计算化学公社

标题: 福井函数和简缩福井函数计算结果矛盾求助 [打印本页]

作者
Author: yynsz123 时间: 2020-1-20 23:11
标题: 福井函数和简缩福井函数计算结果矛盾求助
结构优化之后按照Multiwfn计算福井函数，给出等势面图，然后根据NPA电荷计算简缩福井函数，发现简缩福井函数大的地方等势面包裹并不是最充分的地方，按照理论上说不是应该等势面包裹越充分的地方简缩福井函数值越大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-21 00:16
计算简缩福井函数一定要用Hirshfeld电荷，不要用NPA。仔细看
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html

那叫等值面图不叫等势面图，你计算的不是“势”

等值面看到的效果和等值面数值(isovalue)选取有关，而且要注意正负部分的贡献都得考虑，从图形上估计净值大小而不要只看正值部分

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“福井函数和简缩福井函数”改了，以后务必注意

作者
Author: yynsz123 时间: 2020-1-21 00:45
发帖我没注意看规则，我下次注意；另外，我换成hirshfeld电荷之后区别巨大，数据合理了很多，但是依旧不解决等值面和cFF的矛盾问题，我结构优化和电荷计算都是b3lyp/6-31+g(d,p)下做的，也并没有虚频，但是在输出等值面的时候无论怎么调整，正负值都看，依旧是cFF最大的地方没有等值面，而第二大的地方等值面明显，换成dual描述以后和Fukui的描述一致，都和cFF矛盾，这种情况理论上合理吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-21 01:06

yynsz123 发表于 2020-1-21 00:45
发帖我没注意看规则，我下次注意；另外，我换成hirshfeld电荷之后区别巨大，数据合理了很多，但是依旧不解 ...

明显是计算过程有误。直接用http://sobereva.com/484文中说的功能，得到的CFF不可能和FF有这么大差别。说不清楚就把此功能涉及的三个gjf文件连同三个wfn文件一起压缩后上传。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-1-21 14:56

yynsz123 发表于 2020-1-21 13:01
所有相关文件都放在里面了，输出是fch应该不影响吧，我看手册里面wfn和fch都有用，但是fch太大了，gjf完了 ...

没有波函数让别人帮你跑一遍么？用网盘传一下

作者
Author: yynsz123 时间: 2020-1-21 20:06
我反复跑了好几遍都不一样，等值面和cFF的差别不仅在于苯环上两个氯的间位C上，还有羧基C，无论是NPA还是hirshfeld电荷计算cFF都是一样存在这个问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-22 13:44

yynsz123 发表于 2020-1-21 13:01
所有相关文件都放在里面了，输出是fch应该不影响吧，我看手册里面wfn和fch都有用，但是fch太大了，gjf完了 ...

文件大可以压缩啊，论坛首页明确说了上传较大文本文件前必须压缩

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-22 13:45

yynsz123 发表于 2020-1-21 20:06
我反复跑了好几遍都不一样，等值面和cFF的差别不仅在于苯环上两个氯的间位C上，还有羧基C，无论是NPA还是hi ...

不要再提NPA电荷，反复说了这不适合当前问题

直接用Multiwfn的现成的计算FF和CFF的功能，前面已经说了。严格照着下文操作
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）
如果想尽快解决问题，就不要做任何自行发挥，否则只会白费更多时间。

我不回复与文中操作不符的情况，尤其是自己写什么pop=hirshfeld乱七八糟的我博文或手册里都根本没有提到的做法
如果按照文中操作还有异常，把wfn文件打包上传。

作者
Author: yynsz123 时间: 2020-1-22 17:54
如帖子一步一步做的，还是等值面和F0对不上，而且结果和之前手动的差不多……

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-22 19:07
你上传的N 1.wfn是什么文件？命名一定要清楚明白。用这个当文件名，Multiwfn的那个功能不可能能正常运行。

再次强调：

上传较大文本文件前必须压缩

另外你在6L贴的文件也莫名其妙，如果N状态就对应-1，怎么可能你标的N-1里的dcf_N 1.gjf里电荷成了-2？明明应当是0才对。
一定要注意N是指的电子数，不要在描述上引起任何混淆。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-22 19:28
倘若你之前传的N 1.wfn是N+1.wfn，结果完全没什么异常的

f+的0.001等值面，CFF最大数值完全对应于图中的情况，即H21附近具有很大的f+。那偏离原子中心的一大坨体现出电子在里德堡轨道上。（本身-1阴离子态结合电子能量就很弱，显然很难再结合一个电子，再结合的话必然容易分布在距离体系很远的地方。这体系-2电荷时HOMO轨道能量都是正值，因此实际上也根本不能稳定存在）
(, 下载次数 Times of downloads: 98)

f- 0.005等值面。结果完全正常。虽然等值面图上N7看起来f-数值也较大，但负值部分很大程度抵消了正值部分，需要反复切换不同isovalue才能充分了解这一点。这也体现出直接看图不如直接看定量的数值便于考察。
(, 下载次数 Times of downloads: 94)

作者
Author: yynsz123 时间: 2020-1-22 20:20
本帖最后由 yynsz123 于 2020-1-22 20:36 编辑

原来是这么回事，本来这个分子实际上是阴离子形态，所以我就使用了负离子作为最稳状态，论坛上载的时候+号显示不出来；另外，用中性分子且换成multiwfn算hirshfeld电荷之后结果就对上了，唯一对不上的原来是等值面选的问题。OK，全部搞定！祝老师新年快乐！

作者
Author: yynsz123 时间: 2020-1-23 08:22
追加两个问题：1，这种N+1完全不稳定的状态是否影响f+的理论意义？2. 羧基氧和苯环氢较大的f0不知道如何理解，其中苯环氢H21是和上一个问题联系在一起的，另外，羧基氧在讨论自由基反应，尤其是羟基自由基攻击的时候是被许多文献自动忽略的，这种忽略是合理的吗？

作者
Author: yinlina 时间: 2021-9-26 14:48
老师，您好，福井函数算出来的反应活性与化合物本身发生某一反应的反应能垒个别没有相关性，请问还需要考虑哪些因素？除了空间位阻，反应物的稳定性是否与福井函数的结果是否有重叠？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-29 15:42

yinlina 发表于 2021-9-26 14:48
老师，您好，福井函数算出来的反应活性与化合物本身发生某一反应的反应能垒个别没有相关性，请问还需要考虑 ...

首先要明白，福井函数只适合分子内不同位点间对比，不同分子之间要用其它指标，诸如局部软度、ALIE、静电势、原子电荷等
而且即便是对同一份子，也不要总是指望能有很好的相关性，毕竟福井函数的思想很简单。如果能直接算出来势垒，发现福井函数（或其它指标）能解释差异就解释，不能解释就不要强行讨论。

作者
Author: diyimin10234 时间: 2024-3-25 11:11
本帖最后由 diyimin10234 于 2024-3-25 11:37 编辑

sobereva 发表于 2020-1-22 19:28
倘若你之前传的N 1.wfn是N+1.wfn，结果完全没什么异常的

f+的0.001等值面，CFF最大数值完全对应于图中的 ...

老师，我在分析福井函数等值面图和CFF值也碰到了类似的问题，想请您帮忙看看，主要是关注到CFDT文件中11(Cl)的f-值比较大，但是反映在等值面图中isovalue设置为0.005-0.01时基本看不到，只有将isovalue调到0.001-0.002才比较明显，不过这时候其他一些C、H原子也很明显，很难看出11(Cl)的f-较大，想麻烦老师看看这里该怎么解释？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-25 11:24

diyimin10234 发表于 2024-3-25 11:11
老师，我在分析福井函数等值面图和CFF值也碰到了类似的问题，想请您帮忙看看，主要是关注到CFDT文件中11( ...

看图不好分辨就用Multiwfn计算简缩福井函数，或者用Multiwfn考察ALIE/LEAE
明知道不可能反应的原子无需关注

作者
Author: diyimin10234 时间: 2024-3-25 11:37

sobereva 发表于 2024-3-25 11:24
看图不好分辨就用Multiwfn计算简缩福井函数，或者用Multiwfn考察ALIE/LEAE
明知道不可能反应的原子无需 ...

好的老师

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