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标题: 对于含硫、氧、碳原子的有机阴离子进行优化和激发态计算，怎么选弥散函数和极化函... [打印本页]

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 14:08
标题: 对于含硫、氧、碳原子的有机阴离子进行优化和激发态计算，怎么选弥散函数和极化函...
请教大佬们！
最近想计算一个含硫、氧、碳原子的有机阴离子的紫外吸收图谱，将其在基态下进行优化，执行的口令是：opt=calcfc ub3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(solvent=water) geom=connectivity
pop=full，然后在此基础上采用相同的基组选择TD进行了激发态的计算，有了一个初步的结果，也得到了一个较为合理的紫外吸收谱图。不过最近又看了一些讨论，就不知道我选++和d，p是不是合理的？因为含有硫原子，实际上也是硫原子带了一个负电，不知道是不是应该把极化函数作一修改？
另外请老师讲解一下极化函数选项中d,2d,3d,df,2df,p,2p,3p,pd,...3pd等到底是什么意思，有什么区别啊？选择他们得标准是什么？

谢谢啦！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 19:09
写pop=full毫无意义，给氢带弥散完全多余
“硫原子带了一个负电”不可能，搞清楚形式电荷和原子电荷

仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265（http://bbs.keinsci.com/thread-415-1-1.html）
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 21:35
哦哦，十分感谢，我会加以调整的。
看了你推荐的帖子，我想试一下PBEO，但是在Basis Set Exchange 那个网站上没有找到呢！
请问在哪里可以拷贝该基组啊？

作者
Author: seenbefore 时间: 2019-6-12 21:53

Kellyyyy 发表于 2019-6-12 21:35
哦哦，十分感谢，我会加以调整的。
看了你推荐的帖子，我想试一下PBEO，但是在Basis Set Exchange 那个网 ...

是PBE0不是PBEO，而且PBE0是个泛函不是基组。

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 22:01
那是G09自带的吗？在哪能找到这个呢？

作者
Author: seenbefore 时间: 2019-6-12 22:03

Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:01
那是G09自带的吗？在哪能找到这个呢？

Gaussian 09的写法是PBE1PBE

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 22:07
这个是自带的呢还是需要去别的网站下载啊？
我没有找到呢...

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 22:09
还有就是有人知道怎么看紫外吸收每个激发态对应的发生跃迁的电子的类型和位置吗？
是不是需要额外的处理或者在计算的时候额外加一些指令呢

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 22:28
那选了这个泛函之后，又出现了fitting set的选项，这个应该怎么选呢？？？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 22:29

Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:28
那选了这个泛函之后，又出现了fitting set的选项，这个应该怎么选呢？？？

甭用gview产生输入文件的关键词，这是非常菜的人才用的

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-12 22:30

Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:09
还有就是有人知道怎么看紫外吸收每个激发态对应的发生跃迁的电子的类型和位置吗？
是不是需要额外的处理或 ...

认真仔细把此文看完之前别问新的问题

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）

此文也要好好看
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-12 22:46

sobereva 发表于 2019-6-12 22:30
认真仔细把此文看完之前别问新的问题

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法

这些里面没有讲解怎么看吧。
应该只能从输出文件中看到类似于：
Excited State 1:  3.000-A    2.6976 eV  459.60 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
   44A -> 45A    -0.69450
   44B -> 45B       0.69450
This state for optimization and/or second-order correction.

但是没法知道44或者45具体对应的轨道是哪个呢？用edit再MOs用可视化只能看到一个大概，但是不能判断是π、n还是σ。。。

还麻烦您给与解答呢，非常感谢！

另外计算激发态的时候，是不是在基态的优化与激发态的计算采用的泛函和基组不一定非得一样呢？？
emmm，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 00:41

Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:46
这些里面没有讲解怎么看吧。
应该只能从输出文件中看到类似于：
Excited State 1: 3.000-A 2. ...

给了轨道序号自然就知道对应什么轨道，画图就完了，属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

是什么类型的根据结构化学知识自然就能判断
仔细看（下文在我上面贴的文章里已经明确提到了，显然并非“没有讲解怎么看吧”。我给你的文章不是光让你看文章里面的内容，还包括文章里面引用的其它文章）
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284（http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html）

可以不一样。仔细看
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415（http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html）

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-13 12:17

sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道，画图就完了，属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

很有帮助呢！谢谢！

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-13 12:28

sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道，画图就完了，属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

还想请教一下，采用不同的方法对同一分子相同的初始构型进行优化得到了不同构型、不同能量的分子，如何将二者作比较呢（需要对各自进行零点能的矫正然后比较能量吗？）是不是能量较低的更合理呢？

还请指教，谢谢！

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-13 16:32

sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道，画图就完了，属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

您好！我想问一下VMD可以像multiwfn那样同时显示两个轨道吗

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-13 17:33

sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道，画图就完了，属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

还想请教一下，就是激发态文档中显示的：
<S**2>=2.000
和
<S**2>=0.000
有什么区别吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 22:35

Kellyyyy 发表于 2019-6-13 16:32
您好！我想问一下VMD可以像multiwfn那样同时显示两个轨道吗

可以

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 22:35

Kellyyyy 发表于 2019-6-13 17:33
还想请教一下，就是激发态文档中显示的：
=2.000
和

显然S^2算符期望值不同
什么含义这里明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-13 22:36

Kellyyyy 发表于 2019-6-13 12:28
还想请教一下，采用不同的方法对同一分子相同的初始构型进行优化得到了不同构型、不同能量的分子，如何将 ...

比自由能。图省事就比电子能量

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-13 23:29

sobereva 发表于 2019-6-13 22:35
可以

emmm，要怎么操作呢？我看您发的关于VMD的讲解内容里面没有呢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-14 23:33

Kellyyyy 发表于 2019-6-13 23:29
emmm，要怎么操作呢？我看您发的关于VMD的讲解内容里面没有呢！

如果你仔细看了下文的VMD绘制部分，会画一个就肯定会画更多个。在graphics - representation里多增加几个rep就完了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

这里也有画多个轨道的例子
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

作者
Author: Kellyyyy 时间: 2019-6-15 16:36

sobereva 发表于 2019-6-14 23:33
如果你仔细看了下文的VMD绘制部分，会画一个就肯定会画更多个。在graphics - representation里多增加几个 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

请问这里面输入的electron center 和hole center的坐标从那哪里获得啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-16 00:54

Kellyyyy 发表于 2019-6-15 16:36
请问这里面输入的electron center 和hole center的坐标从那哪里获得啊？

仔细看hole-electron分析后屏幕上的输出，仔细、完整阅读此文

作者
Author: 化小白 时间: 2021-9-12 20:07
本帖最后由化小白于 2021-9-12 20:12 编辑

sobereva 发表于 2019-6-12 19:09
写pop=full毫无意义，给氢带弥散完全多余
“硫原子带了一个负电”不可能，搞清楚形式电荷和原子电荷

老师，您好，关于他的输入文件，我想问一下，他计算的有机阴离子体系可以直接使用SMD溶剂模型优化吗？我记得您好像有篇博文中提到，阴离子体系需要使用杂化溶剂模型，直接使用SMD溶剂模型的话误差可能比较大

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 23:55

化小白发表于 2021-9-12 20:07
老师，您好，关于他的输入文件，我想问一下，他计算的有机阴离子体系可以直接使用SMD溶剂模型优化吗？我 ...

优化通常可以。但opt freq目的一般我更建议用Gaussian默认的IEFPCM，原因下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

误差比较大是隐式溶剂模型下算离子体系的能量。但也看具体是什么阴离子、什么隐式溶剂模型。诸如uESE就比SMD要好
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593（http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html）

作者
Author: 化小白 时间: 2021-9-13 11:28

sobereva 发表于 2021-9-12 23:55
优化通常可以。但opt freq目的一般我更建议用Gaussian默认的IEFPCM，原因下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶 ...

老师，您好，我所计算的阴离子体系是醋酸阴离子与中性有机物之间质子转移的过程，溶剂是三氟乙醇，想用SMD隐式溶剂模型计算体系自由能，看了uESE支持的溶剂类型中，没有我所需要的三氟乙醇溶剂，所以想问一下是不是只能使用杂化溶剂模型？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-14 03:29

化小白发表于 2021-9-13 11:28
老师，您好，我所计算的阴离子体系是醋酸阴离子与中性有机物之间质子转移的过程，溶剂是三氟乙醇，想用SM ...

无论用什么隐式溶剂模型肯定也不如用杂化溶剂模型，你觉不嫌麻烦而且对精度要求高的话就用杂化模型

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