sobereva 发表于 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参 ...
DwyaneWan 发表于 2020-5-3 13:13
Sob老师,如果考虑使用QM/MM体系的话,是不是选择用cp2k会比较容易实现呢?
sobereva 发表于 2020-5-5 08:12
我没试过CP2K的QM/MM,好像记得有人说不好用,而且这也不适合生物体系
生物体系的QM/MM用amber比较简单 ...
DwyaneWan 发表于 2020-5-7 15:49
Sob老师,如果我的体系里生物大分子,可是我想模拟它的化学反应势能,以及偶极的变化。如果我控制反应的 ...
sobereva 发表于 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参 ...
Eva_Winter 发表于 2022-3-2 10:59
老师好,您在另一个帖子里针对含铁离子的体系http://bbs.keinsci.com/thread-5272-1-1.html是这样说的:
...
sobereva 发表于 2022-3-2 21:59
MCPB本身就会考虑配位键对应的bond项
用sobtop产生的过渡金属配合物的拓扑文件也是这样处理的(是否以bo ...
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