计算化学公社

标题: Gromacs模拟体系中涉及三价的铁离子的问题 [打印本页]

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DwyaneWan    时间: 2020-5-2 13:43
标题: Gromacs模拟体系中涉及三价的铁离子的问题
各位大神,如果gromacs体系中如果涉及三价的铁离子,那么它的拓扑信息是不是一定要通过特定的量子力学计算才能得到?是否有什么通用的拓扑信息可以直接用于计算呢?如果没有的话,该怎么通过量子力学计算得到呢?
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sobereva    时间: 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参数挪到gmx里搭配amber力场也可以用。还有parmED等工具可以将amber程序的拓扑信息转换成gmx的。
构建原理并不复杂,比如简单的seminario算法根据量子化学计算的Hessian矩阵通常就可以给出适用的参数。

作者
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DwyaneWan    时间: 2020-5-3 13:13
sobereva 发表于 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参 ...

Sob老师,如果考虑使用QM/MM体系的话,是不是选择用cp2k会比较容易实现呢?
作者
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sobereva    时间: 2020-5-5 08:12
DwyaneWan 发表于 2020-5-3 13:13
Sob老师,如果考虑使用QM/MM体系的话,是不是选择用cp2k会比较容易实现呢?

我没试过CP2K的QM/MM,好像记得有人说不好用,而且这也不适合生物体系
生物体系的QM/MM用amber比较简单。另外也可以考虑NAMD
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DwyaneWan    时间: 2020-5-7 15:49
sobereva 发表于 2020-5-5 08:12
我没试过CP2K的QM/MM,好像记得有人说不好用,而且这也不适合生物体系
生物体系的QM/MM用amber比较简单 ...

Sob老师,如果我的体系里生物大分子,可是我想模拟它的化学反应势能,以及偶极的变化。如果我控制反应的原子量,想模拟在溶液的情况,能否将羧基处理成coo-呢?此外,对于dp值不太大的生物大分子,机组和算法选择哪几个性价比高呢?
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sobereva    时间: 2020-5-7 21:24
DwyaneWan 发表于 2020-5-7 15:49
Sob老师,如果我的体系里生物大分子,可是我想模拟它的化学反应势能,以及偶极的变化。如果我控制反应的 ...

大分子的偶极矩没有实际意义
在水当中模拟肯定要弄成质子解离的状态
我不知道dp值指什么

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Eva_Winter    时间: 2022-3-2 10:59
sobereva 发表于 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参 ...

老师好,您在另一个帖子里针对含铁离子的体系http://bbs.keinsci.com/thread-5272-1-1.html是这样说的:
“d、f族过渡金属与有机分子成键过程,没法靠GROMACS模拟,因为这种键肯定存在共价作用,不可能光靠范德华+静电作用描述”
那么是不是不能用“MCPB产生铁离子的力场参数,然后结合GROMACS模拟铁离子与蛋白的相互作用”这个方法来模拟铁离子-蛋白体系?
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sobereva    时间: 2022-3-2 21:59
Eva_Winter 发表于 2022-3-2 10:59
老师好,您在另一个帖子里针对含铁离子的体系http://bbs.keinsci.com/thread-5272-1-1.html是这样说的:
...

MCPB本身就会考虑配位键对应的bond项
用sobtop产生的过渡金属配合物的拓扑文件也是这样处理的(是否以bond形式来考虑,取决于输入的mol2文件里是否设了相应的键),看
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html
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Eva_Winter    时间: 2022-3-10 11:19
sobereva 发表于 2022-3-2 21:59
MCPB本身就会考虑配位键对应的bond项
用sobtop产生的过渡金属配合物的拓扑文件也是这样处理的(是否以bo ...

好的明白啦,非常感谢卢老师答复




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