计算化学公社

标题: 使用Lines方式展示轨迹文件时，在某些时候会很混乱，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2020-4-21 10:01
标题: 使用Lines方式展示轨迹文件时，在某些时候会很混乱，如何解决？
老师，我在使用VMD展示GMX模拟的轨迹文件时，模拟的体系为周期性体系，使用Lines的展示轨迹文件，当分子有部分原子运动出盒子，整个轨迹的成键方式将变得非常的混乱，原本属于两个盒子的分子运用到一个盒子内时，分子之间会成键，请问这个问题应该如何解决呢？
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作者
Author: snljty 时间: 2020-4-21 10:08
http://bbs.keinsci.com/thread-16193-1-1.html

作者
Author: Alan123 时间: 2020-4-21 10:33

snljty 发表于 2020-4-21 10:08
http://bbs.keinsci.com/thread-16193-1-1.html

嗯嗯好的，谢谢，了解了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-21 17:46
仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

即便不用-pbc mol修正轨迹，也可以通过自定义命令使得在line下不会看到这种难看的现象，仔细看
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

作者
Author: Alan123 时间: 2020-4-21 19:43

sobereva 发表于 2020-4-21 17:46
仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com ...

嗯嗯好的，谢谢老师，问题已解决

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