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[新手求助] QMMM中QM部分和MM部分的作用

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最近准备用QMMM研究一个小体系,主要是阳离子和一个羧基的作用,显然离子周围应该有水分子的配位,经典MD也能跑出这个结果

但是我用QMMM跑了这个小体系,离子和羧基的结合变得紧密了,但是离子周围却没有水分子了,这是为什么呢?

QM部分是离子和带羧基的分子,方法是PM6,用的electrostatic embedding,水分子是tip4p,同样的初始结构下,QM部分使用经典力场可以得到合理的结果

按照我的理解,electrostatic embedding 是把MM部分的电场计入QM部分的hamitonian中,然后计算出QM部分每个原子的电荷,再利用QM部分的电荷反过去计算MM中各原子的受力,不知道理解有没有误?如果理解无误的话,即便PM6处理弱相互作用再不好也不至于这样啊=。=不知道有没有人有过类似的经历?

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发表于 Post on 2015-4-22 17:03:30 | 只看该作者 Only view this author
光从你的描述上很难判断是怎么回事。
对于电子嵌入的描述没有错误。
可以搭几个简单模型测试测试看看MM的水和QM部分的相互作用是否正常描述了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-26 13:41:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-4-22 17:03
光从你的描述上很难判断是怎么回事。
对于电子嵌入的描述没有错误。
可以搭几个简单模型测试测试看看MM的 ...

还是感谢~我换个从头算的QM方法试试~~

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发表于 Post on 2024-9-20 20:15:24 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2015-4-26 13:41
还是感谢~我换个从头算的QM方法试试~~

好奇,问一句最后这样解决了吗?(时隔多年不知道博主是否还记得)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-21 13:08:16 | 只看该作者 Only view this author
MilesYYh 发表于 2024-9-20 20:15
好奇,问一句最后这样解决了吗?(时隔多年不知道博主是否还记得)

确实不记得了,后来觉得这样跑意义不大,也没在弄了,因为不把离子周围的水考虑成QM部分的话,误差甚至都不一定变小,那还不如用MM直接跑得了。

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