计算化学公社

标题: RESP拟合电荷法 [打印本页]

作者
Author: xulisky 时间: 2015-7-16 17:21
标题: RESP拟合电荷法
由于所在实验室之前并没有分子模拟计算这块的经验，我也是新手，问题实在太多，也可能问得不在点上，还望大家多多指点。
研究的体系是离子液体，主要目的在于计算其动力学性质。之前看到过一些文献，如卢天等的《原子电荷计算方法对比》和Jason Rigby 的 Assessment of atomic partial charge schemes for polarisation and charge transfer effects in ionic liquids, 结合一些其他的文章，觉得最好也最准确的电荷拟合方法应该是RESP。
目前，我知道的，RESP方法要么借助R.E.D.软件，要么是ambertools工具。
R.E.D.来自于这个网站http://q4md-forcefieldtools.org/REDS/，其实我看得并不是很明白。
Ambertool的RESP实现电荷拟合的方法则可以按照manual来，现在的问题是ambertools能不能单独安装？我试了下，失败了。
希望大家给点建议，不管是哪个方案。
或者有别的便捷的解决方案更好。
不胜感激！！！

管理员2019-May-15注：
用ambertools和R.E.D计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-16 17:59
可以独立安装。完整安amber是先安ambertools再安amber，你不安amber就行了。
ambertools现在是比较独立的开源程序，除了PMEMD以外原来amber几乎所有都挪到ambertools里了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-7-16 23:21
http://jswails.wikidot.com/installing-amber14-and-ambertools14
http://bbs.keinsci.com/thread-311-1-1.html

作者
Author: xulisky 时间: 2015-7-17 09:49

fhh2626 发表于 2015-7-16 23:21
http://jswails.wikidot.com/installing-amber14-and-ambertools14
http://bbs.keinsci.com/thread-311-1- ...

按照Manual进行安装的时候，总是出现如下的错误提示。
bzip2: (stdin) is not a bzip2 file.
tar: Child returned status 2
按照这个意思，应该是说文件的格式并不是bz2的格式。
可是我如何知道文件到底是什么格式呢？还是说我有的地方设置的不到位？
其他的一些解压命令，如 tar zxvf 等都已经试过，也不能用。
下载的文件应该是完整的。
求高手指点原因！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-17 09:52
如果不熟悉命令，你就在图形界面里解压，肯定能正常解压

作者
Author: xulisky 时间: 2015-7-17 10:17

sobereva 发表于 2015-7-17 09:52
如果不熟悉命令，你就在图形界面里解压，肯定能正常解压

嘿嘿我在window下解压了挪到linux里面了可以用

作者
Author: xulisky 时间: 2015-7-22 21:05
现在是遇到技术问题啦，还是关于RESP方法拟合电荷的，还望Sob老师及其它大神多多指教。
最近想用AmberTools工具完成离子液体的RESP电荷拟合。教程参照http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section1.htm。但是在计算完静电势之后就卡住了，也没有解决办法。
esp.sh内容如下：
#!/bin/csh
xlf /usr/local/apps/amber9/src/resp/readit.f 注：这一步我直接改成了readit.f所在的路径。
grep "Atomic Center " $1 > a
grep "ESP Fit" $1 > b
grep "Fit " $1 > c
./a.out
rm -f a b c a.out readit.o
之后的一步是：
>./esp.sh IL0721.gout

然后我发现这个教程里的高斯输入文件的后缀都是gin,输出文件的后缀都是gout。而我的输出文件是.log格式。我将后缀自作主张改为.gout之后，提示的是bash: IL0721.gout: command not found。

问题有两个：
（1）什么情况下高斯的输入文件格式是.gin，输出文件格式为.gout ?
(2)这个问题有没有解决办法呢？不知道是不是可以通过antechamber实现格式的转换？

作者
Author: cwindy 时间: 2016-3-11 09:25

xulisky 发表于 2015-7-22 21:05
现在是遇到技术问题啦，还是关于RESP方法拟合电荷的，还望Sob老师及其它大神多多指教。
最近想用AmberTool ...

Gaussian 输出的只有 log 文件，实质是一个文本文件可以直接更改名字，应该没影响

我看了下你的脚本，应该没错
只不过我使用的第二行为：
gfortran ../readit.f ##readit所在的路径，我的处理log文件无问题

另: gaussian 我使用计算电荷信息是
# opt hf/6-31g(d) iop(6/33=2,6/42=6) pop=mk scf=tight test

我是这样计算的，最后没问题。。。

作者
Author: adong 时间: 2022-7-23 12:55

sobereva 发表于 2015-7-16 17:59
可以独立安装。完整安amber是先安ambertools再安amber，你不安amber就行了。
ambertools现在是比较独立的 ...

sob老师，算RESP的时候用双杂化泛函会比B3LYP好一些吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-23 14:32

adong 发表于 2022-7-23 12:55
sob老师，算RESP的时候用双杂化泛函会比B3LYP好一些吗？

如果你用双杂化泛函级别的密度，比B3LYP好一点点。但前提是选择的双杂化泛函合适，而且关键词合适（避免实际上给出的波函数只是双杂化泛函中的杂化泛函部分）。但总的来说这点差异很小，一般情况不值得为此专门付出额外很多时间。

作者
Author: adong 时间: 2022-7-24 10:12

sobereva 发表于 2022-7-23 14:32
如果你用双杂化泛函级别的密度，比B3LYP好一点点。但前提是选择的双杂化泛函合适，而且关键词合适（避免 ...

好的，谢谢sob老师。

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