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楼主 Author: 长颈鹿先森
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[新手求助] orca中优化时使用m062x/6-11g**应该怎么输入,此外怎么在orca中进行零点能校正

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-1 16:53:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-1 13:23
双杂化那样用可以
CCSD(T)/cc-pVDZ-F12,即便10个原子,只有四核时耗时也是很高的,实际测试一下便知

谢谢老师, 在这个双杂化泛函级别下计算出来的能量精度也好可以被接受吧

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发表于 Post on 2018-5-1 18:42:47 | 只看该作者 Only view this author
长颈鹿先森 发表于 2018-5-1 16:53
谢谢老师, 在这个双杂化泛函级别下计算出来的能量精度也好可以被接受吧

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-2 20:07:09 | 只看该作者 Only view this author

感谢sob老师的耐心回复,我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒,A--->B+C,在orca中应该用哪个能量呢?
gaussian中是计算反应前后(考虑ZPE、焓和熵校正因子后)的吉布斯自由能变化;但是orca中应该怎么考虑校正呢,几何优化之后输出文件中ZPE的值乘上ZPE校正因子然后加上高水平计算的单点能的输出文件中的FINAL SINGLE POINT ENERGY这是考虑零点能校正后的电子能量是吗?
想在orca中得到校正后的反应焓值用于计算BDE;校正后的吉布斯自由能算反应势垒,不知道该用哪个能量,怎么校正?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-2 20:35:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 长颈鹿先森 于 2018-5-2 21:00 编辑
长颈鹿先森 发表于 2018-5-2 20:07
感谢sob老师的耐心回复,我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒,A---> ...

请问老师我写的这个对吗?,此外加校正后的校正因子我是不是用B3LYP/6-311G**的校正因子就行

895225327626463750.jpg (368.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 75)

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发表于 Post on 2018-5-3 00:38:29 | 只看该作者 Only view this author
长颈鹿先森 发表于 2018-5-2 20:35
请问老师我写的这个对吗?,此外加校正后的校正因子我是不是用B3LYP/6-311G**的校正因子就行

不对
频率校正因子是乘到频率上,然后用校正过的频率代入到热力学量计算公式里
仅对于ZPE,将频率校正因子直接乘到ZPE上,和先把校正因子乘到频率上再计算ZPE是一码事
公式在此程序文档里都有
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
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发表于 Post on 2018-5-3 00:42:07 | 只看该作者 Only view this author
长颈鹿先森 发表于 2018-5-2 20:07
感谢sob老师的耐心回复,我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒,A---> ...


升温对焓增加的频率校正因子,以及熵的校正因子,通常都比较接近于1,因此算这部分的时候可以无视频率校正因子,但是ZPE校正因子最好考虑。
根据具体输出,搞清楚热力学量的计算公式,手动处理就完了
如果搞不清楚输出,就在Gaussian和ORCA下都用HF/STO-3G对相同结构做振动分析,对比结果马上就明白了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-3 11:50:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 长颈鹿先森 于 2018-5-3 18:53 编辑
sobereva 发表于 2018-5-3 00:42
升温对焓增加的频率校正因子,以及熵的校正因子,通常都比较接近于1,因此算这部分的时候可以无视频率 ...
老师我已经懂了
我仔细看了下热力学量的计算公式之后,得出的结论
Thermal correction to Enthalpy(gaussian)=ZPE+Total correction+Thermal Enthalpy correction (ORCA)
根据G=H-T*S;G=E+ZPE+△H-T*S: Thermal correction to Gibbs Free Energy(gaussian)=For completeness - the Gibbs free enthalpy minus the electronic energy(orca)

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发表于 Post on 2022-5-24 16:38:29 | 只看该作者 Only view this author
阅读各位老师的帖子,我将关键词改成了numfreq,可是用m062x进行激发态结构优化和频率分析时系统还是报错,请教一下这是什么原因啊?虽然out文件中说GGA类型的泛函没法做解析频率的计算,但是我已经改成了数值频率了。(ps:已附上我的inp和out文件截图)

202205241637176799..png (15.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

202205241637176799..png

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发表于 Post on 2022-5-24 21:16:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty2 于 2022-5-24 21:18 编辑
王若曦 发表于 2022-5-24 16:38
阅读各位老师的帖子,我将关键词改成了numfreq,可是用m062x进行激发态结构优化和频率分析时系统还是报错, ...

你再认真看一遍,说的是解析梯度都没有。Hessian需要二阶导数,半数值的也需要一阶解析导数。趁早放弃。要么换泛函,要么换软件。另外这个问题和本贴没什么直接关系。

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