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标题: 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版 [打印本页]

作者
Author: ggdh 时间: 2020-7-15 01:43
标题: 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版
本帖最后由 ggdh 于 2021-1-10 11:44 编辑

O、前言和更新
鸽了很久了。但是迟到总比没有好。。。
和6年前的vmwfn相比，编程语言，操作方式，运行逻辑都有大的变化，不变的是偷懒的初心，以及对漂亮图片的肤浅追求。
这版本采用了模块化的设计，目前基本完工的有4个模块，分别是产生cube (MCubeGen)，渲染cube (vcube)，图片组合(MFigComp)，以及产生表格(tmwfn) 4个部分。
这4个模块被设计为可以独立运行（但是相互之间可以提供便利）
这里我先介绍这个渲染cube的模块: vcube，它是纯tcl语言写的，在vmd中运行，没有调用Multiwfn，不过它所需要的各种cub文件都可以用Multiwfn产生。
（本贴施工中，我会把todo list放在这里，以及如果有版本更新，会把更新内容放在这里）
todo list：
视频教程(轨道图，空穴电子图，静电势图的制作）没耐心看图文的兄弟可以等两天看视频
视频教程(创建自定义的style文件）
欢迎试用，有建议一定要提，有bug一定要报告。。。可以在公社1群@我，也可以加我QQ 32589927提要求
MCubeGen 已经发布，在这里：调用Multiwfn批量产生cube的脚本MCubeGen 1.0
2.0版新特性（第一次使用的同学请从后面的正文开始看）：
a) 添加命令vmol，批量读取分子结构
使用过程中发现。有时候仅仅需要读取分子结构，并不需要cube信息。所以添加了这样一个命令，它可以批量读取vmd所支持的所有的结构文件。用法如下：

vmol *.cub *.pdb

复制代码

这个命令的意思就是读取所有的cub文件以及所有的PDB文件。

b) 添加命令vrename,批量修改分子的名称
vmd中分子名称默认是读取的cub文件名，它可以影响到最后输出图片的这样一个文件名。它也可以影响到分组的情况。用法如下：

vrename _oH _HOMO

复制代码

这个命令的意思是，把所有的分子的文件名当中的_oH改_HOMO。另外这个命令支持正则表达式，不过需要把正则表达式放在大括号里面比如：

vrename {^} confer1_ 0 1 2

复制代码

这个命令的意思是，在0 1 2 号分子文件名之前，加上这样一个confer1_的这样一个前缀。

c) 添加命令vrenders,渲染当前场景
这个命令和 vrender很像。但是他只是渲染当前的场景。这里的s的意思是scene。用法如下

vrenders

复制代码

把当前场景放大3倍，渲染到current.bmp 文件当中，如果多次使用此命令，则会覆盖之前的current.bmp

vrenders orbital01 4

复制代码

把当前场景放大3倍，渲染到orbital01.bmp 文件当中。

d) vrender 命令添加给文件名加后缀选项
有时候我们需要对同一个分子去渲染它不同的角度。但是如果你旋转新角度之后再去渲染的话，那么就会把之前渲染好的那些图片给覆盖掉。vrender加了一个选项，给文件名加后缀，避免覆盖，用法如下：

vrender _topview

复制代码

这样渲染文件，所有的文件名之后，都会跟上一个_topview这样一个后缀。然后我把所有的分子都旋转一下。然后再输下面的命令。

vrender _sideview 4 0 1 2

复制代码

这个命令的意思是，对于0 1 2号分子，我用4倍放大的方法去渲染，然后产生的文件名，后面跟上一个_sideview这样一个后缀。

e) 支持对TachyonLOSPRAY的支持
window版带OSPRAY的见这里，官网上也有，但是据说bug很多。
这个渲染器和TachyonLOpix类似，都是非常的快，但是默认的风格没有针对他们优化过，这个渲染器不需要显卡，但是需要Intel的cpu。
启动vmd的时候，它会检测当前的vmd是否支持这样的渲染器，如果支持的话，它会提示：
TachyonLOSPRAYInternal is available. Turn it on by input "set ospray 1"
那么你需要输入

set ospray 1

复制代码

开启这个渲染器，如果把1改成0就是关闭该渲染器。

f）vgroup增加分组方法：
比如四个文件：mol1_S1_oH, mol2_S1_oH,mol1_S2_oH, mol2_S2_oH，如果用vgroup _ 命令，它会根据_把文件名分为3份，然后根据前2份去分组，这样这4个文件会被分为4组，如果我只想根据第一份去分组，那么需要输入vgroup {_ 0} 这里的_ 是指定分隔符，0就是指先产生0-0和剩余的部分（1-2），然后根据0-0，也就是第一份分组，这文件会被分为mol1 mol2两组，如果我只想根据最后一份去分组，那么需要输入vgroup {_ -1} -1就是指先产生0-1的部分和剩余的部分（2），然后根据剩余的部分分组。这时候文件只有oH这一组。

后续开发计划：
2.5版：支持原子label，以及measurement label
3.0版：重构style，style模块化，支持多style对不同分子分别使用

1.3版新特性（第一次使用的同学请从后面的正文开始看）：
a) 支持在Windows下调好之后在Linux下渲染
  如果图片多并且用的是配置比较低的笔记本电脑，或者是用了带AO效果的风格，那么渲染速度就会很慢。这时候可以把在windows下产生好的输入文件传到linux上去做渲染，步骤如下：
  在window下正常操作，最后输入vrender之后程序会问你是否进行渲染，这时候输入n，回车之后，会弹出一个包含所有tachyon的输入文件的文件夹VCUBE。
  该文件夹下包含dat文件：tachyon的输入文件，bat文件：windows下批量渲染的批处理文件，以及sh文件：linux下批处理的渲染文件。
  将VCUBE文件夹拷贝到linux服务器上，确保服务器上装好vmd，并且vmd命令在PATH变量中。
  cd到该文件VCUBE文件夹下，输入下面的命令进行渲染：

sh renderall.sh

复制代码

或者是输入下面的命令指定24核渲染（如果不指定，默认好像使用大线程数）

sh renderall.sh 24

复制代码

b) 用vtachyopt 命令修改tachyon的参数
tachyon有两个参数对渲染之后的效果影响非常大。分别是-trans_raster3d 和-shadow_filter_off，前者使得透明对象发亮，产生晶莹剔透的效果（默认关闭），后者关闭透明对象的投影使得画面更干净（默认开启）
vcube内置的一些风格中对这两个参数都有特定的设置，直接输入vtachyopt命令可以查看当前设置的参数。
而在实际情况下，可能需要修改这些参数，比如，如果需要把surface的透明度调高，alpha调到0.5，这时必须关掉-trans_raster3d，否则surface会太亮以至于失去细节，这时候应该输入下面的命令。这里没有设置-trans_raster3d就意味着这个选项使用默认值，也就是-trans_orig。

vtachyopt "-shadow_filter_off"

复制代码

对于复杂的分子，可能希望画面干净一点，不想要那么多阴影，这时候可以输入：

vtachyopt "-shadow_filter_off -trans_raster3d"

复制代码

来关闭透明对象投影，同时保留高亮透明效果。
对于比较简单分子，想让阴影丰富，但是又想设置高透明度的surface，可以输入下面的命令：

vtachyopt " "

复制代码

这里的参数是一个空格，其实就是空参数，这就是让着两个选项都用默认值。

1.2版新特性（第一次使用的同学请从后面的正文开始看）：
a）支持Linux操作系统

巨型cube，Linux是64位的，而windos版只有32位的，因此如果cube文件特别大，比如所有cube加起来大小超过3G的话，windows下就会报错。
远程连接和纯文本模式，如果是远程连接Linux，推荐使用xmanager连接，否则无法显示图形界面，另外实在没有图形界面，也可以输入
1. vmd -dispdev text
复制代码
来使用纯文本模式启动vmd，这种情况下无法调整分子的角度，使用快捷键，但是vcube自带的函数都能使用，也可以渲染产生图片。
TachyonLOptiXInternal，如果Linux有cuda和不错的显卡，并且vmd装的是cuda，optix版本。那么可以使用TachyonLOptiXInternal进行超高速渲染，对于制作动画，或者加AO效果的大图片渲染用这个方式渲染将会大大减少时间（关于这个渲染方法可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-12382-1-1.html）。启动vmd后，如果脚本检测出有TachyonLOptiXInternal这个方法，会给出提示：
TachyonLOptiXInternal is available. Turn it on by input "set optix 1"
这时候用户可以输入
1. set optix 1
复制代码
来启动OptiX渲染器，之后按v预览，以及vrender命令都会使用OptiX的方法渲染。
不过这种方法由于无法使用Tachyon的选项，比如”-trans_raster3d -shadow_filter_off“导致最终的图片效果和用Tachyon渲染出的不同。所以真要长期用这个渲染器渲染的话，可能需要优化一下styles（目前的styles是针对Tachyon优化的）
自定义图片预览程序，Linux下脚本默认使用eog或者gwenview来预览图片，如果你安装了别的看图软件，可以通过
1. set image_viewer xxx
复制代码
来指定看图软件的启动命令

b）支持任意编组
1.1版本中vgroup命令只能基于文件名和分隔符号进行分组，比如mol1_hole.cube, mol1_ele.cube, mol2_hole.cube, mol2_ele.cube这四个文件，我把分隔符号设为"_"（输入vgroup _)，那么mol1开头的两个文件会被分为一组，mol2开头的两个文件分为一组。
在1.2 中可以输入

vgroup by 0,2,5 1,3,4

复制代码

这种情况下0，2，5号分子被分为一组，1，3，4号分子被分为一组。

c）支持自定义脚本
有时候可能需要对所有的分子做一些操作，比如通常是增加一个represention来用不同的风格显示分子不同的部分。
用户可以自己编写一个vmd脚本，对TOP分子进行操作。将该脚本命名为xxx.tcl 或者xxx.vmd
然后将该脚本放在当前目录下，或者styles目录下，或者scripts目录下（需要在vmdrc中设置scripts目录的路径，如果没有设置，那么scripts的路径会被设为styles的路径）
输入命令：

vapply

复制代码

可以查看所有以vmd或者tcl为后缀的文件。
输入命令

vapply xxx.vmd

复制代码

可以将用户编写的脚本应用到每一个分子上。

d）支持自定义渲染核数
默认是使用最大物理核心数-2，去渲染图片。可以使用

set nproc 8

复制代码

去指定使用8核渲染图片。注意这个参数在用TachyonLOptiXInternal渲染的时候无效。
另外输入vrender之后，问你是否确定渲染的时候，会提示当前的核心数和图片分辨率如下：
nproc:42, resolution:2016 2544. Render Now?(Y/n)

一、脚本特性

多个cube文件批量渲染
支持单值cub (电子密度，LOL，ELF), 双值cub(各种轨道图), mapped cube(静电势图，RDG), 以及多cub同时作图(空穴电子图）
用快捷键实现快速预览，切换style，调节iso，color range，alpha
cub文件编组，同一组内的分子可以一起移动，或者是同时显示
漂亮的多种内置风格，便捷的style管理，方便创建自定义风格

二、安装方法
1. 安装vmd（win10系统）
2. 下载附件中的压缩包vcube.rar，解压到某个不含空格和中文的目录，比如D:/vmwfn, 此时该文件夹下应该有vcube.tcl文件和styles文件夹
3. 在vmd的安装目录下（windows下的默认是C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD\）找到vmd.rc文件, 用写字板打开编辑（此处需要管理员权限，建议安装Notepad++, 可以自动切换到管理员权限，在其中加入下面两行：

source {D:\vmwfn\vcube.tcl}
set style_dir {D:\vmwfn\styles}

复制代码

4. 启动vmd，然后在命令行窗口中看到类似如下的语句，则说明已经成功加载了vcube (, 下载次数 Times of downloads: 106)
5. 把vmd.exe加入到windows的环境变量中，这步非必须，但强烈推荐，能提供较大的方便。不知道怎么设置windows环境变量的请参考你应该知道的 Windows 环境变量
6. 安装irfanview，并关联bmp图片格式（非必需，但推荐，你用其他快捷的看图软件也行）
7. 安装WSL（非必需，但能提供方便）

三、快速上手教程
运行本程序需要用到命令行输入，快捷键操作，以及鼠标操作，这里以示例文件(附件MCUBEG.zip中的orb文件夹中的几个轨道cub文件）为例讲解操作流程如下
1. 准备好需要渲染的cub文件
2. (非必需步骤) 修改cub文件名为分子代号_cub类型.cub 风格的名字，比如示例文件中的pyrrole_oL.cub表示吡咯分子的LUMO轨道，这样命名的目的是使得vcube脚本能进行分组，使得同一分子的不同cub能分到同一组，而分组的目的是使得同一组内的分子取向保持一致，或者是同时显示同一组内所有的cube文件，用MCubeGen脚本产生的cube会自动完成这种风格的命名，而这种风格的命名后续用MFigComp合并的时候还会用到。
3. 在含有cub文件的文件夹下按下shift+右键，在弹出菜单中点击“在此处打开Powershell 窗口”，如果装了WSL也可以点击“在此处打开Linux shell”
4. 在弹出的窗口中输入vmd.exe启动vmd，如果安装第5步的环境变量没有设好，这里就需要输入vmd.exe的完整路径。
5. 等待vmd加载完成后，输入下面命令载入所有cube文件。

vcube *.cub

复制代码

6. vmd的图形窗口中会显示所有的轨道，这时候可以使用鼠标滚轮进行缩放，以及进行粗略的调整，使得窗口空白不要太多，分子也不要超过窗口
7. 选中vmd的图形窗口，切换到英文输入法，此时可以：

按键盘上的a d 切换单独显示前一个或者后一个分子（此时注意观察VMD主窗口中的文件列表中的变化）
切换一个分子后，可以用鼠标调整它合适的方向
按键盘上的q 和 e 来增大或者减小iso（此时注意观察VMD命令窗口中的iso值的变化）
用PgUp PgDn切换不同的style（此时注意观察VMD命令窗口中当前使用的风格文件，以及所有可用的风格文件）
由于VMD窗口中显示的分子和实际渲染效果差异较大，按下键盘上的v来进行快速渲染，并预览实际渲染效果（此处对硬件配置有一定的要求）
确定所有的分子都摆好pose以后，在命令行输入下面命令进行渲染，这时脚本会问你是否立即渲染，这时候直接按回车就会弹出一个窗口，里面显示渲染进度。
1. vrender
复制代码

8. 渲染完成后，在cub文件的所在目录下会有一个VCUBE文件夹，渲染好的图片文件就在其中。

PS1. 关于分组，按a d来选择分子的时候，是保持了同组分子的联动，在本例当中，同一分子的HOMO，LUMO被分在了一组，所以观察并旋转HOMO的时候，LUMO也在被同步旋转，这样做的目的是为了使得HOMO LUMO图当中的分子取向一样。如果你想单独调节HOMO和LUMO的角度，用w s来选择分子。
PS2. 关于同时显示多个cube，按g在三种状态之间切换：a.显示单个分子，b.显示同一组内所有分子，c.显示所有的分子。
PS3. 关于VMD图形窗口无响应，如果你不小心在VMD命令窗口中输入了字符，这时候你会发现VMD的图形窗口卡死动不了了，这时候你只需要在VMD命令窗口中按下回车，然后在切换回VMD图形窗口就好了。
PS4. 关于透明度，可以用Home End 快捷键快速调整isosurface的透明度，但是注意修改透明度可能对最终的渲染效果产生意想不到的影响，需要及时按v渲染看效果。
PS5. 关于渲染分辨率，目前的默认渲染分辨是桌面窗口大小的3倍，由于打印分辨率通常是桌面分辨率的3倍左右，因此屏幕上显示的分子大小就会约等于本脚本产生的图片打印出来的大小。因此这里不建议在桌面上把分子的显示窗口调得很大，这样不仅会降低预览时的渲染速度，而且最终会产生过大的没有必要的高分辨率图片。

四、绘制静电势图
静电势图是把静电势的cube文件 map 到电子密度的cube之上获得的，在示例文件中也准备了一个esp文件夹里面有用来绘制静电势的cub文件，其中xxx_den.cub就是电子密度的cub，xxx_esp.cub就是静电势的cub文件，这里的操作和上面基本一样，只是在第5步载入cub时略有不同

vcube *_den.cub map *_esp.cub

复制代码

这里加了一个map关键词，表示把该关键词后的cub按照一一对应的关系map到前面的cub上去，对于静电势图目前内置的风格较少，只有sob提供的两种。
此外，可以用快捷键Insert Delete快速切换不同的颜色标尺，用左上右下按键分别对标尺的最小值最大值进行快速调节。
如果需要显示Color scale bar，请按下面步骤操作：
1，先把所有的mapped cube调好
2，用常规的方法制作好一个Color scale bar。
3，在VMD的主窗口中找到改Color scale bar 对应的molid，也就是最左边的编号。
4，假设上一步找到的编号是8，在命令行中输入vshowalways 8，使得该bar始终显示
5，再浏览一遍所有的cube，确保他们和Color scale bar的相对位置正确，然后输入vrender渲染全部。

五、迷你手册
在vmd命令窗口中输入

vhelp

复制代码

可以看帮助，这里面显示了所有的可用命令和快捷键，在vmd命令窗口中输入

vhelp viso

复制代码

可以查看某个具体的命令（这里是viso）的具体用法。vcube自带的所有命令都是以v开头的，方便和vmd中别的命令区别。

六、内置风格预览
作为钢铁直男，本人的审美也就那样，不过还是尽力搞了几套风格不同的内置style，希望能起到抛砖引玉的作用。
(, 下载次数 Times of downloads: 120)
sob艺术级：这个是vcube的默认风格，大家应该都熟悉把，没错，这就是我抄袭的

用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）

(, 下载次数 Times of downloads: 105)
环境光遮蔽：这两个是我之前用环境光遮蔽技术弄的风格，有独特的质感，不过渲染起来慢的一笔，非土豪电脑一定要慎重使用这种风格。

(, 下载次数 Times of downloads: 96)
白色：这4种风格都是某种颜色和白色的搭配，但是材质各不相同，用白色的好处首先就是对色盲和黑白打印友好，其次就是颜色数量少，不容易让人产生“太花了”的感觉，所以很多内置style都使用了白色

(, 下载次数 Times of downloads: 115)
莫兰迪：就是低饱和度颜色，又叫“性冷淡高级灰”，当你受够了滚滚红尘，灯红酒绿，也许这种配色能让你找回内心的宁静。。。。。。好了不开玩笑，如果你需要要在一张图片上显示很多轨道的话，如果颜色饱和度过高，会容易辣眼睛，使得审稿人内心产生莫名烦躁从而拒稿，而这种低饱和度配色，更容易让审稿人内心平静，从而在冷静的情况下发现文章的漏洞拒稿。。。

七、创建自定义风格
审美都是主观的，如果想尝试自定义风格，也非常容易，下面是步骤：
1. 找到styles文件夹（不知道在哪里的请跳转到第二部分）
2. 复制一个stl文件(普通cube)，或者mtl文件(map cube)，然后重命名一个英文名字，这个文件名也就是这个style的名字
3. 打开vmd，载入一个cube文件，先切换到一个和你理想相近的style，然后在VMD中调节各种参数，这里记得按v查看实际渲染后效果，记得准备好眼药水。
4. 根据下图，把你修改的参数填入第二步你复制的stl文件中(图中的红框就是可以改的参数）
5. 分享你独特的style，在茫茫人海中寻找知音。
(, 下载次数 Times of downloads: 109)

作者
Author: zsu007 时间: 2020-7-15 07:01
谢谢楼主的分享，很好的工作！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-7-15 08:41
本帖最后由冰释之川于 2020-7-15 09:03 编辑

赶紧素质三连了

另外，画分子轨道等值面的时候，是否支持包含多根轨道的单个cub文件呢？

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2020-7-15 08:58

冰释之川发表于 2020-7-15 08:41
赶紧素质三连了

老b了/doge

作者
Author: 胡说 时间: 2020-7-15 09:45
莫兰迪风格很棒啊

作者
Author: exity 时间: 2020-7-15 14:48
好东西！

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-15 16:22
b格甚高，赞一个

作者
Author: CrysLantZ 时间: 2020-7-16 15:10
超级棒！

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2020-7-16 20:55
一些细节
1. Windows 环境变量最好设置一下，此电脑——属性——高级系统设置——环境变量——Path——编辑——新建——VMD目录（C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD）
2. 如何切换大神说的style

, 在cube文件夹下——shift+鼠标右键——powershell 以下是输命令
vmd——vcube my.cub ——vstyle(查看style的名称）——vstyle morandi-blue（选择适合的style)
没渲染之前的style，你可能觉得不好看，英文输入状态下，输入V, 预览渲染后的图，好看 0.0 ，或者直接渲染看一下，差别很大的

作者
Author: ggdh 时间: 2020-7-16 22:51
本帖最后由 ggdh 于 2020-7-16 22:54 编辑

TDHFjiang 发表于 2020-7-16 20:55
一些细节
1. Windows 环境变量最好设置一下，此电脑——属性——高级系统设置——环境变量——Path——编 ...

哈哈你又来助攻拉，感谢，我自己都是用Page Up， Page Down切换style的，也许以后style 多了，输入名字更方便。其实你可以把你常用的style名字改一下，比如改成x.stl。那你以后直接输入vstyle x就行了。
或者是把不喜欢的style文件删掉，这样用Page Up， Page Down切换起来更快。

作者
Author: duyao7314 时间: 2020-7-21 22:22
成哥，原来你是个画家啊

作者
Author: skdmax 时间: 2020-7-27 06:34
好物。经常出现程序未响应，在哪里转圈圈，是不是我哪里设置有问题？感谢指导。

作者
Author: ggdh 时间: 2020-7-27 15:13
本帖最后由 ggdh 于 2020-7-27 15:38 编辑

skdmax 发表于 2020-7-27 06:34
好物。经常出现程序未响应，在哪里转圈圈，是不是我哪里设置有问题？感谢指导。

一般都是你在命令窗口输入了任何东西，但是没有按回车，又切换回图形窗口，就会出现这种情况。
此时，切换到命令窗口那边，按下回车就好了。

作者
Author: skdmax 时间: 2020-7-27 15:31

ggdh 发表于 2020-7-27 15:13
一遍都是你在命令窗口输入了任何东西，但是没有按回车，又切换回图形窗口，就会出现这种情况。
此时，切 ...

谢谢知道，已经完美解决了，感谢感谢

作者
Author: ggdh 时间: 2020-7-28 15:56
本帖最后由 ggdh 于 2020-7-28 19:47 编辑

1.2版新特性：
a）支持Linux操作系统

巨型cube，Linux版vmd是64位的，而windos版vmd只有32位的，因此如果cube文件特别大，比如所有cube加起来大小超过3G的话，windows下就会报错。
远程连接和纯文本模式，如果是远程连接Linux，推荐使用xmanager连接，否则无法显示图形界面，另外实在没有图形界面，也可以输入
1. vmd -dispdev text
复制代码
来使用纯文本模式启动vmd，这种情况下无法调整分子的角度，使用快捷键，但是vcube自带的函数都能使用，也可以渲染产生图片。
TachyonLOptiXInternal，如果Linux有cuda和不错的显卡，并且vmd装的是cuda，optix版本。那么可以使用TachyonLOptiXInternal进行超高速渲染，对于制作动画，或者加AO效果的大图片渲染用这个方式渲染将会大大减少时间（关于这个渲染方法可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-12382-1-1.html）。启动vmd后，如果脚本检测出有TachyonLOptiXInternal这个方法，会给出提示：
TachyonLOptiXInternal is available. Turn it on by input "set use_optix 1"
这时候用户可以输入
1. set use_optix 1
复制代码
来启动OptiX渲染器，之后按v预览，以及vrender命令都会使用OptiX的方法渲染。
不过这种方法由于无法使用Tachyon的选项，比如”-trans_raster3d -shadow_filter_off“导致最终的图片效果和用Tachyon渲染出的不同。所以真要长期用这个渲染器渲染的话，可能需要优化一下styles（目前的styles是针对Tachyon优化的）
自定义图片预览程序，Linux下脚本默认使用eog或者gwenview来预览图片，如果你安装了别的看图软件，可以通过
1. set image_viewer xxx
复制代码
来指定看图软件的启动命令

vgroup by 0,2,5 1,3,4

复制代码

vapply

复制代码

可以查看所有以vmd或者tcl为后缀的文件。
输入命令

vapply xxx.vmd

复制代码

可以将用户编写的脚本应用到每一个分子上。

d）支持自定义渲染核数
默认是使用最大物理核心数-2，去渲染图片。可以使用

set nproc 8

复制代码

去指定使用8核渲染图片。注意这个参数在用TachyonLOptiXInternal渲染的时候无效。
另外输入vrender之后，问你是否确定渲染的时候，会提示当前的核心数和图片分辨率如下：
nproc:42, resolution:2016 2544. Render Now?(Y/n)

作者
Author: CrysLantZ 时间: 2020-7-28 22:02
棒！第一时间下载

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2020-7-29 20:17
因为不确定你的cub是什么类型，vcube会做一个判断，这时如果想修改isovalue, 把vcube.tcl 里面默认的 0.01 -0.01 ，改成你需要的大小，绘图较多的时候就不需要每次进行修改，如果你的cub类型可以被识别，修改相应的iso就可以。

作者
Author: exity 时间: 2020-7-31 15:20
本帖最后由 exity 于 2020-7-31 15:42 编辑

建议添加功能
不直接调用tachyon进行高清图片渲染，而是输出同名dat文件，即tachyon渲染要调用的文件
然后就能把这些文件发送到大型服务器上渲染了。
这样就能实现笔记本上进行调节，服务器上高速渲染的目的了。比如用 vrender -silm 命令可以不输出图片，直接批量输出dat文件。
还建议可以根据不同cub类型设置不同的isovalue，例如总电子密度一般使用等值面值比较好，不然渲染出来就太胖了。而其他实体空间函数的等值面一般会使用比较小的值，但是往往这些会放在一起渲染的。
PS:此脚本真心好用，钟老师给力，最近还在B站看你的课。希望钟老师在将来能分享更多精品内容。

作者
Author: ggdh 时间: 2020-7-31 21:28
本帖最后由 ggdh 于 2020-7-31 21:31 编辑

exity 发表于 2020-7-31 15:20
建议添加功能
不直接调用tachyon进行高清图片渲染，而是输出同名dat文件，即tachyon渲染要调用的文件
然 ...

谢谢，你的建议挺好的
在服务器上渲染的问题目前就可以解决
vrender之后
脚本问你是否立刻渲染，这时候输入n，可以不渲染，而是打开VCUBE文件夹，里面有所有的dat文件和一个bat文件。
你需要1.把这个VCUBE文件夹上传到服务器上，2.把renderall.bat文件中的tachyon命令改成linux下tachyon命令，比如我的是/home/zc/vmd194/lib/vmd/tachyon_LINUXAMD64，然后运行sh renderall.bat 就行了
不过这么操作还是比较麻烦，下个版本我会让renderall.bat智能一点，在linux不用修改直接自动运行就好。

关于不同的cub不同的iso，有下面几种方法。
最方便的方法（也就是我自己常用的）是根据不同的cub文件名设置不同的iso，目前的脚本是根据cub文件名的后三个字母（至于是哪三个字母见楼上的截图）判断cube的类型从而设置默认的iso。马上发布的MCubeGen 可以产生自动带后缀cube，被vcube识别。
第二种方法就是用viso 0.02 -0.02 1,2,3，可以给特定的分子(这里是1,2,3)设iso。
第三个方法就是按下键盘上的f，这时候切换到局域调节功能，此时按下q e 调节iso，可以只调节当前分子的iso。

不过我觉得还有个问题就是不同类型的cub其实需要不同的style。
但是目前的style调整只能是全局的，针对不同的分子使用不同的style在后续的开发计划中。

作者
Author: exity 时间: 2020-8-1 06:42

ggdh 发表于 2020-7-31 21:28
谢谢，你的建议挺好的
在服务器上渲染的问题目前就可以解决
vrender之后

非常感谢，原来我提出的都是已经实现的功能。
昨天还自己手动，一张一张的输出dat了。

作者
Author: slxc920113 时间: 2020-8-4 00:49
服务器没有显卡可以渲染么？

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-8-4 02:25

ggdh 发表于 2020-7-31 21:28
谢谢，你的建议挺好的
在服务器上渲染的问题目前就可以解决
vrender之后

钟老师，有个问题想请教一下，这个脚本用于Windows 10上WSL1里面的VMD时，有没有什么需要特别修改的地方？（我是用WSL里面装VMD来规避2GB这个限制的。）

作者
Author: ggdh 时间: 2020-8-4 08:22

slxc920113 发表于 2020-8-4 00:49
服务器没有显卡可以渲染么？

可以，一般服务器核心多，渲染的快一些

作者
Author: ggdh 时间: 2020-8-4 08:25
本帖最后由 ggdh 于 2020-8-4 09:46 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2020-8-4 02:25
钟老师，有个问题想请教一下，这个脚本用于Windows 10上WSL1里面的VMD时，有没有什么需要特别修改的地方 ...

这个我没有试过，只要你能解决WSL里面的vmd显示问题，那应该就没有问题，你试试看把，有没有问题都反馈一下哈。

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-8-4 17:34
给力

作者
Author: hzzhang68 时间: 2020-8-12 13:25
值得认真学习！

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-8-22 19:06
楼主给力！
就是我用Linux系统时，只有vmd/plugins/noarch/tcl/vmdlite1.1里有vmd.rc文件，我添加相应内容后没用；然后在bin或者lib的vmd里建vmd.rc，vmd启动时都没加载vcube，我只能通过手动加载。请问Linux要在vmd的什么路径放vmd.rc？

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-8-23 09:27

ghifi37 发表于 2020-8-22 19:06
楼主给力！
就是我用Linux系统时，只有vmd/plugins/noarch/tcl/vmdlite1.1里有vmd.rc文件，我添加相应内容 ...

找到社长的 http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html 文章，里面有相关说明了：

对于Linux版来说，这个文件叫.vmdrc，VMD会先在当前目录下搜索，没有的话就去找~/.vmdrc，还没有的话去找$VMDDIR/.vmdrc（这里$VMDDIR环境变量是没有预先定义的），如果还找不到此文件，就会用默认设置。Linux下的.vmdrc文件是事先不存在的，一般都是在用户目录下自行创建。

作者
Author: 欢乐多 时间: 2020-8-23 22:28
楼主您好，一个文件中好多个构象如何让VMD同时显示这些结构？谢谢！

作者
Author: ggdh 时间: 2020-8-24 20:32

欢乐多发表于 2020-8-23 22:28
楼主您好，一个文件中好多个构象如何让VMD同时显示这些结构？谢谢！

你是一个cube文件中有多个结构文件么？

作者
Author: 欢乐多 时间: 2020-8-25 20:51

ggdh 发表于 2020-8-24 20:32
你是一个cube文件中有多个结构文件么？

谢谢，回复，已经解决了

作者
Author: ggdh 时间: 2020-9-18 12:43

exity 发表于 2020-7-31 15:20
建议添加功能
不直接调用tachyon进行高清图片渲染，而是输出同名dat文件，即tachyon渲染要调用的文件
然 ...

最新版本能够更方便的在window下设置然后拷贝到linux下渲染了。

作者
Author: exity 时间: 2020-12-24 09:52
做回伸手党！
强烈呼吁map功能多内置几种style

作者
Author: winnerwill 时间: 2020-12-29 11:25

ggdh 发表于 2020-9-18 12:43
最新版本能够更方便的在window下设置然后拷贝到linux下渲染了。

不知道能否还有以下功能：
很多时候需要拼接图像。比如要做常规的HOMO/LUMO和几何结构的一张完整的图。
能否调节摆放好LUMO和HOMO 等值面图之后，作为一个组，增加一个整组复制并摆放的功能，作为一个新的group，对这个group隐去等值面而只显示几何结构，另外对其中的LUMO或者HOMO统一旋转成侧视图？
这样一起摆放完整一次渲染，可以减少很多拼接的操作。

作者
Author: ggdh 时间: 2020-12-29 12:33

winnerwill 发表于 2020-12-29 11:25
不知道能否还有以下功能：
很多时候需要拼接图像。比如要做常规的HOMO/LUMO和几何结构的一张完整的图。
...

你是想在一张图中把所有的轨道和结构摆好，然后同时渲染么？

作者
Author: winnerwill 时间: 2020-12-29 13:06

ggdh 发表于 2020-12-29 12:33
你是想在一张图中把所有的轨道和结构摆好，然后同时渲染么？

是的。

作者
Author: winnerwill 时间: 2021-1-5 10:38
发现vrender命令有个小问题，不知道是否使用姿势不当：在VMD里面拼接的不同图一起渲染时，如果存在部分分子不想显示的情况（如mol new 创建的文字标签），直接用vrender命令来输出dat文件，会把列表中原先设置不显示的分子也显示出来，或者把各个分子分开成多个。
只能用preview功能来输出，或者用直接render Tachyon xxx.dat命令输出。
这个主要是想传到服务器去渲染。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-5 14:49
楼主可否给vrender增加一个使用ospray渲染器的选项，就是render TachyonLOSPRayInternal，此渲染器非常的快

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2021-1-7 22:13
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-1-7 22:14 编辑

linux下有个问题，vrender选择Render Now后显示

run /home/wsr/vcube/VCUBE/renderall.bat now...
couldn't execute "": no such file or directory

复制代码

但是我自己手动

bash renderall.dat

复制代码

是可以渲染的

作者
Author: ggdh 时间: 2021-1-9 22:03
本帖最后由 ggdh 于 2021-1-9 22:05 编辑

liuyuje714 发表于 2021-1-5 14:49
楼主可否给vrender增加一个使用ospray渲染器的选项，就是render TachyonLOSPRayInternal，此渲染器非常的快

确实非常快，但是出的图片不正常，不知道你是否遇到这种情况
我用的vmd版本是：vmd194a51win64-SetupV6.exe
如下图所示，下面分别是TachyonLOSPRayInternal 和 Tachyon 渲染的图片
(, 下载次数 Times of downloads: 71) (, 下载次数 Times of downloads: 80)

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-9 22:24
本帖最后由 liuyuje714 于 2021-1-9 22:28 编辑

ggdh 发表于 2021-1-9 22:03
确实非常快，但是出的图片不正常，不知道你是否遇到这种情况
我用的vmd版本是：vmd194a51win64-SetupV6. ...

目前不要用官网的，那个版本编译的有很多问题。我有个帖子分享的有我编译的，那个正常。

作者
Author: ggdh 时间: 2021-1-10 12:08

hebrewsnabla 发表于 2021-1-7 22:13
linux下有个问题，vrender选择Render Now后显示

但是我自己手动是可以渲染的

新版默认使用命令
bash renderall.sh了试试看

作者
Author: ggdh 时间: 2021-1-10 12:10

winnerwill 发表于 2021-1-5 10:38
发现vrender命令有个小问题，不知道是否使用姿势不当：在VMD里面拼接的不同图一起渲染时，如果存在部分分子 ...

2.0版本增加了命令
vrenders
渲染当前场景，适用你这种情况，你试试看，不过一次只能渲染一张图，
如果你要渲染多张图
vrenders fig01
操作一番，然后
vrenders fig02
然后把fig01.sh fig02.sh 传到服务器上分别运行

作者
Author: ggdh 时间: 2021-1-10 12:33

winnerwill 发表于 2020-12-29 11:25
不知道能否还有以下功能：
很多时候需要拼接图像。比如要做常规的HOMO/LUMO和几何结构的一张完整的图。
...

vmd自己没有拷贝的功能，所以很难直接实现你说的，不过2.0版会方便一点
首先
vcube *_oH.cub *_oL.cub
加载所有的cub文件
然后输入
vrename .cub _sideview.cub 把所有的分子名加上sizeview后缀
然后输入
vmol *_oH.cub，加载分子结构
然后输入
vrename _oH.cub _mol.cub 把这部分分子重命名
然后再次输入
vcube *_oH.cub *_oL.cub
这样每一个分子对应5个molecule，分别是HOMO的两种视图，LUMO的两种视图，以及一个分子结构试图
然后按两下g 显示所有分子
然后再自己再按w，s选中每一个分子一个摆就行了
摆好后，用vrenders 渲染当前场景就行。
另外vgroup 增加了分组的方式，应该可以实现整行或者整列的同时移动。帮助里面有你自己摸索一下把。
另外我自己一般都是一个一个渲染，然后用MFigcompose 拼图的。。。后面MFigcompose发布了你也可以参考下。

作者
Author: ggdh 时间: 2021-1-10 13:12
本帖最后由 ggdh 于 2021-1-10 13:14 编辑

liuyuje714 发表于 2021-1-9 22:24
目前不要用官网的，那个版本编译的有很多问题。我有个帖子分享的有我编译的，那个正常。

你这个版本确实比官方好，官方的连tachyon_WIN64.exe都没有。。。
不过用了你的版本ospray还是黑的。。
不知道是我的cpu 的问题还是vcube的某些设置有问题

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-10 13:14

ggdh 发表于 2021-1-10 13:12
你这个版本确实比官方好，官方的连tachyon_WIN64.exe都没有。。。
不过用了你的版本ospray还是黑的。。
...

那有可能是设置问题了，你把那个显示设置里面光线追踪打开即可

作者
Author: winnerwill 时间: 2021-1-10 13:36

ggdh 发表于 2021-1-10 12:33
vmd自己没有拷贝的功能，所以很难直接实现你说的，不过2.0版会方便一点
首先
vcube *_oH.cub *_oL.cub
...

谢谢，那这样应该可以再创建一个proc，用于依次执行这些指令

作者
Author: winnerwill 时间: 2021-1-10 13:40

ggdh 发表于 2021-1-10 12:10
2.0版本增加了命令
vrenders
渲染当前场景，适用你这种情况，你试试看，不过一次只能渲染一张图，

我后来是改了vc指令，在开头增加了一行： if {$args == [molinfo top] || $args eq "top"} { return }
然后后来通过vrender参数里面是否出现top来区分不同情形。

作者
Author: xuhj199508 时间: 2021-1-29 11:00

ghifi37 发表于 2020-8-23 09:27
找到社长的 http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html 文章，里面有相关说明了：

对于Linux版来 ...

您好，您是在linux版的VMD下进行cub的读取和渲染吗？请问linux下的cub的读取过程如何实现？

作者
Author: ghifi37 时间: 2021-1-31 10:09

xuhj199508 发表于 2021-1-29 11:00
您好，您是在linux版的VMD下进行cub的读取和渲染吗？请问linux下的cub的读取过程如何实现？

是指用VMD加载cub文件吗？加载完vcube后，直接vcube /home/xx/xx.cub即可

作者
Author: exity 时间: 2021-4-1 11:58
(, 下载次数 Times of downloads: 94)

提交一个BUG
在设置多个REP等值面的时候，isovalue不一致，之前没有注意到.....整个文章都要翻新了

作者
Author: ggdh 时间: 2021-4-8 16:05

exity 发表于 2021-4-1 11:58
提交一个BUG
在设置多个REP等值面的时候，isovalue不一致，之前没有注意到.....整个文章都要翻新了{:' ...

是不同cube 的iso不一样还是同一个cube不同的rep不一样？按说默认的化通一个cube 不同的iso应该是自动一样的啊，你这种情况是怎么产生的？

作者
Author: exity 时间: 2021-4-8 18:28

ggdh 发表于 2021-4-8 16:05
是不同cube 的iso不一样还是同一个cube不同的rep不一样？按说默认的化通一个cube 不同的iso应该是自动一 ...

比如说一个分子的LUMO和HOMO，两者的ISO相差10倍

作者
Author: ggdh 时间: 2021-4-12 20:28

exity 发表于 2021-4-8 18:28
比如说一个分子的LUMO和HOMO，两者的ISO相差10倍

我画过很多HOMO LUMO 没遇到这种情况啊？这是怎么才会出现的，你是每次画HOMO LUMO 都会这样么？

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2021-6-10 11:18
使用2.0版本，出现下面错误。

vmd > vhelp vstyle
vstyle stylename molids    : apply style to molids
vstyle                   : list all the available style and show corresponding comments
vstyle sob-art.stl       : apply sob-art.stl style to all molecules
vstyle sob-art.stl 1 2    : apply sob-art.stl style to molecules 1 2
vstyle sob-esp0.mstl       : apply sob-esp0.mstl mapped style to all molecules
vmd > vstyle sob-art.stl
can't read "surface_type": no such variable
vmd >

脚本加入如下
source {D:\VMD\ggdh\vcube.tcl}
set style_dir {D:\VMD\ggdh\styles}

作者
Author: lonemen 时间: 2021-6-22 22:24
谢谢钟老师，提供了这么赞的工具！

作者
Author: ggdh 时间: 2021-6-23 20:30

wgbigfatcat 发表于 2021-6-10 11:18
使用2.0版本，出现下面错误。

vmd > vhelp vstyle

你需要先加载cube之后才能用这个命令

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2021-6-24 09:58

ggdh 发表于 2021-6-23 20:30
你需要先加载cube之后才能用这个命令

非常感谢你的回答。

作者
Author: xuhj199508 时间: 2021-7-27 15:00
我想在linux端用调用vmd批量对cub文件进行单独渲染，运行下来发现结构都处在图片的中间很小一块区域。请问老师在渲染过程中有什么方法可以调整分子大小，使他尽量占满整个图片区域？

作者
Author: ggdh 时间: 2021-7-28 20:23

xuhj199508 发表于 2021-7-27 15:00
我想在linux端用调用vmd批量对cub文件进行单独渲染，运行下来发现结构都处在图片的中间很小一块区域。请问 ...

你在vmd窗口中缩放到一下就行了，用鼠标滚轮
另外产生图片后
可以用
convert -trim -format png *.bmp
来把所有的白边裁掉（需要装imagemagick）

作者
Author: ananbaby2309 时间: 2021-11-13 07:41
谢谢精彩分享！请问下有视频链接？想看下EPS的效果图

作者
Author: maximos 时间: 2021-11-13 17:24
Dear ggdh,
Is it possible to create my our customized color scale in VMD ?

作者
Author: ggdh 时间: 2021-11-13 20:11
本帖最后由 ggdh 于 2021-11-13 20:13 编辑

maximos 发表于 2021-11-13 17:24
Dear ggdh,
Is it possible to create my our customized color scale in VMD ?

Yes, you could create custmomized color scale
for example, In vmd 1.9.3:

color scale colors BWR 28 29 30 #this change BWR colar scale to three color with id of 28 29 30
color change rgb 28 1.0 1.0 0.0 #this change color id 28 to yellow
color change rgb 29 0.0 1.0 1.0 #this change color id 29 to cyan
color change rgb 30 1.0 0.0 1.0 #this change color id 30 to magenta

复制代码

the above tcl command customized BWR bar to yellow-cyan-magenta scale
Note that in vmd 1.9.3 the color scale bar is composed by no more than three colors
And in vmd 1.9.4 there are coloe scale with more than three colors, such as CET_C6 CET_R2
However these advanced colour scales seems not customizable

作者
Author: neocc 时间: 2022-1-1 20:05
本帖最后由 neocc 于 2022-1-1 20:10 编辑

钟老师可以拓展vcube的功能么？比如说导入sob老师单个文件的vmd模板，然后批量输出ELF，RDG，LOL（IGMH，IRI）等值面等值面。

按照sob老师第200篇博文的tcl模板，自己改写了598博文里面的IRIfill.vmd用来批量出图，第一个等值面可以正常渲染出图，下一个就报错，麻烦您看看问题出在哪？

报错如下：

Illegal molecule specification '0': Could not find molecule '0'. mol operates on one molecule only.

复制代码

isoall-IRI.tcl代码：

set isoval 1.0
axes location Off
for {set i 1} {$i<=100} {incr i} {
set name IRCsplit[format %04d $i]
puts "Processing func1-$name.cub and func2-$name.cub ..."
mol new func1-$name.cub
mol addfile func2-$name.cub
rotate x by 180
rotate z by -30
translate by 0.000000 0.00000 0.000000
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface $isoval 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
mol modstyle 0 0 CPK 0.700000 0.300000 18.000000 16.000000
color scale midpoint 0.666
color scale method BGR
color Display Background white
axes location Off
display depthcue off
display rendermode GLSL
light 3 on
color Element N iceblue
mol modcolor 0 0 Element
scale to 1.0
render snapshot IRI-$name.bmp
mol delete top
}

复制代码

作者
Author: ggdh 时间: 2022-1-1 23:01
本帖最后由 ggdh 于 2022-1-1 23:03 编辑

neocc 发表于 2022-1-1 20:05
钟老师可以拓展vcube的功能么？比如说导入sob老师单个文件的vmd模板，然后批量输出ELF，RDG，LOL（IGMH，IR ...

你好像是要对多个cube文件做图把?好像现在用vcube就直接可以啊?为啥还要自己写脚本如果是sob的某些风格我默认没有,你创建相应的风格配置文件就行了

作者
Author: pinpo 时间: 2022-1-2 16:40
谢谢楼主分享

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-9 17:19
钟叔，我请教下vcube.tcl中这个语法是怎么用的呀：proc ::vcube::vreset {args} {body}，查了一圈没找到这种的

钟叔大法确实高深莫测

作者
Author: exity 时间: 2022-4-9 18:34
钟老师，vcube怎么引用？

作者
Author: ggdh 时间: 2022-4-10 22:04

exity 发表于 2022-4-9 18:34
钟老师，vcube怎么引用？

没有文章啊要么引用网址把

https://gitee.com/coordmagic/vmwfn

作者
Author: ggdh 时间: 2022-4-10 22:05

丁越发表于 2022-3-9 17:19
钟叔，我请教下vcube.tcl中这个语法是怎么用的呀：proc ::vcube::vreset {args} {body}，查了一圈没找到这 ...

这个就是命名空间
给vmd写插件一般都要单独设一个命名空间, 防止不同插件之间的函数名/变量名重复而发生冲突

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-11 23:06
本帖最后由乐平于 2022-4-12 05:21 编辑

钟老师好！
我在 Linux 系统下按照 http://bbs.keinsci.com/thread-18745-2-1.html 帖子里产生 ESP 的cube 文件

MCubeGen.py -n 16 -m 64GB -c den,esp -g 3 *.fchk

复制代码

但是 top 查看进程，cubegen 只有单核计算，导致计算速度很慢。
确认了 Multiwfn 的 settings.ini 已经设置了 nthreads= 16，~/.bashrc 也设置好了
请问如何处理呢？

-----------------------------------
我在 Windows 10 下自己的笔记本上运行没问题。

MCubeGen.py -n 6 -m 2GB -c den,esp -g 3 *.fchk

复制代码

能看到 CPU 是 6 核心并行运行 cubegen.exe

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-12 11:21
本帖最后由乐平于 2022-4-12 07:17 编辑

乐平发表于 2022-4-11 17:06
钟老师好！
我在 Linux 系统下按照 http://bbs.keinsci.com/thread-18745-2-1.html 帖子里产生 ESP 的cube ...

---------------------------------------

另外，我发现 vcube 2.0 （在 Ubuntu 20.04 LTS）用 vmd 显示 ESP 时候会出现结构和静电势不匹配的 bug，而且结构居然也乱了…… 如下图所示

(, 下载次数 Times of downloads: 72)

当然，并不是所有的结构和 ESP 都不匹配。(前天测试了绘制分子轨道，没有问题）

由于 .cub 文件比较大，不方便上传在论坛上……
p.s. 用 Sob 老师的批处理 .bat 脚本，并不会出现上述结构和静电势不匹配的情况，结构也不会乱。

---------------
p.s. 在 Windows 10 下运行 MCUbeGen.py 对同一系列结构的 .fchk 计算获得 .cub 文件，再用 vcube 2.0 在 vmd 中显示 ESP 没有问题。
很奇怪……

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-12 13:29
另外，关于各元素颜色的建议。

我尝试在 styles 中调用如论坛帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-21406-1-1.html 中的 JmolColor.tcl ，也就是在 styles 文件夹中各个 .stl (mstl) 文件最后添加

source {/MY_DIR/JmolColor.tcl}

复制代码

然后注释掉 color Element XXX 以及 color change xxx 的内容。

但是再次启动 vmd 后，无法加载样式的颜色。不知如何能实现？谢谢！

作者
Author: Michem_ai 时间: 2022-4-16 15:07
老师，您好，1.3版本能用，2.0版本不能用。是安装方法不对么。系统是win10，vmd是1.9.3版本

作者
Author: Michem_ai 时间: 2022-4-16 22:53
有没有办法在vmd里对所有结构进行图层统一处理呀

作者
Author: ggdh 时间: 2022-4-16 23:20
本帖最后由 ggdh 于 2022-4-16 23:21 编辑

Michem_ai 发表于 2022-4-16 22:53
有没有办法在vmd里对所有结构进行图层统一处理呀

什么意思啊目前有个vapply 函数可以自己写个脚本放到styles目录下然后用vapply 函数调用这个脚本

作者
Author: ggdh 时间: 2022-4-18 23:07

Michem_ai 发表于 2022-4-16 22:53
有没有办法在vmd里对所有结构进行图层统一处理呀

可以把批处理的脚本放到一个新建立的stl文件中
或者
放到scripts目录中,用vapply 对所有分子应用

作者
Author: PESPES 时间: 2022-4-20 10:33
果然，程序是第一生产力，会爱上绘图了

作者
Author: neocc 时间: 2022-6-11 23:33
本帖最后由 neocc 于 2022-6-11 23:35 编辑

ggdh 发表于 2022-1-1 23:01
你好像是要对多个cube文件做图把?好像现在用vcube就直接可以啊?为啥还要自己写脚本如果是sob的某些风格我 ...

现在已经搞清楚IRI报错的问题了，谢谢楼主的vcube，能否将原子配色自定义呢？比方说预制gv6、MS和Vesta的原子配色

作者
Author: tuzhidingdong 时间: 2022-6-12 09:52
优秀啊

作者
Author: ggdh 时间: 2022-6-15 21:23

neocc 发表于 2022-6-11 23:33
现在已经搞清楚IRI报错的问题了，谢谢楼主的vcube，能否将原子配色自定义呢？比方说预制gv6、MS和Vesta的 ...

后续版本会加入
首先需要分离分子风格和cube风格

作者
Author: zsu007 时间: 2022-6-15 22:17
谢谢楼主的分享！

作者
Author: LIWENHAI 时间: 2022-10-8 19:25

ggdh 发表于 2020-7-27 15:13
一般都是你在命令窗口输入了任何东西，但是没有按回车，又切换回图形窗口，就会出现这种情况。
此时，切 ...

你好，老师，想请问您搭配得几种莫兰迪色的设置具体参数？

作者
Author: zilaaa 时间: 2023-7-18 17:00
要怎么设置不显示氢原子呢

作者
Author: lljj 时间: 2024-1-20 12:40
谢谢分享

作者
Author: cokie 时间: 2024-1-21 14:48

zilaaa 发表于 2023-7-18 17:00
要怎么设置不显示氢原子呢

not element H

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-21 15:02

LIWENHAI 发表于 2022-10-8 19:25
你好，老师，想请问您搭配得几种莫兰迪色的设置具体参数？

参数都在 styles 文件夹里，morandi-red.stl, morandi-orange.stl, morandi-green.stl, morandi-blue.stl

作者
Author: rugals 时间: 2024-4-6 18:26
钟老师好，有几个问题请教下：
1 renderall.sh中tachyon渲染的设置是从哪儿获得的？怎么添加诸如-res 1920 1080 -mediumshade等渲染参数？
2 stl文件中原子球和等值面的材质是如何确定的？a和b又是什么？我能不能在这里直接设置原子球和等值面的材质为opaque、glossy等？
3 vcube在超算上如何提交作业？例如我要渲染10个cube，是不是将vcube、vrender等命令写到txt里通过管道导入vmd里？中间的RenderNow要怎么处理？

作者
Author: biancheng159 时间: 2024-4-16 16:31
本帖最后由 biancheng159 于 2024-4-16 16:33 编辑

钟老师，这个脚本还在更新么？

作者
Author: biancheng159 时间: 2024-4-16 16:32
本帖最后由 biancheng159 于 2024-4-16 16:34 编辑

最近使用时有个问题:多个cub分别调整视图（例如旋转、放大缩小）后，如何保持其各自独立性或同时动作？
目前是各层分子放大缩小是独立的，但旋转是关联的（因为旋转是临时性的坐标系统旋转，不是各分子实际位置旋转）

作者
Author: ggdh 时间: 2024-5-29 15:14

biancheng159 发表于 2024-4-16 16:32
最近使用时有个问题:多个cub分别调整视图（例如旋转、放大缩小）后，如何保持其各自独立性或同时动作？
目 ...

vgroup 确定分组
ws导航是单个调整
ad导航是按组调整

作者
Author: biancheng159 时间: 2024-5-30 21:41

ggdh 发表于 2024-5-29 15:14
vgroup 确定分组
ws导航是单个调整
ad导航是按组调整

明白了，确实只按过ws，不知道ad按组调整这个事

作者
Author: qpwm96 时间: 2024-7-10 02:02
太棒了,谢谢楼主.

作者
Author: anotherZaoshu 时间: 2024-10-31 15:27
钟老师您好，请问有视频教程吗？我没有找到，麻烦老师了，谢谢老师！

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