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[VMD] namd建模时一个水盒子和一个分子示意图怎么画,谢谢

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本帖最后由 xiaochenxi 于 2018-5-14 11:26 编辑

namd建模时一个水盒子和一个分子示意图怎么画,谢谢。实在是不知道怎么画的,谢谢大家的帮忙

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发表于 Post on 2018-5-14 12:00:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fhh2626 于 2018-5-14 12:01 编辑



See http://bionano.physics.illinois. ... tachyonTutorial.pdf



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 17:18:42 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-5-14 12:00
See http://bionano.physics.illinois. ... tachyonTutorial.pdf

你好,除了提到的方法还有其他简单的方法吗?谢谢

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发表于 Post on 2018-5-14 17:53:46 | 只看该作者 Only view this author
xiaochenxi 发表于 2018-5-14 17:18
你好,除了提到的方法还有其他简单的方法吗?谢谢

没明白,就点几下鼠标就行了还要怎么简单。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 18:18:44 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-5-14 17:53
没明白,就点几下鼠标就行了还要怎么简单。。。

主要是不会,看了上面的没有学会

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发表于 Post on 2018-5-14 19:08:17 | 只看该作者 Only view this author


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 11:22:13 | 只看该作者 Only view this author

你好:
   我试了一下,我的是卟啉和水分子组成的pdb文件,在Graphics Representations中我只想让卟啉分子变成CPK形式,水分子不变,我在Selected Atoms中输入什么关键词才能实施这一步,因为我把selections中的singlewords词都试了不行,谢谢

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发表于 Post on 2018-5-15 19:01:06 | 只看该作者 Only view this author
xiaochenxi 发表于 2018-5-15 11:22
你好:
   我试了一下,我的是卟啉和水分子组成的pdb文件,在Graphics Representations中我只想让卟啉分 ...

打开pdb文件,看两种分子残基名都叫什么
诸如卟啉的残基名是POR,你就输入resname POR就能选中
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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