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标题: 求助：想复现文献中的计算结果，但总是算不出来，求高手指点下计算过程是否有错 [打印本页]

作者
Author: 嘟嘟嘟嘟 时间: 2021-4-22 19:53
标题: 求助：想复现文献中的计算结果，但总是算不出来，求高手指点下计算过程是否有错
1.用chembiodarw画出四溴双酚A 分子，然后用高斯进行几何优化，用的是，B3LYP/6-311G**
2.一开始参照了这篇博文http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html中的方法进行计算，按照这里的方法我计算了苯酚的，完全没有问题，但是想计算文献中的分子，就怎么也算不出来，一开始的文件必须是.xyz格式吗？
3.后面我自己计算了单点能，然后利用multiwfn计算了Hirshfeld电荷，但还是和文献中的对应不上，求教，麻烦看看我的过程是否有问题，相关文件我放在附件里了

这是文献里的话：
首先采用 Gaussian 09 在 B3LYP/ 6-311G**水平上对 TBBPA 进行结构优化及单点能的计算，根据 Multiwfn3.6 手册计算福井函数[119]和双描述符函数[120]预测MIP-3@C-Fe-Nx 活化 PS 体系氧化降解 TBBPA 的反应位点。福井函数中 f -(𝒓)、f +(𝒓)和 f 0(𝐫)分别表示亲电反应攻击位点、亲核反应攻击位点和自由基反应攻击位点，正值较大的区域更可能是对应的反应位点。图 4-10（a-c）为福井函数的电子密度等值面图。对于 TBBPA，位于苯环上的 4 个溴原子和酚羟基更具有反应性，发现 Br1、Br2、O5 和O6 为具有较高亲电活性的亲电反应位点，对应于图 410（a）中的深蓝色区域。对于双描述函数，负值越大的区域越有可能是亲电反应位点，△f 的等值面图如图 4-10（d）所示，遗憾的是等值面图中的函数值难以量化，因此对 TBBPA 进行简缩福井函数和双描述符函数计算。

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-4-22 20:49
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-22 21:30 编辑

影响因素十分之多：假设你的输入文件等完全没问题还有以下情况：
1.高斯版本一样吗，这个影响不大，但也应考虑
2.溶剂模型一样吗，同时影响最后的能量与你想对照的福井函数与双描述符值
3.初猜结构会影响优化结构，同时影响最后的能量与你想对照的福井函数与双描述符值
最后，跟xyz没关系，并且完全对上论文数据没啥意义，你没法确定他做的结构中间到底有没有问题，你只要保证自己算的结构是无虚频+波函数稳定，计算级别+溶剂模型等正确即可。

关于数值误差，参考博文http://sobereva.com/88
然后，从chemdraw里画出来的建议先用xtb预优化一下，4核机子优化不用几分钟，就不用太考虑初猜太离谱。参考博文：
将 Gaussian 与 Grimme 的 xtb 程序联用搜索过渡态、产生 IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2021-4-23 08:24
什么叫算不出来，你这个表述太模糊了
是直接报错无法得到结果，还是结果不符合预期
结果是什么样的，怎么不符合预期
稍微说得再清楚一些

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-23 12:22
帖子里明确写明了

一开始载入的文件只要含有中性苯酚优化后的结构即可，其它格式如pdb/fch/gjf/mol/mol2等也都可以

“算不出来”这种描述完全没有提供任何有效信息。理解不了这么提问的人是怎么想的

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