计算化学公社

标题: 简单量子化学问题答疑专帖 [打印本页]
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 01:57
标题: 简单量子化学问题答疑专帖
经常看到有些人在其它帖子后面跟帖提问和主贴无关的比较简单的量化问题，本论坛很不鼓励这样的做法，楼就歪了，会造成讨论秩序的严重混乱。但有些问题非常简单，单独发个帖子问也不值得（要不然论坛平均讨论质量会显著下降），所以特设此帖。凡是极为简单的，不需要后续反复讨论的、几句话就能写清楚的问题，请在此跟帖提问。此帖绝不仅限于LZ sob进行解答，也非常欢迎其他人参与解答。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的问题属于复杂问题，请单独发帖，别在此帖询问。

提问之前，一定要先用论坛首页的Google搜索框搜索论坛全文，确认找不到答案再问

如果有人在量子化学版发帖问的内容属于特别初级，或者老生常谈的问题，我看到后也会合并到本帖里，避免没营养、重复的信息太多，拉低论坛讨论的含金量。


另：几乎没什么量化基础的人做量化计算前应好好看看此贴
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）


与波函数分析、Multiwfn相关的问题不要在此帖咨询，请在"波函数分析与Multiwfn"板块发帖。论坛也有专门的Multiwfn简单问题答疑专贴：http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html

CP2K等第一性原理程序的问题不要在本帖问，应当在“第一性原理”板块发帖。


旧版“简单量子化学问题答疑专帖”（http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html）是2015-2-22发布的，已于2022-11-28关帖。过往讨论请看旧版帖子。  


作者
Author: zxy123    时间: 2022-11-28 08:33
标题: 关于垂直电势能和还原电位
怎么计算垂直电势能哇？还有就是怎么查看它的还原电位？
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 08:40
zxy123 发表于 2022-11-28 08:33
怎么计算垂直电势能哇？还有就是怎么查看它的还原电位？

别一有问题就发帖问。有问题先用公社论坛首页google框搜
作者
Author: SuXXXX    时间: 2022-11-28 10:18
标题: IRC只算了三步就停了，没有报错
本帖最后由 SuXXXX 于 2022-11-28 10:18 编辑

各位老师同学们，我有一个结构算IRC，往后中间体方向能正常跑，但是前中间体方向只跑了三步就停了。 (, 下载次数 Times of downloads: 279)
根据sob老师的帖子：“在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题”（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =7736&highlight=irc），我首先确认IRC和过渡态都在一个方法基组下进行的，并在计算过渡态和IRC时都加了int=ultrafine，也还是只跑了三步就停止了。加tight的方法之前报错，后来重新设置输入文件就能运行，目前还在计算中。
另外我也将maxstep设置为20、30、50，依旧是只跑了三步就停了。请问还有没有别的方法能够在尽量不重新算过渡态的情况下得到这个过渡态完整的IRC。

作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 10:30
SuXXXX 发表于 2022-11-28 10:18
各位老师同学们，我有一个结构算IRC，往后中间体方向能正常跑，但是前中间体方向只跑了三步就停了。
根据s ...

我博文明明说的是stepsize，哪来的maxstep
作者
Author: Mr.zhen    时间: 2022-11-28 10:45
本帖最后由 Mr.zhen 于 2022-11-28 10:48 编辑

请问各位老师，IRC的结果正常情况下应当是两端能量变化都趋于平稳吗？我所做的IRC任务，设置的Maxpoints为100，但每边只走了33步就结束了，且没有报错，结果如下，请问这种情况正常吗？而另一个任务，两端能量都趋于平稳
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 10:50
Mr.zhen 发表于 2022-11-28 10:45
请问各位老师，IRC的结果正常情况下应当是两端能量变化都趋于平稳吗？我所做的IRC任务，设置的Maxpoints为1 ...

没必要非得走到接近水平。而且以Gaussian程序对IRC的判据，即便关键词再得当、maxpoints再大，也往往会在明显没到水平的区域就停止
作者
Author: Mr.zhen    时间: 2022-11-28 10:55
sobereva 发表于 2022-11-28 10:50
没必要非得走到接近水平。而且以Gaussian程序对IRC的判据，即便关键词再得当、maxpoints再大，也往往会在 ...

请问这种情况算是高斯软件待优化的bug吗？如果希望IRC图很理想，以用于文章中，现在有可用的方法吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 10:56
Mr.zhen 发表于 2022-11-28 10:55
请问这种情况算是高斯软件待优化的bug吗？如果希望IRC图很理想，以用于文章中，现在有可用的方法吗？

bug算不上。只不过Gaussian对IRC结束的判据不总是很科学，而且还不给用户自定义的余地
结合calcall或recalc提高IRC质量有可能能跑得更充分点，但也没法保证能跑到较平坦的地方
作者
Author: Crazyfairy    时间: 2022-11-28 15:20
老师好，请问Gaussian用串行命令输入计算后的计算结果能分多个out文件导出吗？只看到了chk文件是可以的
作者
Author: RES    时间: 2022-11-28 15:54
老师您好，请问我在做分子的能量优化和振动分析，算出分子的振动吸收谱，我选择的基组是6-311G*， 我想问我要说明这个基组选择的合理性和不选择6-31+G* （在卢老师的博文里面提及到，优化和振动分析不太需要弥散函数），我该引用什么文章来说明这一点？
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-11-28 17:21
RES 发表于 2022-11-28 08:54
老师您好，请问我在做分子的能量优化和振动分析，算出分子的振动吸收谱，我选择的基组是6-311G*， 我想问我 ...

看一下6-311G*计算的原子电荷（最好用Hirshfeld电荷等对基组不太敏感的电荷），看最负的是多少，以电荷并不是很负来证明不需要弥散函数。
没有任何文献能证明所有体系的优化和振动分析都不需要弥散函数，因为带负电足够多、足够集中的体系肯定是需要弥散函数的，所以必须结合你的特定体系，证明你的体系带负电不够多、不集中才行，光引文献不够。
作者
Author: RES    时间: 2022-11-28 20:13
多谢老师，我还有两个问题，这个Hirshfeld电荷如何看，如何判断是不是很负。还有一个问题是，我要如何说明算振动分析不需要用大的基组，引用用卢老师的http://sobereva.com/552 博文里面最后提到的那篇论文可以吗？ 再次感谢老师
作者
Author: manying    时间: 2022-11-28 21:15
标题: 内存不够该怎末调整
各位老师好，我在Linux系统用高斯做频率分析优化的时候，总报错 Insufficient memory for a single shell combination in PrmRal called from PrmRaf 根据论坛之前有人求助，这是内存不够导致。
自己将虚拟机运行内存调至最大55GB default文件也设置为55GB,同样报错 Insufficient memory for a single shell combination in PrmRal called from PrmRaf 这该怎末处理才好
这是我的输入文件
%chk=14c.chk
# opt freq b3lyp/6-31g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C        1.42356        -1.239248        0.000016
C        1.437794        -3.71339        0.000016
C        2.832872        -3.691444        0.000218
C        3.560728        -2.479398        0.000234
C        2.847458        -1.238328        0.00006
H        3.379216        -4.631079        0.000316
C        0.712112        -2.470665        -0.000013
C        3.562787        0.00005        0.000055
C        2.847398        1.23838        -0.000077
C        0.707276        -0.000006        -0.000118
C        0.681656        -4.944093        -0.000209
C        -0.681572        -4.94403        -0.000441
H        1.230636        -5.881274        -0.001131
H        -1.230534        -5.881233        -0.001285
C        -2.847358        -1.238381        0.000055
C        -3.560545        -2.479496        0.000098
C        -2.83255        -3.691452        -0.000234
H        -3.378766        -4.631142        0.000009
C        -0.712103        -2.470674        -0.00009
C        -0.712155        2.470664        -0.000018
C        -1.423599        1.239231        -0.000017
C        -0.707289        -0.000008        0.000022
C        1.437689        3.71343        -0.000135
C        0.712083        2.470674        -0.000155
C        1.42353        1.239236        -0.000048
C        3.560634        2.479477        -0.000095
C        2.832757        3.691526        -0.000136
H        3.379013        4.631202        -0.000034
C        -0.681687        4.944101        -0.000086
C        0.681508        4.944121        -0.000121
H        -1.230706        5.881261        -0.000096
H        1.230491        5.881311        -0.000186
C        -2.832887        3.691444        0.000067
C        -1.43781        3.71337        -0.000042
H        -3.379188        4.631085        0.000054
C        -4.991019        2.443608        0.000094
C        -5.674704        1.25129        0.000137
C        -2.847472        1.238298        0.000107
C        -3.560746        2.479368        0.000101
H        -5.532992        3.384753        0.000051
H        -6.760873        1.245524        0.000085
C        -4.986646        -0.000079        0.000109
C        -5.674607        -1.251493        0.000152
C        -4.990831        -2.443765        0.000193
C        -3.562816        -0.000048        0.000092
H        -6.760777        -1.245768        0.000136
H        -5.532803        -3.384919        0.000287
C        -1.437719        -3.713362        -0.000261
C        -1.423523        -1.239261        0.000036
C        4.986604        0.000065        0.000103
C        5.674608        1.251478        -0.00007
C        4.990905        2.443779        -0.000155
H        6.760779        1.24573        -0.000193
H        5.532862        3.384926        -0.000263
C        4.990974        -2.443639        0.000394
C        5.674678        -1.251331        0.000342
H        5.532964        -3.384794        0.000505
H        6.760833        -1.245575        0.000663

1 5 1.5 7 1.5 10 1.5
2 3 1.5 7 1.5 11 1.5
3 4 1.5 6 1.0
4 5 1.5 55 1.5
5 8 1.5
6
7 19 1.5
8 9 1.5 50 1.5
9 26 1.5 25 1.5
10 22 1.5 25 1.5
11 12 1.5 13 1.0
12 14 1.0 48 1.5
13
14
15 16 1.5 45 1.5 49 1.5
16 17 1.5 44 1.5
17 18 1.0 48 1.5
18
19 49 1.5 48 1.5
20 21 1.5 24 1.5 34 1.5
21 22 1.5 38 1.5
22 49 1.5
23 24 1.5 27 1.5 30 1.5
24 25 1.5
25
26 27 1.5 52 1.5
27 28 1.0
28
29 30 1.5 31 1.0 34 1.5
30 32 1.0
31
32
33 34 1.5 35 1.0 39 1.5
34
35
36 37 1.5 39 1.5 40 1.0
37 41 1.0 42 1.5
38 39 1.5 45 1.5
39
40
41
42 43 1.5 45 1.5
43 44 1.5 46 1.0
44 47 1.0
45
46
47
48
49
50 51 1.5 56 1.5
51 52 1.5 53 1.0
52 54 1.0
53
54
55 56 1.5 57 1.0
56 58 1.0
57
58

这是我最后报错那个部分
Insufficient memory for a single shell combination in PrmRal called from PrmRaf:
LenV=      721534 MaxCom=         -78
Error termination via Lnk1e in /home/manying/g09/l1002.exe at Mon Nov 28 07:52:07 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours 36 minutes  9.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    485 Int=      0 D2E=      0 Chk=     15 Scr=      1
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000000b71, rsp 00007fffb7a97508, rbp 00007fffb7a97a80
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000b71, r8  00002ad3bc3502c0
   r9  0000000000000000, r10 00007fffb7a96f60, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffb7a97ac8
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available




作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 21:22
manying 发表于 2022-11-28 21:15
各位老师好，我在Linux系统用高斯做频率分析优化的时候，总报错 Insufficient memory for a si ...

明确写上%mem=55GB再试。如果解决了，说明默认配置文件没设对
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 23:34
RES 发表于 2022-11-28 15:54
老师您好，请问我在做分子的能量优化和振动分析，算出分子的振动吸收谱，我选择的基组是6-311G*， 我想问我 ...

不明显需要弥散函数的情况，加弥散不仅大大增加耗时，对结果的改进还微乎其微，显然不如2-zeta增加到3-zeta有益，增大到3-zeta从基组角度来说，对势能面和电子结构描述的改进都是不可忽视的。用6-311G*明显比6-31+G*更好还更便宜。这都是属于基组常识性知识，不需要引用什么。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-28 23:36
Crazyfairy 发表于 2022-11-28 15:20
老师好，请问Gaussian用串行命令输入计算后的计算结果能分多个out文件导出吗？只看到了chk文件是可以的

说清楚“串行命令输入”指什么
如果你是指--link1--分割的多个子任务的单个gjf文件，没法直接分成多个输出，除非自己写脚本对输出文件进行拆分
作者
Author: a-Student    时间: 2022-11-29 08:43
标题: 关于内存分配问题
老师打扰您一下，如图，报错是因为内存分配不够，分子是扣出来团簇，4000多个原子，基态顺利优化出来了，但是优化激发态出现内存报错，电脑内存配置信息如图，请问老师我%mem可以写多少才可以算完，是不是对于这么大的分子用ONIOM计算TDDFT根本没戏啊，那还有什么方法可以模拟算激发态结构么？麻烦老师了谢谢
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-29 09:01
a-Student 发表于 2022-11-29 08:43
老师打扰您一下，如图，报错是因为内存分配不够，分子是扣出来团簇，4000多个原子，基态顺利优化出来了，但 ...

能给多少给多少，此文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

连高层有多少原子都只字不提，ONIOM(QM:MM)的耗时又不是由总原子数决定的

另外，下文明确说了，用QEq电荷太糙
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

作者
Author: wurui    时间: 2022-11-29 09:36
标题: 优化后有两项不收敛，该怎么调收敛呢
(, 下载次数 Times of downloads: 176) 请问下，我这个物质的opt写法在图片正下方，然后这个运行后是nomal结束的，但是有两项没收敛，我该怎么做，才能收敛呢？
作者
Author: 我本是个娃娃    时间: 2022-11-29 09:45
阅读此文：http://sobereva.com/278
作者
Author: RES    时间: 2022-11-29 09:48
sobereva 发表于 2022-11-28 23:34
不明显需要弥散函数的情况，加弥散不仅大大增加耗时，对结果的改进还微乎其微，显然不如2-zeta增加到3-ze ...

多谢老师
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-29 09:50
wurui 发表于 2022-11-29 09:36
请问下，我这个物质的opt写法在图片正下方，然后这个运行后是nomal结束的，但是有两项没收敛，我该怎么做， ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

老生常谈的问题先用公社论坛首页google框搜索再问

如果用的G09 D.01，用零阻尼D3

甭写毫无意义的scf=conver=12

作者
Author: a-Student    时间: 2022-11-29 10:35
sobereva 发表于 2022-11-29 09:01
能给多少给多少，此文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http: ...

谢谢您，再次请教您;1.中心原子60个如图，，老师如果基于背景电荷算，那我基态和激发态优化团簇的结构是不是不能用ONIOM模型来优化，必须对整个团簇优化，那这样的话，所有团簇所有分子都是高级别计算，耗时和内存就会变得巨大，我感觉我们服务器应该跑不动呢。
2.老师，我可以这样么：（1）方法一：仅扣出中心分子和其周围一圈分子来进行oniom基态激发态优化然后算光谱。这样分子少。
（2）方法二：仅扣出中心分子和其周围一圈分子对整体进行用高水平级别基态结构优化，然后扣出中心分子，其他分子做背景电荷，算中心分子吸收，然后基于背景电荷进行中心分子激发态结构优化，算发射。
（3）方法三：扣出中心分子和其周围至少2圈分子来进行oniom基态优化，然后基于背景电荷计算吸收光谱，然后基于背景电荷在进行激发态结构优化，这样就解决了激发态优化文件过大，您看这样可以么？
3.请问老师，我命令free查看的内存单位是什么呢MB么？

再次麻烦您，请您指点学生一下，谢谢
作者
Author: manying    时间: 2022-11-29 13:18
谢谢老师，这边已经成功计算出来，问题的确出在%mem 我得重新设置一下
作者
Author: Crazyfairy    时间: 2022-11-29 21:37
sobereva 发表于 2022-11-28 23:36
说清楚“串行命令输入”指什么
如果你是指--link1--分割的多个子任务的单个gjf文件，没法直接分成多个输 ...

好的，谢谢老师，就是想问下--link1--分割线后面的能不能单独导出的
作者
Author: 小翟w    时间: 2022-11-30 08:54
(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) 请教一下老师，这是我的输入和输出文件，想算出来fchk文件在高斯里看分子轨道，转换出来了，但拖进高斯里一直是这个界面。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-30 09:09
小翟w 发表于 2022-11-30 08:54
请教一下老师，这是我的输入和输出文件，想算出来fchk文件在高斯里看分子轨道，转换出来了，但拖进高斯里一 ...

分清楚Gaussian和GaussView

倘若后者看不了，甭用就完了。用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-30 09:12
a-Student 发表于 2022-11-29 10:35
谢谢您，再次请教您;1.中心原子60个如图，，老师如果基于背景电荷算，那我基态和激发态优化团簇的结构是 ...

用背景电荷时候没法优化，背景电荷的位置又不可能像ONIOM(QM:MM)的MM层原子那样自发调节位置

算激发能/吸收光谱，用背景电荷，还是用ONIOM(QM:MM)结合电子嵌入，只要用的背景电荷和原子电荷是相同的，二者结果完全一样

3 just Google
作者
Author: ccccc丶    时间: 2022-11-30 10:44
标题: 求助关于Gaussian16使用时内存问题
我在使用G16试图计算磁屏蔽时，反复遇到了提示内存不够的问题。自行尝试修改后仍无果，请大家帮忙看一看，谢谢大家！

这是我所使用的linux工作站的配置，目前只有我自己在使用：
                    total        used        free      shared      buff/cache   available
Mem:           251G        7.6G        243G         11M        923M        243G
Swap:          4.0G          0B        4.0G


这是我的输入文件：
%mem=40GB
%nprocshared=28
%chk=A.chk
#p b3lyp/6-311g(d,p) NMR geom=connectivity


test

0 1
C                  0.45428800    2.92101500    0.05078800
N                  0.54554300    1.61408600    0.05078800

......
Bq    -9.835414   -9.915919   -7.575915
Bq    -9.835414   -9.915919   -7.212781

......

这是我的输出文件的报错信息：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd=  322083883675 MxCore=    8053063680)
Use %mem=307164MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /home/c/g16/l103.exe at Wed Nov 30 00:16:14 2022.
Job cpu time:      10 days  4 hours  4 minutes 20.3 seconds.
Elapsed time:       0 days  4 hours 21 minutes 31.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     39 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1



请问我该如何进行设定？


作者
Author: qwqw502    时间: 2022-11-30 10:48
标题: 高斯09软件中计算活性炭与氧化铁的优化频率中基组的选择
  本人是个小白，刚入门高斯不久。在高斯09将活性炭与Fe2O3分子优化计算与频率分析，但是优化过程都出现Convergence failure -- run terminated的错误，通过sob老师的文章（http://sobereva.com/61）也去寻找了解决方法，但是最后还是得出scf不收敛的结果。这边就于是认为是sob老师所说的选用基组的问题，但是选用了挺多基组，类似用赝势基组Fe（sdd），C,H,O(6-31g*）等一些fe基组的改变，都没办法收敛。请各位老师解惑，感谢。
输入文件如下；

%chk=E:\gao\zigzag+Fe2O3(2).chk
#p freq opt b3lyp/genecp

Title Card Required

0 4
C                  4.90582700   -0.24738300   -0.00006200
C                  3.68730300    0.46567200   -0.00003200
C                  2.45883300   -0.25387200   -0.00003300
C                  2.44207800   -1.70019600   -0.00006500
C                  3.70614700   -2.28389100   -0.00009100
C                  4.92905900   -1.64420500   -0.00009000
C                  0.00574500   -0.25087500   -0.00001100
C                 -1.22411400    0.45107400    0.00001900
C                 -2.46120600   -0.25676500    0.00002100
C                 -2.45962700   -1.70706900   -0.00000700
C                 -1.19211500   -2.31438400   -0.00004000
C                  0.04174300   -1.71135500   -0.00004200
C                  1.24874200   -2.52454400   -0.00007200
C                  1.22422300    0.46494900   -0.00000600
C                 -3.71342300   -2.31542600    0.00000500
C                 -4.92296400   -1.67259200    0.00003800
C                 -4.90746100   -0.26616100    0.00006300
C                  1.21795600    1.89342300    0.00002800
C                 -1.22813300    1.88874900    0.00004400
C                 -0.01251500    2.57360300    0.00005100
C                  3.65507600    1.90249600    0.00000500
C                 -3.70221800    0.45033500    0.00005100
C                  2.47551000    2.58590100    0.00003600
C                 -3.67069900    1.89122000    0.00007300
C                 -2.49446400    2.57339400    0.00006800
H                  5.86982200   -2.18752600   -0.00011200
H                  5.84161800    0.30905600   -0.00006400
H                  4.59946100    2.44159600    0.00000900
H                  2.46874400    3.67288100    0.00006800
H                 -0.01573200    3.66134900    0.00006900
H                 -2.49062900    3.66043900    0.00007600
H                 -4.61699900    2.42610400    0.00009200
H                 -5.84858700    0.27955800    0.00009100
H                 -5.86352100   -2.21604200    0.00004900
O                 -3.80570283   -3.80246910   -0.18175073
Fe                -2.65553827   -5.06598681   -0.30551648
Fe                -5.00557346   -4.99159215    0.10280214
O                 -1.67876876   -6.25130063   -0.40366284
O                 -6.02910359   -6.11358284    0.35220786

C H O 0
6-31G*
****
Fe 0
SDD
****

Fe 0
SDD






作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-30 10:50
ccccc丶 发表于 2022-11-30 10:44
我在使用G16试图计算磁屏蔽时，反复遇到了提示内存不够的问题。自行尝试修改后仍无果，请大家帮忙看一看， ...

看清楚板块再发贴，Gaussian又不是第一性原理程序，别发到第一性原理版

提示得很清楚给的内存不够。给内存别那么抠门，干嘛留着内存白浪费，好好把此文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）
作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-30 11:02
qwqw502 发表于 2022-11-30 10:48
本人是个小白，刚入门高斯不久。在高斯09将活性炭与Fe2O3分子优化计算与频率分析，但是优化过程都出现Con ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
说得极其明确
2. 用的结构相对于真实的结构有严重变形，此时电子结构很诡异
3. 搭建的结构异想天开（对体系特征缺乏基本的认识、缺乏结构化学基本常识），或者存在严重不合理性（如该有氢的地方少了氢，用簇模型计算时没有对被截断的共价键进行饱和）
4. 对于过渡金属配合物，自旋多重度设定得不符合实际基态（非基态的情况往往更难收敛）
计算复合结构之前，先搞清楚单体极小点结构什么样
(, 下载次数 Times of downloads: 225)

作者
Author: lomon    时间: 2022-11-30 11:21
标题: 过渡态搜索过程中没有虚频，应该怎么调整结构？
如题，我在进行过渡态搜索的时候，对已经进行完毕的TS结构计算vibration ，结果显示没有虚频，频率范围从几十一百一直到五六千，想请教老师，对于这种情况，我应该按照最大的数调整结构还是按照最小的数调整结构？应该怎么调整？

作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-30 11:29
lomon 发表于 2022-11-30 11:21
如题，我在进行过渡态搜索的时候，对已经进行完毕的TS结构计算vibration ，结果显示没有虚频，频率范围从几 ...

这根本就不是按振动模式调结构的场合

(, 下载次数 Times of downloads: 224)
作者
Author: qwqw502    时间: 2022-11-30 12:18
sobereva 发表于 2022-11-30 11:02
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
说得极其明确

感谢sob老师的解答！这个因为不是我专业的知识，所以现在都是在自学这些内容。请问sob老师，如果要解决现在这个问题是需要重新构筑分子模型吗，是活性炭的结构问题还是氧化铁的结构问题呢，研究作为主题是要探究活性炭吸附汞过程中氧化铁的反应反应机理，所以采用这种方式来构型，活性炭模型的话是查找相关文献中的活性炭模型的，氧化铁的模型则是通过自己查找分子模型构建优化所得
作者
Author: 小翟w    时间: 2022-11-30 12:27
sobereva 发表于 2022-11-30 09:09
分清楚Gaussian和GaussView

倘若后者看不了，甭用就完了。用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完 ...

好，谢谢老师
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-11-30 15:14
qwqw502 发表于 2022-11-30 03:48
本人是个小白，刚入门高斯不久。在高斯09将活性炭与Fe2O3分子优化计算与频率分析，但是优化过程都出现Con ...

此外注意自旋多重度问题，根据配体场理论显然可知，两个高自旋Fe3+组成的体系，基态自旋多重度不可能是4
作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-11-30 16:24
请教老师们，在计算环丁基cC4H7开环异构化为C4H7烯烃自由基势能面的时候，发现优化（ um062x/6-311g(d,p) ）开环过渡态的out文件最后一个<S**2>= 0.7932，接近0.75，应该还是符合0 2的特征；但是利用uCCSD(T)/cc-pVTZ计算单点能的时候，发现最后一个<S**2>= 1.1072，这意味着什么呢？在当前水平下计算的单点还有效吗？
作者
Author: qwqw502    时间: 2022-11-30 20:44
wzkchem5 发表于 2022-11-30 15:14
此外注意自旋多重度问题，根据配体场理论显然可知，两个高自旋Fe3+组成的体系，基态自旋多重度不可能是4

好的，十分感谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-1 05:37
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-30 16:24
请教老师们，在计算环丁基cC4H7开环异构化为C4H7烯烃自由基势能面的时候，发现优化（ um062x/6-311g(d,p)  ...

如果是SCF Done时候显示的，那是HF级别的<S**2>，偏离0.75显著说明HF级别的自旋污染大，但不代表UCCSD(T)的单点结果不好
作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-12-1 09:53
sobereva 发表于 2022-12-1 05:37
如果是SCF Done时候显示的，那是HF级别的，偏离0.75显著说明HF级别的自旋污染大，但不代表UCCSD(T)的单点 ...

好的，谢谢社长
作者
Author: ningchem    时间: 2022-12-1 12:14
各位老师好，我最近在计算苯乙酮pKa时遇到了问题
我在cbs-qb3下计算得到苯乙酮 和 对应去质子化产物的能量分别为 -384.2434 和 -383.6675
在m05-2x下对气相结构进行优化，并SMD下计算单点得到溶剂化能分别为-4.90 kcal 和 -64.60 kcal
这样计算得到的pka为23， 显著大于文献值的19.1

请问我哪一步的计算有问题吗
作者
Author: chands    时间: 2022-12-1 12:27
ningchem 发表于 2022-12-1 12:14
各位老师好，我最近在计算苯乙酮pKa时遇到了问题
我在cbs-qb3下计算得到苯乙酮 和 对应去质子化产物的能量 ...

列出全部数据，包括质子的。
作者
Author: ningchem    时间: 2022-12-1 14:25
chands 发表于 2022-12-1 12:27
列出全部数据，包括质子的。

苯乙酮 气相 m05-2x  -384.84547 a.u.
            SMD m05-2x  -384.85327

去质子后 气相 m05-2x -384.23684
              SMD m05-2x -384.33979

质子气相 -6.28 kcal/mol，溶解能-265.9 kcal/mol，标准态能变1.89 kcal/mol
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-1 15:33
ningchem 发表于 2022-12-1 05:14
各位老师好，我最近在计算苯乙酮pKa时遇到了问题
我在cbs-qb3下计算得到苯乙酮 和 对应去质子化产物的能量 ...

溶剂是什么？如果溶剂和苯乙酮负离子之间有氢键，需要做显式溶剂化
作者
Author: 小翟w    时间: 2022-12-1 19:13
老师们，想请教一下，用fchk文件看分子轨道，图片里我画出来的和nbo出来的log文件里的算出来的轨道的序号是对应的吗，就是log文件里我想看哪个轨道，就在图片里我圈里出来的地方选几吗
作者
Author: qwqw502    时间: 2022-12-1 20:20
感谢各位老师上次的解答，想再次请教下各位老师，之前计算的活性炭与氧化铁吸附的模型，在各位老师的指导下知道是由于fe2o3的基础构型错误导致优化计算不收敛。于是用sob老师给的模型进行构建优化后再参与活性炭的模型进行优化。这边问题是在之前有位老师说自旋多重度错误的问题，于是我就去了解进行优化过程中的自旋多重度怎么判断，查看论坛的各种文章得知金属配合物的自旋多重度可能需要按电子的数目计算多种自旋多重度，单数则为2.4.6.8...计算，双数就为1.3.5.7...计算，选取能量最低的作为基态。那么这里所说的电子数目是指金属配合物还是金属配合物加上共同反应优化的分子电子数目呢，例如我是应该计算fe2o3的电子数判断自旋多重度，还是fe2o3与fe2o3的电子数目判断呢
后面在各位老师帮助下进行构型后，在计算优化过程中，自旋多重度按2.4.6.8...进行计算最终都得出scf不收敛的结果，于是也按自旋多重度1.3.5.7进行计算，但一开始进行优化就fall。不知道是什么问题，或者是需要我在2自旋多重度2.4.6.8..计算下进行scf不收敛的一些其他条件吗
在看资料过程中也看到通过添加#p可看出scf收敛过程中的错误，这请问是通过那些条件看出的呢

%chk=zigzag+Fe2O3.1.chk
#p opt freq b3lyp/genecp

Title Card Required

0 8
C                 -4.93495500   -0.23417700   -0.00000700
C                 -3.71016700    0.45975400   -0.00000600
C                 -2.48093800   -0.26247800    0.00001600
C                 -2.49595700   -1.71646000   -0.00003600
C                 -3.76504700   -2.30012900   -0.00004700
C                 -4.96364000   -1.63937800   -0.00008700
C                  0.00367600   -0.27013700   -0.00001400
C                  1.23362700    0.43878500    0.00007300
C                  2.48006800   -0.25277500    0.00006200
C                  2.48754000   -1.70258100   -0.00000600
C                  1.24992000   -2.33974400   -0.00019100
C                  0.00490800   -1.74034400   -0.00008000
C                 -1.25234800   -2.35098800   -0.00000500
C                 -1.22984900    0.43344500    0.00006900
C                  3.74598600   -2.30945800    0.00006300
C                  4.94902200   -1.66030200    0.00014600
C                  4.92969200   -0.24995900    0.00006200
C                 -1.22013900    1.86753500    0.00002600
C                  1.22577000    1.87531800    0.00021000
C                  0.00396900    2.55003900    0.00014000
C                 -3.65909800    1.89707200   -0.00000300
C                  3.71648200    0.45851300    0.00022900
C                 -2.47382300    2.56605800    0.00010300
C                  3.66870600    1.89793500   -0.00033600
C                  2.48494400    2.56905500   -0.00020400
H                 -5.91030100   -2.17320900   -0.00006100
H                 -5.86589100    0.32762600   -0.00004600
H                 -4.59847100    2.44420000    0.00013400
H                 -2.45609900    3.65300500    0.00052600
H                 -0.00020300    3.63786800   -0.00024900
H                  2.47061900    3.65608600   -0.00075900
H                  4.60894400    2.44376000   -0.00065000
H                  5.86756700    0.30047500   -0.00015400
H                  5.89373000   -2.19739700    0.00019900
Fe                -3.88242584   -5.94748205    0.09689123
Fe                -3.72986090   -3.73039389   -0.27373878
O                 -5.25915503   -4.58851690    0.02451344
O                 -2.33559924   -4.83457562   -0.24395307
O                 -4.00566824   -7.73845201    0.39628718

C H O 0
6-31G*
****
Fe 0
SDD
****

Fe 0
SDD





谢谢各位老师，希望能够得到解答，可能会有基础知识上的错误，如果有非常不好意思，希望能指导出来，非常感谢

作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-1 20:40
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-12-1 13:45 编辑
qwqw502 发表于 2022-12-1 13:20
感谢各位老师上次的解答，想再次请教下各位老师，之前计算的活性炭与氧化铁吸附的模型，在各位老师的指导下 ...

电子数是总体系电子数。你说的方法虽然原则上正确，但是不完整，因为不知道需要试多少个自旋多重度才能试完，必须用配体场理论判断最高需要试到多少，要不然要么可能试漏，要么永远也试不完。（我以前就看到过有人只学了1、3、5、7和2、4、6、8，忽略了后面的省略号，所以试到7就停了，结果实际上正确的自旋多重度是11。而你要是试到11，搞不好实际自旋多重度是15。所以必须从原理上推断最大可能的自旋多重度是多少，这个知识必须有，不能靠盲试来弥补。）如果不懂配体场理论，先找本教材，学透了再来算。实际上如果配体场理论学透了，可能不用试就知道自旋多重度了，或者只需要试2个。举例：两个Fe2+组成的体系，且所有配体都是弱场配体的话，自旋多重度只可能是1或9，所以3、5、7不用试。你的体系我不给你现成结论，自己学会了可以推出来。要不然Fe价态变了或者配体变了的话你又不会判断了。
此外如果体系存在反铁磁耦合，需要用http://sobereva.com/82的方法找到自旋破缺解，否则即使自旋多重度对了结果也是不能用的。所以还要判断你的体系是否存在反铁磁耦合。

最后，这个结构还是不合理，建议查一下文献算Fe2O3是怎么算的，不是说你随手画2个Fe和3个O、随便摆就行了


作者
Author: qwqw502    时间: 2022-12-1 21:13
wzkchem5 发表于 2022-12-1 20:40
电子数是总体系电子数。你说的方法虽然原则上正确，但是不完整，因为不知道需要试多少个自旋多重度才能试 ...

非常感谢老师的解答！知道了该学什么知识就好解答了，这些我会自己去慢慢参透学习的；这边您说结构还是不合理，我是按sob老师上面给的fe2o3单体极小点结构画出第一个图进行优化的，还是不合理吗
作者
Author: XiaoLong.Z    时间: 2022-12-1 21:16
标题: linux无法成功计算文件
(, 下载次数 Times of downloads: 213)
输入文件：
%nprocshared=4%mem=150MW

%chk=ben.chk# opt freq b3lyp/6-31+g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -2.19417401    0.10041686   -0.06855809
C                 -0.79901401    0.10041686   -0.06855809
C                 -0.10147601    1.30816786   -0.06855809
C                 -0.79913001    2.51667686   -0.06975709
C                 -2.19395501    2.51659886   -0.07023609
C                 -2.89155601    1.30839286   -0.06924009
H                 -2.74393301   -0.85190014   -0.06810809
H                 -0.24950601   -0.85209614   -0.06724309
H                  0.99820399    1.30824786   -0.06792409
H                 -0.24893001    3.46881986   -0.06981609
H                 -2.74407701    3.46887986   -0.07118909
H                 -3.99116001    1.30857586   -0.06942009

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 9 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 11 1.0
6 12 1.0
7
8
9
10
11
12
各位老师，麻烦帮我看一下是出了什么问题，总是无法成功运行。



作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-1 21:47
qwqw502 发表于 2022-12-1 14:13
非常感谢老师的解答！知道了该学什么知识就好解答了，这些我会自己去慢慢参透学习的；这边您说结构还是不 ...

sob老师那个是气相里的最稳定结构。如果你实验是把Fe2O3升华成气体，在石墨烯上面做CVD，并且实验表征证明Fe2O3吸附时结构没有变，那可以这么算；但我估计你实验不是这么做的，因为Fe2O3加热到升华温度估计就分解成Fe3O4+O2甚至FeO+O2了。如果是溶液相负载，那就需要查溶液相沉积的Fe2O3的结构是什么样的。
作者
Author: ccx    时间: 2022-12-1 21:57
标题: 优化两个水分子的结构
本帖最后由 ccx 于 2022-12-1 21:58 编辑

小白，尝试优化两个水分子的结构，为什么会出现这样的问题呢
作者
Author: ccx    时间: 2022-12-1 21:59
输出文件

  2. BOOKS ARE LIGHTHOUSES ERECTED IN THE GREAT SEA OF TIME.
  3.      -- E.P.WHIPPLE
  4. Error termination request processed by link 9999.
  5. Error termination via Lnk1e in D:\Gau16\G16W\l9999.exe at Thu Dec 01 21:50:13 2022.
  6. Job cpu time:       0 days  0 hours 10 minutes 15.0 seconds.
  7. Elapsed time:       0 days  0 hours  9 minutes 40.3 seconds.
  8. File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
复制代码
作者
Author: 含光君    时间: 2022-12-1 22:10
结构优化没收敛，参看社长博文《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》（http://sobereva.com/164）
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2022-12-1 22:12
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://sobereva.com/272
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法 http://sobereva.com/164
作者
Author: 含光君    时间: 2022-12-1 22:13
本帖最后由 含光君 于 2022-12-1 22:16 编辑

问题标题表意不明
输入文件注意换行空行
  1. %nprocshared=4
  2. %mem=150MW
  3. %chk=ben.chk
  4. # opt freq b3lyp/6-31+g geom=connectivity

  6. Title Card Required

  8. 0 1
  9. C                 -2.19417401    0.10041686   -0.06855809
  10. C                 -0.79901401    0.10041686   -0.06855809
  11. C                 -0.10147601    1.30816786   -0.06855809
  12. C                 -0.79913001    2.51667686   -0.06975709
  13. C                 -2.19395501    2.51659886   -0.07023609
  14. C                 -2.89155601    1.30839286   -0.06924009
  15. H                 -2.74393301   -0.85190014   -0.06810809
  16. H                 -0.24950601   -0.85209614   -0.06724309
  17. H                  0.99820399    1.30824786   -0.06792409
  18. H                 -0.24893001    3.46881986   -0.06981609
  19. H                 -2.74407701    3.46887986   -0.07118909
  20. H                 -3.99116001    1.30857586   -0.06942009

  22. 1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
  23. 2 3 1.5 8 1.0
  24. 3 4 1.5 9 1.0
  25. 4 5 1.5 10 1.0
  26. 5 6 1.5 11 1.0
  27. 6 12 1.0
  28. 7
  29. 8
  30. 9
  31. 10
  32. 11
  33. 12
复制代码


作者
Author: qwqw502    时间: 2022-12-1 22:32
wzkchem5 发表于 2022-12-1 21:47
sob老师那个是气相里的最稳定结构。如果你实验是把Fe2O3升华成气体，在石墨烯上面做CVD，并且实验表征证 ...

了解了，非常感谢老师的讲解！
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-2 02:49
小翟w 发表于 2022-12-1 19:13
老师们，想请教一下，用fchk文件看分子轨道，图片里我画出来的和nbo出来的log文件里的算出来的轨道的序号是 ...

不对应，此文明确说了
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

强烈建议用Multiwfn基于NBO plot文件看NBO轨道，这是看NBO轨道最好且最简单的方法
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-2 03:56
XiaoLong.Z 发表于 2022-12-1 21:16
输入文件：
%nprocshared=4%mem=150MW

看53L的回复
发帖前好好看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，恰当命名标题
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-2 04:02
ccx 发表于 2022-12-1 21:57
小白，尝试优化两个水分子的结构，为什么会出现这样的问题呢

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

看55L和56L的回复
这种体系opt freq用B3LYP-D3(BJ)比M06-2X是更好的选择，几何优化更容易收敛、出虚频的概率还低，耗时还更低
作者
Author: ccx    时间: 2022-12-2 19:03
sobereva 发表于 2022-12-2 04:02
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的，谢谢老师
作者
Author: 奶啵啵    时间: 2022-12-3 10:23
本帖最后由 奶啵啵 于 2022-12-3 10:52 编辑

请教各位老师一个问题（不好意思，刚才表述不清楚），拿到了一个标准结构以后（文献） (, 下载次数 Times of downloads: 172) ，准备用他做结构优化（PBE0 6-31G(D))，看看能量啥的好往下继续做。可是优化后产生了一定的形变 (, 下载次数 Times of downloads: 181) ，有一个磷酸的位置变得横向了，这。。。。。这不就不标准了，是不是优化后啥样就是啥样了
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-3 10:43
奶啵啵 发表于 2022-12-3 10:23
请教各位老师一个问题，拿到了一个标准结构以后，准备用他做结构优化，看看能量啥的好往下继续做。可是优化 ...

把所有细节交代清楚，仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

你当前含糊其辞的提问根本没法回复
作者
Author: 奶啵啵    时间: 2022-12-3 10:53
sobereva 发表于 2022-12-3 10:43
把所有细节交代清楚，仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
ht ...

不好意社长，以后注意，不会再犯，已经重新编辑
作者
Author: Yjc    时间: 2022-12-3 11:33
请问各位老师，我想把反应物和产物的原子序号进行合理匹配，但是在Edit模块没有找到Connection这个选项，在各帧的显示页面上也没有找到Connection Editor，请问这是怎么回事？谢谢！
作者
Author: chands    时间: 2022-12-3 11:58
Yjc 发表于 2022-12-3 11:33
请问各位老师，我想把反应物和产物的原子序号进行合理匹配，但是在Edit模块没有找到Connection这个选项，在 ...

用GaussView吗？在edit下面有atom list，调整一下就行。
作者
Author: 秦宁    时间: 2022-12-3 12:19
标题: Gaussion Linux安装
我安装LInux版本下的gaussion09E版本式，解压后bsd文件中有g09.profile，但是每次开启终端他都显示找不到，我确认配置路径是对的，但是每次一运行就显示没有g09命令行，这是为什么，我是按照sob老师所写步骤安装的，之前安装都没有问题。
作者
Author: Yjc    时间: 2022-12-3 12:35
chands 发表于 2022-12-3 11:58
用GaussView吗？在edit下面有atom list，调整一下就行。

嗯嗯明白了，谢谢老师指点!
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-3 13:54
秦宁 发表于 2022-12-3 12:19
我安装LInux版本下的gaussion09E版本式，解压后bsd文件中有g09.profile，但是每次开启终端他都显示找不到， ...

把Gaussian默写100遍

提示找不到文件说明就是路径没写对，没有任何其他可能
作者
Author: 吴双    时间: 2022-12-3 21:12
老师 您好，我想用高斯计算一下四丁基溴化铵和四丁基碘化铵中，C16H36N+与Cl-，C16H36N+与Br-，相互作用的强弱。不太确定这块怎么分析，应该对比他们两者的那个数值呢。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-4 01:10
吴双 发表于 2022-12-3 21:12
老师 您好，我想用高斯计算一下四丁基溴化铵和四丁基碘化铵中，C16H36N+与Cl-，C16H36N+与Br-，相互作用的 ...

结合自由能
作者
Author: 天天121    时间: 2022-12-4 12:58
标题: 关于Dalton关键词求助（X1MNF-SO、.ROOTS...）
刚刚接触Dalton软件，组里没有师哥师姐会这个，我想求助一下各位老师，这几个关键词分别是什么意思，谢谢大家
.PROPRT
X1MNF-SO
.PROPRT
Y1MNF-SO
.PROPRT
Z1MNF-SO
.ROOTS
1

作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-5 02:21
天天121 发表于 2022-12-4 12:58
刚刚接触Dalton软件，组里没有师哥师姐会这个，我想求助一下各位老师，这几个关键词分别是什么意思，谢谢大 ...

你这种问法别人只能告诉你RTFM
作者
Author: lr8616    时间: 2022-12-5 14:30
请问计算同一个样品的紫外光谱和荧光光谱的方法需要一致吗？用PBE0计算紫外光谱和实验结果符合的非常好，用同样的方法计算荧光光谱和实验最大波长差了大概60nm，换用PBE38之后与实验相差了大概20nm。不知道是否可以紫外用PBE0算，荧光用PBE38算？还请各位老师指点，谢谢！
作者
Author: 护卫天使    时间: 2022-12-5 16:25
老师好，我想探究羧基与Zn的在水溶液中的结合情况，考虑一个水作为显式溶剂可以吗？
作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-12-5 21:09
请教老师，我想要寻找*CH2-CH2-O-CH2*双自由基脱去一个H原子形成CH2=CH-O-CH2*反应的过渡态，一个方向的IRC显示可以连接到双自由基；但是另一个方向的IRC先经过了脱H产物，但是又发生了突跃，到达了乙烯+甲醛结构。这说明什么呢？是过渡态没找对吗？
作者
Author: lurensan    时间: 2022-12-5 21:20
(, 下载次数 Times of downloads: 219) (, 下载次数 Times of downloads: 219)
各位老师，这篇文章里使用的是什么泛函（N12SX）?，能使用M062X替代吗？
作者
Author: wangyueda    时间: 2022-12-5 23:16
请问下卢老师，如何利用Gaussian计算键能，比如化学键的键能，氢键的键能等等
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-5 23:20
护卫天使 发表于 2022-12-5 09:25
老师好，我想探究羧基与Zn的在水溶液中的结合情况，考虑一个水作为显式溶剂可以吗？

不行，第一配位层必须配满，除非有实验证据证明第一配位层没有配满
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-5 23:23
lr8616 发表于 2022-12-5 07:30
请问计算同一个样品的紫外光谱和荧光光谱的方法需要一致吗？用PBE0计算紫外光谱和实验结果符合的非常好，用 ...

如果审稿人问你造成这个体系紫外适合用PBE0算、荧光适合用PBE38算的物理原因，你能答得上来（也就是说你能说服审稿人你这里算准不是凑出来的，而是从理论上可以解释原因的），那或许可以，但即使这种情况下也意味着一些本来你可以讨论的量不能讨论了，比如不能用计算的吸收和发射波长相减得到Stokes位移。
如果你答不出来，那就不行，需要统一泛函，优先考虑用范围分离泛函或双杂化泛函
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-6 07:56
wangyueda 发表于 2022-12-5 23:16
请问下卢老师，如何利用Gaussian计算键能，比如化学键的键能，氢键的键能等等

公社论坛首页google框搜，都是讨论过无数遍的问题
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-6 07:57
lurensan 发表于 2022-12-5 21:20
各位老师，这篇文章里使用的是什么泛函（N12SX）?，能使用M062X替代吗？

N12SX是非常非主流的泛函，算这类体系没有任何好处，不要效仿
用M06-2X完全可以
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-6 07:59
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-5 21:09
请教老师，我想要寻找*CH2-CH2-O-CH2*双自由基脱去一个H原子形成CH2=CH-O-CH2*反应的过渡态，一个方向的IRC ...

IRC正方向和逆方向跑分成两个任务算，都用guess=read读取TS的波函数
如果你已经是这么做的，减小IRC步长再试
作者
Author: 小翟w    时间: 2022-12-6 08:46
老师好，想请教一下，算静电势时，用的是WFN文件，但软件每次都出来两个，有什么解决的办法吗，或者还有什么别的方法画单体的静电势，老师们，请教一下
作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-12-6 09:33
sobereva 发表于 2022-12-6 07:59
IRC正方向和逆方向跑分成两个任务算，都用guess=read读取TS的波函数
如果你已经是这么做的，减小IRC步长 ...

是的老师，我已经是这样分开读取波函数做的；我设置stepsize=5再看一下；老师再请教您一下，就目前的IRC曲线，突跃前的结构是我期待的脱H产物结构，那么目前的IRC能说明我的过渡态合理吗？
作者
Author: lr8616    时间: 2022-12-6 11:45
wzkchem5 发表于 2022-12-5 23:23
如果审稿人问你造成这个体系紫外适合用PBE0算、荧光适合用PBE38算的物理原因，你能答得上来（也就是说你 ...

我明白了，谢谢您！！
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-6 13:42
小翟w 发表于 2022-12-6 08:46
老师好，想请教一下，算静电势时，用的是WFN文件，但软件每次都出来两个，有什么解决的办法吗，或者还有什 ...

Multiwfn远比你用的程序强大且方便得多

怎么做静电势分析仔细看下文里相关博文
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

对于绘制分子表面静电势图，下文的做法是最快最好的
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

以后诸如此类波函数分析问题一律到1L红字标注的Multiwfn和波函数分析答疑专贴里问

作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-6 13:49
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-6 09:33
是的老师，我已经是这样分开读取波函数做的；我设置stepsize=5再看一下；老师再请教您一下，就目前的IRC ...

TS附近的IRC点变化平滑、合乎你的期望就足以说明
作者
Author: 一昔a    时间: 2022-12-6 14:18
标题: 在进行荧光发射计算的时候出错
本人是Gaussian的初学者，在用一下文件练习激发态计算时出现错误，详细的输入输出文件放在附件里面了简述流程如下：

读取优化好的基态分子再用关键词td opt 优化S1的结构，输入文件如下
%chk=C:\Users\admin\Desktop\gausssian-practise\bi-excited.chk

#p wb97xd def2svp td opt guess=read geom=allcheck

excited fluorescence

0 1


在程序跑了一会后出现报错，截取最后一个模块如下
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.21638301D+02

Leave Link  801 at Tue Dec 06 13:29:22 2022, MaxMem=   104857600 cpu:               0.0 elap:               0.5
(Enter D:\gaussian\G16W\l914.exe)
RHF ground state
Two-electron integrals replicated using symmetry.
MDV=   104857600 DFT=T DoStab=F Mixed=T DoRPA=T DoScal=F NonHer=T
Making orbital integer symmetry assigments:
Orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A)
    12 initial guesses have been made.
Convergence on wavefunction:    0.000001000000000
Davidson Disk Diagonalization:  ConvIn= 1.00D-06 SkipCon=T Conv= 1.00D-06.
Max sub-space:  2000 roots to seek:    12 dimension of matrix:        16354
Iteration     1 Dimension    12 NMult     0 NNew     12
CISAX will form    12 AO SS matrices at one time.
NMat=    12 NSing=    12 JSym2X= 0.
FoFJK:  IHMeth= 1 ICntrl=       0 DoSepK=T KAlg= 0 I1Cent=           0 FoldK=F
IRaf=         1 NMat=      24 IRICut=       1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0 IDoP0=3 IntGTp=3.
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=           0 NGrid=           0
         NMat0=   12 NMatS0=     12 NMatT0=    0 NMatD0=   12 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Symmetry not used in FoFCou.
New state      1 was old state      2
New state      2 was old state      1
New state      3 was old state      4
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.211162340388880
Root      2 :     4.590264901824789
Root      3 :     5.116652158423248
Root      4 :     5.463136788167129
Root      5 :     5.850648016757919
Root      6 :     6.088703014946061
Root      7 :     6.156479335251210
Root      8 :     6.629943137347159
Root      9 :     7.059460351961445
Root     10 :     7.233142238354691
Root     11 :     7.490497215580984
Root     12 :     7.622451957632206
Iteration     2 Dimension    18 NMult    12 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.
Root      1 not converged, maximum delta is    0.089816658888599
Root      2 not converged, maximum delta is    0.039613062399140
Root      3 not converged, maximum delta is    0.341291122618244
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.027684453788422   Change is   -0.183477886600458
Root      2 :     4.094978420305171   Change is   -0.495286481519618
Root      3 :     4.916500250241985   Change is   -0.200151908181263
Iteration     3 Dimension    24 NMult    18 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.
Root      1 not converged, maximum delta is    0.007094963090404
Root      2 not converged, maximum delta is    0.015960205197482
Root      3 not converged, maximum delta is    0.077341082802937
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.023470421431619   Change is   -0.004214032356803
Root      2 :     4.070214617705372   Change is   -0.024763802599798
Root      3 :     4.875451375038837   Change is   -0.041048875203148
Iteration     4 Dimension    30 NMult    24 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.
Root      1 not converged, maximum delta is    0.002391670308846
Root      2 not converged, maximum delta is    0.004116915981913
Root      3 not converged, maximum delta is    0.010375963546525
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.023116039303447   Change is   -0.000354382128172
Root      2 :     4.067490800849839   Change is   -0.002723816855533
Root      3 :     4.872383673351631   Change is   -0.003067701687207
Iteration     5 Dimension    36 NMult    30 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.


本人能力有限，看不出错误在哪里，请教各位这个是什么原因造成的。

作者
Author: 一昔a    时间: 2022-12-6 14:29
基态优化的文件放在这里了，请问有没有可能是，泛函方法不一致导致的呢？

%chk=C:\Users\admin\Desktop\gausssian-practise\bi-absorb.chk

#p m062x def2svp opt freq

[No Title]

  0  1
C 0   -1.353271    1.163269   -0.026610
C 0   -0.674154   -0.001361   -0.020415
C 0    0.674156    0.001360    0.020380
C 0    1.347702    1.168720    0.055119
C 0    0.664442    2.326032    0.048685
C 0   -0.675543    2.323328    0.008136
C 0    1.353272   -1.163269    0.026576
C 0    2.697565   -1.154396    0.067354
C 0    3.366610    0.006793    0.101905
C 0    2.692025    1.165272    0.095753
C 0   -1.347702   -1.168719   -0.055139
C 0   -0.664440   -2.326032   -0.048752
C 0    0.675546   -2.323327   -0.008217
C 0   -2.697565    1.154396   -0.067336
C 0   -3.366613   -0.006794   -0.101824
C 0   -2.692025   -1.165272   -0.095703
H 0    1.190516    3.295738    0.076518
H 0   -1.206243    3.290901    0.003988
H 0    3.273216   -2.095718    0.073179
H 0    4.469130    0.009018    0.135303
H 0    3.263173    2.108907    0.124656
H 0   -1.190513   -3.295737   -0.076601
H 0    1.206246   -3.290900   -0.004099
H 0   -3.273216    2.095718   -0.073147
H 0   -4.469135   -0.009019   -0.135148
H 0   -3.263177   -2.108908   -0.124562
作者
Author: pwzhou    时间: 2022-12-6 14:46
这个就只是windows版本的Gaussian计算不动然后退出了。
换个Linux的机器跑一下这个任务，应该能正常结束。
确实需要在windows下练习的话，换个很小的体系练习，几分钟就结束那种。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-6 15:10
一昔a 发表于 2022-12-6 14:18
本人是Gaussian的初学者，在用一下文件练习激发态计算时出现错误，详细的输入输出文件放在附件里面了简述流 ...

老生常谈

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算，并找管理员告状
作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-12-6 15:11
sobereva 发表于 2022-12-6 13:49
TS附近的IRC点变化平滑、合乎你的期望就足以说明

谢谢老师，按照您说的调小步长后符合预期~
作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-12-6 15:41
请教老师，我想要寻找*CH2-CH2-CH2-O*双自由基分子内H迁移形成CH2=CH-CH2-OH反应的过渡态，其中一个方向的IRC在TS附近是连接到期望的双自由基结构（out文件该结构的<S**2>= 0.9062），但是IRC继续走又到达了乙烯+甲醛结构。老师，①按照您提到的“TS附近的IRC点变化平滑、合乎你的期望就足以说明”是不是可以说明过渡态结构合理？②如果我想要得到IRC端点结构是双自由基的IRC曲线，该怎么做呢？谢谢老师
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-6 15:53
一昔a 发表于 2022-12-6 07:18
本人是Gaussian的初学者，在用一下文件练习激发态计算时出现错误，详细的输入输出文件放在附件里面了简述流 ...

stderr有输出吗？
作者
Author: 一昔a    时间: 2022-12-6 17:26
sobereva 发表于 2022-12-6 15:10
老生常谈

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？

谢谢老师，还是得搞个linux环境练习。
作者
Author: 一昔a    时间: 2022-12-6 17:31
wzkchem5 发表于 2022-12-6 15:53
stderr有输出吗？

不好意思，请问stderr是什么，您是指的输出文件有输出嘛，文件有输出，但是没有结果，应该是卡一半不算了。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-12-6 20:54
一昔a 发表于 2022-12-6 10:31
不好意思，请问stderr是什么，您是指的输出文件有输出嘛，文件有输出，但是没有结果，应该是卡一半不算了 ...

https://en.wikipedia.org/wiki/Standard_streams#Standard_error_(stderr)
这是最最基本的计算机常识
作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-7 02:16
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-6 15:41
请教老师，我想要寻找*CH2-CH2-CH2-O*双自由基分子内H迁移形成CH2=CH-CH2-OH反应的过渡态，其中一个方向的I ...

1 是
2 你先做几何优化，看看到底能否优化出氢迁移的产物，如果都优化不出来，说不定本来那就不是个中间体或产物，而只是一个反应路径的中间阶段的特征



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