关于甘油npt过程的问题

虔诚的人

sob老师，您好
我在glycerol体系中，跑npt遇到这样的问题，请问这么解决：
WARNING 1 [file glycerol.top, line 15]:
  The bond in molecule-type glycerol between atoms 4 O1 and 12 H6 has an
  estimated oscillational period of 8.9e-03 ps, which is less than 5 times
  the time step of 2.0e-03 ps.
  Maybe you forgot to change the constraints mdp option.

O1和H6是羟基，它的红外光谱的波数3300~3600cm-1（拉伸振动），换算过来振荡周期为1.01 ps~0.93 ps与8.9e-03 ps差距有点大啊。
我的ipt文件，甘油所有参数来自于ambertool中gaff2.dat
[ bonds ]
;   ai     aj funct   r             k

     4     12   1    9.7300e-02    4.7154e+05 ;     O1 - H6

我的mdp文件，其他都是正常的设置。
; Bond parameters
constraints            = none      ; No constraints except for those defined explicitly in the topology
constraint_algorithm   = Lincs     ; LINear Constraint Solver
continuation           = no        ;
lincs_order            = 4         ; also related to accuracy
lincs_iter             = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_warnangle        = 30        ; maximum angle that a bond can rotate before LINCS will complain

这虽然是个警告，-maxwarning 1可以是模拟进行，但是我想知道怎么解决这个问题，想让模拟更好一点。
恳请sob老师指教！

sobereva

要用2fs步长，就应当把H相关的键约束住，constraints = hbonds

fhh2626

constraints打开，别乱改啊

虔诚的人

fhh2626 发表于 2018-5-11 08:44
constraints打开，别乱改啊

您的意思是constaints = all-bond吗？

fhh2626

虔诚的人 发表于 2018-5-11 09:27
您的意思是constaints = all-bond吗？

hbonds，做溶液MD都应该用这个设置，你能用的最短时间尺度跟你体系中振动最快的运动模式有关

虔诚的人

fhh2626 发表于 2018-5-11 09:31
hbonds，做溶液MD都应该用这个设置，你能用的最短时间尺度跟你体系中振动最快的运动模式有关

谢谢您

努力向上的boy

您好，请问您这个问题怎么解决的，我也出现了，不过是note里面