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标题: 提交Gaussian 09 C.01计算Opt+Freq任务时报错 [打印本页]

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Author: 深爱小李 时间: 2022-9-23 14:44
标题: 提交Gaussian 09 C.01计算Opt+Freq任务时报错
本帖最后由深爱小李于 2022-9-23 15:15 编辑

首先化合物结构是用MS建模的，Export成.mol2格式的文件，然后用GaussView 5.0.9打开，设置Opt+Freq任务（如图一），将文件保存成Gaussian输入文件.gif，提交任务计算，出现报错（如图二），请问是怎么回事呀？请@sobereva老师指教。报错内容是Error termination via Lnk1e in E:\Experiment related software\G09\G09W\l101.exe；The processing of the last link ended abnormally.All processing has been aborted.

作者
Author: chands 时间: 2022-9-23 14:50
有没有成键数据？似乎是成键数据缺失，删除geom=connectivity试试。

还有你不给基组加极化了？

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-23 15:01

chands 发表于 2022-9-23 14:50
有没有成键数据？似乎是成键数据缺失，删除geom=connectivity试试。

还有你不给基组加极化了？

你好，成键数据指的是什么呢? 删除geom=connectivity后也是报错。请问给基组加极化的目的和作用是什么呢？

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2022-9-23 15:02
我想删掉geom=connectivity应该就不会报错了。然后按我的个人习惯，b3lyp的话我一般会配合em=gd3使用，然后6-311g最好还是加个极化，and溶剂化的话个人一般喜欢用SMD模型，scrf=(smd,solvent=water)

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-23 15:07

Q-Chembio-llg 发表于 2022-9-23 15:02
我想删掉geom=connectivity应该就不会报错了。然后按我的个人习惯，b3lyp的话我一般会配合em=gd3使用，然后 ...

你好，删掉我试过了，也不可以。我用的是Gaussian 09 5.0.9，不支持DFT-D3校正

，加极化该怎么加呢？SMD有什么优势呢？

作者
Author: chands 时间: 2022-9-23 15:13

深爱小李发表于 2022-9-23 15:01
你好，成键数据指的是什么呢? 删除geom=connectivity后也是报错。请问给基组加极化的目的和作用是什么呢 ...

我忘了这事了，connecitivty缺失好像也行。基组加极化见http://sobereva.com/336
方便的话把文件贴出来看看

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Author: 深爱小李 时间: 2022-9-23 15:15

chands 发表于 2022-9-23 15:13
我忘了这事了，connecitivty缺失好像也行。基组加极化见http://sobereva.com/336
方便的话把文件贴出来 ...

你指的是.gif文件吗，我放上去了

作者
Author: chands 时间: 2022-9-23 15:24

深爱小李发表于 2022-9-23 15:15
你指的是.gif文件吗，我放上去了

Initialization pass.
Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd= 32152122 MxCore= 13107200)
Use %mem=31MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Fri Sep 23 15:20:18 2022.

%men太小了。

另外，分子好大，可以先试6-31G*基组。

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-23 15:47

chands 发表于 2022-9-23 15:24
Initialization pass.
Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd= 32152122 MxCore= 13 ...

啊，感谢！我把%men提高到100MW，然后用6-31G（b，p），就算跑单独一个前药分子还是会出现一样的问题。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-9-23 16:49

深爱小李发表于 2022-9-23 15:47
啊，感谢！我把%men提高到100MW，然后用6-31G（b，p），就算跑单独一个前药分子还是会出现一样的问题。

看看清楚，6-31g(d,p)不是6-31g(b,p)
实在看不清可以写 6-31g**

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 00:03

Q-Chembio-llg 发表于 2022-9-23 15:02
我想删掉geom=connectivity应该就不会报错了。然后按我的个人习惯，b3lyp的话我一般会配合em=gd3使用，然后 ...

opt freq阶段不建议用SMD，数值噪音容易出虚频和震荡，见
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 00:03
槽点太多，强烈建议你参加北京科音的初级量化班正经好好学学
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）
否则纯粹是胡算瞎算，完完全全白浪费时间

基组不加极化根本没法用、没法发文章，这是最最基本的常识，好好看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

内存给区区100MB干嘛，好好看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

用M$创建结构毫无意义，gview的建模功能（晶体、聚合物等除外）明明远比M$强大得多。正经用Gaussian做计算的人几乎没有用M$创建结构的

没有叫Gaussian 09 5.0.9的东西，要么Gaussian 09，要么GaussView 5.0.9。你用的叫Gaussian 09 C.01

明明从G09 D.01开始就已经支持了DFT-D3，好好看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

当前体系如果用的方法是B3LYP这样无法描述色散作用的还不加色散校正，结果根本毫无意义，仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

你就一个4核机子，还只给区区100MB内存，用当前级别想优化将近800个原子体系还做振动分析完全不可能，完全没有最基本计算常识。

是%mem不是%men
是gjf不是gif
分清楚Gaussian和GROMACS，1L的附件描述怎么写成了Gromacs输入文件

别打那么多错字，看着令人极其难受，要有点最基本的严谨态度

看清楚板块再发帖，避免扰乱论坛秩序。Gaussian的问题明显不应当发到“分子模拟”板块，这次给你改了，以后注意

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 09:24

sobereva 发表于 2022-9-24 00:03
槽点太多，强烈建议你参加北京科音的初级量化班正经好好学学
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sober ...

感谢老师的耐心解答，我刚开始接触分子模拟，很多都不懂，我好好看看你发的那些知识，发帖以后一定注意

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 09:25

北大-陶豫发表于 2022-9-23 16:49
看看清楚，6-31g(d,p)不是6-31g(b,p)
实在看不清可以写 6-31g**

嗯嗯谢谢是我写错了，抱歉

作者
Author: 乐平 时间: 2022-9-24 15:19
这么大的体系，还好都是 C，H，O，N，S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。

xTB 现在有 Windows 版了，解压就能用
http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html

用法见 xTB 手册 optimization 的内容
https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... ometry-optimization

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-24 18:00

乐平发表于 2022-9-24 15:19
这么大的体系，还好都是 C，H，O，N，S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。

xTB 现在有 Windows 版了，解 ...

感谢，xTB是像Gaussian一样的量子力学软件吗，那我去看看

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-25 01:59

深爱小李发表于 2022-9-24 18:00
感谢，xTB是像Gaussian一样的量子力学软件吗，那我去看看

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

用Gaussian里的半经验方法也可以

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-9-25 14:45

sobereva 发表于 2022-9-25 01:59
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bb ...

好的谢谢老师

作者
Author: 深爱小李 时间: 2022-10-19 14:38

乐平发表于 2022-9-24 15:19
这么大的体系，还好都是 C，H，O，N，S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。

xTB 现在有 Windows 版了，解 ...

嗯嗯 xtb半经验法果然快的飞起谢谢

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