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[Gaussian/gview] 关于高斯中的分子动力学计算

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发表于 Post on 2021-8-23 10:56:53 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-8-22 18:57
geom=allcheck的用法是,先确认你写的chk文件里有坐标信息,然后用这个关键词的同时需要将坐标和标题( ...

我刚刚操作了一遍,但仍然报错。。。

我理解的意思是:因为我使用了geom=allcheck,chk文件有坐标信息,所以com文件里需要将坐标信息和标题都删掉。另外我没有写geom=connectivity,所以坐标后面的连接关系信息也可以删掉。
这样我的com文件就变成了:

%chk=RRP2B09.chk
%nprocshared=5
%mem=10GB
#p b3lyp/6-31g(d) admp=(maxpoint=1000, NKE=100000) geom=allcheck guess=read
(后面多敲了几行回车)

linux命令也变成了:g09 RRP2B09-ADMP.com RRP2B09-ADMP.out &
(做构型优化产生的chk文件是 RP2B09.chk,跑ADMP使用的 com文件名称是 RRP2B09-ADMP.com )

报错信息:

[RD2@localhost 2021062801-RP2B09]$ Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 00000000009d0e30, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000068613, rsp 00007ffe7e4c9f28, rbp 00007ffe7e4c9f50
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000068613, r8  00002b0804dee1a0
   r9  0000000000000000, r10 00007ffe7e4c9cb0, r11 0000000000000206
   r12 00007ffe7e4ca180, r13 00007ffe7e4ce1a8, r14 00007ffe7e4ce1b0
   r15 00000000060c62a0
  /lib64/libpthread.so.0() [0x337a60f7e0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x337a232777]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x45bfe7]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x48d660]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x474ce3]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x40d248]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x40a73f]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x405f0f]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x4037b0]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x4036ed]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x337a21ed1d]
  /home/RD2/g09/l101.exe() [0x4035e9]

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发表于 Post on 2021-8-23 14:18:41 | 只看该作者 Only view this author
Marc0 发表于 2021-8-23 10:56
我刚刚操作了一遍,但仍然报错。。。

我理解的意思是:因为我使用了geom=allcheck,chk文件有坐标信息 ...

报错信息在RRP2B09-ADMP.out文件里看

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发表于 Post on 2021-8-23 18:00:18 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-8-23 14:18
报错信息在RRP2B09-ADMP.out文件里看

out文件是这样的

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=RP2B09-ADMP.com
Output=RP2B09-ADMP.out
Initial command:
/home/RD2/g09/l1.exe "/home/RD2/g09_tmp/Gau-427538.inp" -scrdir="/home/RD2/g09_tmp/"
Entering Link 1 = /home/RD2/g09/l1.exe PID=    427539.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2015,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
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Use, reproduction and disclosure by the US Government is
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and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
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competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
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of this program is prohibited from giving any competitor of
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business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision E.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  ES64L-G09RevE.01 30-Nov-2015
                23-Aug-2021
******************************************
%chk=RRP2B09.chk
%nprocshared=5
Will use up to    5 processors via shared memory.
%mem=10GB
----------------------------------------------------------------------
#p b3lyp/6-31g(d) admp=(maxpoint=1000, NKE=100000) geom=allcheck guess
=read
----------------------------------------------------------------------
1/14=-1,26=3,29=20007,38=1,42=1000,73=100000/1,21;
2/12=2,29=2,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,14=-4,16=1,25=1,30=1,65=-1,71=1,74=-5,89=400,90=600,116=-2/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,14=200,38=6/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/7=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,42=1000,73=100000/21(2);
2/29=1/2;
99/12=1/99;
2/29=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,14=-2,16=1,25=1,30=1,65=-1,71=1,74=-5,89=400,90=600/1,2,3;
5/5=2,14=100/2;
7/7=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,42=1000,73=100000/21(-4);
2/29=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1,12=1/99;
Leave Link    1 at Mon Aug 23 18:54:57 2021, MaxMem=  1342177280 cpu:         0.1
(Enter /home/RD2/g09/l101.exe)
Structure from the checkpoint file:  "RRP2B09.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=        101474976


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    15 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      596480 FType=2 FMxFil=10000

Number              0           501           502           598           801           989
Base           180736         43520         72192         76800        180224         44544
End            596480         44520         76297         76802        180230         64544
End1           596480         44544         76800         77312        180736         65024
Wr Pntr        180736         43520         72192         76800        180224         44544
Rd Pntr        180736         43520         72192         76800        180224         44544
Length         415744          1000          4105             2             6         20000

Number            991           992           993           994           995           996
Base            65536         65024         43008         40448         42496         41472
End             72098         65033         43208         40478         42516         41672
End1            72192         65536         43520         40960         43008         41984
Wr Pntr         65536         65024         43008         40448         42496         41472
Rd Pntr         72098         65033         43208         40478         42516         41672
Length           6562             9           200            30            20           200

Number            997           998           999
Base            41984         40960         77312
End             42058         41160        179816
End1            42496         41472        180224
Wr Pntr         41984         40960         77312
Rd Pntr         42058         41160         79816
Length             74           200        102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=        101474976
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

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发表于 Post on 2021-8-23 19:58:58 | 只看该作者 Only view this author
Marc0 发表于 2021-8-23 11:00
out文件是这样的

Entering Gaussian System, Link 0=g09

chk文件到底叫RRP2B09.chk还是RP2B09.chk?你之前的帖子里提到叫RP2B09.chk,但是这里输入文件读的是RRP2B09.chk
以后学会自己分析报错原因,这里已经说得很清楚了
Structure from the checkpoint file:  "RRP2B09.chk"
FileIO operation on non-existent file.
程序要对一个文件做IO(IO = input/output,输入输出,也就是读文件、写文件),但是这个文件不存在。而且这个报错是在程序说要从RRP2B09.chk读结构之后,紧接着给出的报错,那最大的可能性就是这个不存在的文件就是RRP2B09.chk,也就是说你文件名写错了。

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发表于 Post on 2021-8-24 09:01:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-23 19:58
chk文件到底叫RRP2B09.chk还是RP2B09.chk?你之前的帖子里提到叫RP2B09.chk,但是这里输入文件读的是RRP2 ...

啊,我竟然才注意到这个问题!
十分感谢wzk老师!程序已经可以运行了。

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发表于 Post on 2024-2-9 13:16:41 | 只看该作者 Only view this author
这里补充一下我最近学习到的
IOp(1/44=***)
这个设置是可以更改Random Number Generator Seed的,也就是初始的动能方向分配
这里的***代表你随机输入的一个种子,最小是0最大可以到20亿好像。这个东西你更换一下设置,计算出来的结果会完全不同,本质上就是模拟自然状态下的随机动能分配的,我觉得挺有用的,希望可以帮到需要的人。

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发表于 Post on 2024-2-9 17:11:49 | 只看该作者 Only view this author
高章磊 发表于 2024-2-9 13:16
这里补充一下我最近学习到的
IOp(1/44=***)
这个设置是可以更改Random Number Generator Seed的,也就是 ...

是的之前用高斯跑QCT的时候这里就得拿脚本写个随机数,这样跑几百条出来才是有统计意义 要不跑出来都一样的。

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发表于 Post on 2024-2-9 17:43:55 | 只看该作者 Only view this author
高章磊 发表于 2024-2-9 13:16
这里补充一下我最近学习到的
IOp(1/44=***)
这个设置是可以更改Random Number Generator Seed的,也就是 ...


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