计算化学公社

标题: SCF不收敛问题 [打印本页]

作者
Author: Mg20220089 时间: 2021-4-3 08:45
标题: SCF不收敛问题
本帖最后由 Mg20220089 于 2021-4-3 11:30 编辑

刚入门新手，计算报错SCF不收敛，于是我按照老师http://sobereva.com/61文章中写的，换了好几种SCF关键词，仍然一直报错，而我这个体系又比较大（200多原子），每次报错要算十多个小时，于是近一个礼拜也没结果，所以想着请教一下老师，对于我这个体系（想用gesp文件来构建Amber力场），我这里的基组和SCF的参数应该怎么去选择好呢？gjf文件和最近的log文件在附件中，希望大佬有时间的时候能帮忙查看指正，多谢。（还有想知道报错后是否应该把日志文件作为下一次运算的初猜文件？）

作者
Author: RAL 时间: 2021-4-3 10:16
你这个初始结构严重不合理，里面C-C键长有的都短到了0.9A以下。要先把结构摆合适了再去优化，这种CHON体系正常情况下SCF不会有困难的。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-4-3 10:35
(, 下载次数 Times of downloads: 40)
你这块地方的结构也太不合理了。拼接两个分子的时候就应该注意这个问题，让他们离得远点，不要让结构互相打架。
重新拼接两个分子吧。

作者
Author: niobium 时间: 2021-4-3 10:58
先用半经验方法优化一下

作者
Author: Mg20220089 时间: 2021-4-3 11:00
本帖最后由 Mg20220089 于 2021-4-3 11:30 编辑

多谢两位老师的回复，还有想请问老师，如果想从新拼接的话，老师你们一般用什么软件去拼接的呢？
抱歉，看到不合理了，gjf应该是这个文件。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-4-3 12:53

Mg20220089 发表于 2021-4-3 11:00
多谢两位老师的回复，还有想请问老师，如果想从新拼接的话，老师你们一般用什么软件去拼接的呢？
抱歉，看 ...

好多了。但是 H127 H130 还是不太合理。
(, 下载次数 Times of downloads: 27)
你可以在 GView 里，利用上面的 "Modify bond" 等按钮手动调节这两个氢的位置（注意周围原子的手性别搞错），然后先用 PM6 等快速的方法预优化一下，再用 DFT 优化。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-4-3 13:08

Mg20220089 发表于 2021-4-3 11:00
多谢两位老师的回复，还有想请问老师，如果想从新拼接的话，老师你们一般用什么软件去拼接的呢？
抱歉，看 ...

其实，在 Gview 里也能完成拼接。
比如我想在 Gview 里把两个苯分子拼成一个联苯分子：
首先，各去掉一个氢：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
然后，把去掉了氢的碳连接起来：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

(, 下载次数 Times of downloads: 23)
最后点一下右上角的 "Clean"，就行了。
注意这个 "Clean" 很蠢，不会考虑没有键连的原子，经常把没有键连的原子 clean 到很近的位置，所以之后经常要手动调节。

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-4-3 13:22
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-3 15:57 编辑

很简单，先做一下gfn2-xtb优化就行。重新摆可能你不熟悉的一个两个摆好了，其他的又没注意，有这时间让gfn2-xtb优化早优化完了。
直接公社里搜索xtb就能看到windows版本的，如果要linux版本到将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）这里找而且预优化完了还能节省高斯优化的时间

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-3 15:55
gesp文件和amber力场在逻辑上根本就没有任何直接联系

如果你要获得RESP电荷，怎么做看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

如果一开始结构就特别离谱，自己又懒得调，就把键连关系设好，然后在Gaussian里用# UFF opt关键词用UFF力场快速优化一下（虽然gview里扫把工具也可以，但结果离谱的情况很多）
等UFF把结构弄得没有严重不合理接触后，可以再用比如PM6D3、PM7这些半经验方法对结构做个快速优化。
实际上，对于获得RESP电荷的目的，半经验级别的结构多数情况也能接受（对于普通有机体系），之后再用DFT算个单点得到fch文件，载入Multiwfn里敲几下键盘RESP电荷就出来了。

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