计算化学公社

标题: 求助绘制包含鞍点，极小点，反映出完整反应路径的二维势能面 [打印本页]

作者
Author: lyt0226 时间: 2021-5-27 08:44
标题: 求助绘制包含鞍点，极小点，反映出完整反应路径的二维势能面
各位老师同学大家好，
想自己绘制一幅包含鞍点，极小点，反映出完整反应路径的二维势能面，放在论文的理论部分去介绍势能面的基本知识，试了几种扫描都没有实现，想请问大家有没有什么推荐的分子和扫描路径可以得到这样的结果图，小一点的分子就行

谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-27 10:38
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“势能面扫描”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

当前问题明显不属于“量化理论”分类，仔细看版头的分类说明，给你改了，以后注意

作者
Author: lyt0226 时间: 2021-5-27 10:47

sobereva 发表于 2021-5-27 10:38
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，不好意思，

下次会注意！

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-5-27 15:10

想自己绘制一幅包含鞍点，极小点，反映出完整反应路径的二维势能面

没必要一定找某个反应的势能面吧？自己随便构造一个满足要求的数学函数也可以吧？
比如这幅图：

（图片来源：http://sobereva.com/474）
直接拿去用应该就行了吧？

作者
Author: lyt0226 时间: 2021-5-27 15:21

北大-陶豫发表于 2021-5-27 15:10
没必要一定找某个反应的势能面吧？自己随便构造一个满足要求的数学函数也可以吧？
比如这幅图：

谢谢您！

因为想写进毕业论文里，涉及引用这些，而且是想描述具体的反应路径，所以倾向于自己绘制一个合适的势能面，函数的话我尝试一下。

再次谢谢您

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-5-27 15:53

lyt0226 发表于 2021-5-27 15:21
谢谢您！

因为想写进毕业论文里，涉及引用这些，而且是想描述具体的反应路径，所以倾向于自己绘制一个 ...

F+H2->HF+H这个自由基反应就很好我觉得你可以搜搜文献里的过渡态或者自己算一个
http://sobereva.com/557 这里面有提到

作者
Author: lyt0226 时间: 2021-5-27 16:23

北大-陶豫发表于 2021-5-27 15:53
F+H2->HF+H这个自由基反应就很好我觉得你可以搜搜文献里的过渡态或者自己算一个
http://sobereva.com/55 ...

感谢您的解答！

我尝试自己画一下！

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-5-28 02:10
我以前为一个大环分子在溶液中的free energy surface画过类似的图，就是选取两个反应坐标，然后算出MEP，再画出相应的heatmap、等高线以及MEP，当时用到了论坛里一位网友写的MEPSearcher，他后来写了个新的程序 http://bbs.keinsci.com/thread-20528-1-1.html 。论坛里还有付老师的 http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html 。随便找个二维的函数的话，可以看这里 https://mp.weixin.qq.com/s/7byK7mJ8qXM7EmqQWxzCOg 的一个函数。J. Chem. Phys. 138, 054106 (2013)里面也有几个二维函数。还有一个复杂的例子z = 2x^5 – 7x^2 – 5xy + y^2 + 2，是Dean J. Tantillo的一篇关于post-transition state bifurcation的小综述里面的。

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