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[GROMACS] gromacs在能量最小化出现LINCS警告

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本帖最后由 青青青 于 2019-6-21 11:35 编辑

【求删除】gromacs能量最小化出现l了好多的LINCS警告,用的martini力场,constrain已经设置为none了,还是同样的问题。谢谢您的解答。
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发表于 Post on 2018-5-15 19:58:36 | 只看该作者 Only view this author
重新编辑帖子。图没发上来。注意仔细阅读置顶的新人必读贴
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-5-16 01:03:10 | 只看该作者 Only view this author
优化的时候,可以先试一下关闭 constraints

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-16 16:56:21 | 只看该作者 Only view this author
beyond 发表于 2018-5-16 01:03
优化的时候,可以先试一下关闭 constraints

constrain 已经设置none了。。
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发表于 Post on 2018-5-16 18:03:32 | 只看该作者 Only view this author
设置none不可能有这种提示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-16 18:16:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-16 18:03
设置none不可能有这种提示

真的,intergrator设置的steep,把em.mdp给您看一下,谢谢您的回答。

em.mdp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-16 18:17:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 19:58
重新编辑帖子。图没发上来。注意仔细阅读置顶的新人必读贴

新人必读帖刚刚读过啦,颇有启发。
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发表于 Post on 2018-5-16 18:26:51 | 只看该作者 Only view this author
用的是martini,这种重要信息在求助一开始就应当说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-16 19:19:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-16 18:26
用的是martini,这种重要信息在求助一开始就应当说明

不好意思,我重新编辑一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-16 19:22:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-16 18:26
用的是martini,这种重要信息在求助一开始就应当说明

请问老师是力场的问题吗?可是力场文件在别的体系里面模拟是没有错误的呀
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发表于 Post on 2020-9-2 10:16:53 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主这个问题怎么解决的呢?

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