里显示的能量),然后二者相加。反应物和过渡态的能量都是这样计算的,最后根据公式:活化能=ts              的能量--反应物的能量。但是得到的主副反应的活化能大小趋势和实验总是不一致(我计算出来的主反应的活化能小,副反应的大。和别人给出的实验值大小相反)。别人的是阿伦尼乌斯公             式(带有分压)的形式,我按照他们给出的阿伦尼乌斯公式,倒推出来的活化能。我用qcisd,6-311++(d,p)算了一下,还是老样子。。。。
(3)不知道问题是否表达清楚。如果犯了低级错误,请多多包涵。
本人新手,请多多赐教。谢谢。

108

帖子

0

威望

286

eV
积分
394

Level 3 能力者

2#
发表于 Post on 2016-5-20 10:05:46 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您的问题解决了吗?我也有同样的问题

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2016-5-20 16:41:10 | 只看该作者 Only view this author
1 如果IRC两端正是反应物和产物,正是表示这是基元反应

2 你只考虑ZPE,得到的只是0K下的热力学量。
另外QCISD/6-311++G**这种组合很烂,远不如用双杂化泛函/def2-TZVP算高精度单点

如果计算方法合理、步骤无误,就是和实验不符合,可能忽略了实验上其它一些因素。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2016-5-23 16:31:56 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-20 16:41
1 如果IRC两端正是反应物和产物,正是表示这是基元反应

2 你只考虑ZPE,得到的只是0K下的热力学量。

Sob老师,请问
1. 在活化能的计算中每一个物质的能量的计算方法是ZPE+SP?还是单纯的SP就可以了?
2. 您所说的双杂化泛函是不是M062X?这是计算单点能精度较高的方法吗?
3. 低精度下计算得到的ZPE合理吗?不需要与单点能计算级别一致吗?
谢谢老师

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2016-5-23 16:38:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-5-23 16:40 编辑
lastzealot 发表于 2016-5-23 16:31
Sob老师,请问
1. 在活化能的计算中每一个物质的能量的计算方法是ZPE+SP?还是单纯的SP就可以了?
2.  ...

用于评价反应速率的是△G,除了ZPE+SP还有其他校正量
M06-2X是meta-GGA泛函,不是双杂化泛函,双杂化泛函如PWPB95、DSD-BLYP
频率(ZPE)加校正因子在较低级别下即合理,需要与优化的级别一致,不需要与单点一致

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2016-5-23 22:26:48 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-23 16:38
用于评价反应速率的是△G,除了ZPE+SP还有其他校正量
M06-2X是meta-GGA泛函,不是双杂化泛函,双杂化泛 ...

首先谢谢李老师,您刚才讲的我有些疑问
1 请问你们做过渡态计算时,纵坐标一般表示什么?deltaG还是ZPE+SP?如果是购物,还需要在SP+ZPE基础上再加入哪些校正量呢?
2 单点能你们一般都是用PWPB95和DSD-BLYP这两种吗?B3LYP精度不够吗?

谢谢李老师。

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2016-5-23 22:33:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-5-24 00:08 编辑
lastzealot 发表于 2016-5-23 22:26
首先谢谢李老师,您刚才讲的我有些疑问
1 请问你们做过渡态计算时,纵坐标一般表示什么?deltaG还是ZPE+ ...

前面明确说过了是△G,ZPE+SP是什么鬼!
双杂化比B3LYP的精度不知道高到哪里去了,M06-2X也比B3LYP好得多得多

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2016-5-24 08:05:04 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-23 22:33
前面明确说过了是△G,ZPE+SP是什么鬼!
双杂化比B3LYP的精度不知道高到哪里去了,M06-2X也比B3LYP好得 ...

谢谢老师

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2016-5-29 22:49:58 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-23 16:38
用于评价反应速率的是△G,除了ZPE+SP还有其他校正量
M06-2X是meta-GGA泛函,不是双杂化泛函,双杂化泛 ...

请问老师,PWPB95、DSD-BLYP适合含有錒系元素的结构的单点能的计算吗?
如果不适合,哪几个更适合呢?
谢谢老师。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2016-5-30 00:53:34 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-29 22:49
请问老师,PWPB95、DSD-BLYP适合含有錒系元素的结构的单点能的计算吗?
如果不适合,哪几个更适合呢?
...

适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

198

帖子

0

威望

2242

eV
积分
2440

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2016-5-30 08:45:30 | 只看该作者 Only view this author
楼主,活化能小的不是应该更容易发生么?你计算出来的主反应活化能小,副反应活化能大,不正好说明主要发生主反应么?

我是这样理解的,错了的话请老师们指正
站在宇宙中心呼唤爱

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 19:40 , Processed in 0.308943 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list