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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题答疑专贴

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发表于 2018-6-5 10:16:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
虽然本论坛有专门的Multiwfn板块,但还是老有人问Multiwfn问题的时候跑到量化版的“简单量子化学问题答疑专帖”(http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html),这样不好。

遂这里专门开一个“简单Multiwfn使用问题答疑专贴”。尽管还是鼓励有Multiwfn问题的时候在本版单独发个帖子咨询,但如果是一两句话就能交代清楚的简单问题,也可以在本帖末尾跟帖咨询,Sobereva看到后就一定会回复。

不与Multiwfn程序本身直接相关的而是一般的波函数分析问题也可以在此帖提问。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的问题请单独发帖,别在此帖询问。

初学Multiwfn者必读这两篇文章(内容经常更新):
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184

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Adair + 3 赞!
朙天儿 + 5 coming here soooon. may be a little long
QuantumHan + 5 谢谢Sob
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首席卖萌官

发表于 2018-6-5 15:23:10 | 显示全部楼层
建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”,可以有效地涵盖一些小众向问题
She doesn't love me.
Even so,
my heart has been taken away by her.

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 楼主| 发表于 2018-6-6 04:11:42 | 显示全部楼层
我本是个娃娃 发表于 2018-6-5 15:23
建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”,可以有效地涵盖一些小众向问题


不改
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发表于 2018-6-11 16:18:52 | 显示全部楼层
多谢sob老师新开帖子,关于multiwfn有一些小问题。
请问一下电子密度的最大值ρmax如何获取?能否在multiwfn中绘制这种图形,谢谢
1.png
2.png

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 楼主| 发表于 2018-6-11 18:37:29 | 显示全部楼层
oucli 发表于 2018-6-11 16:18
多谢sob老师新开帖子,关于multiwfn有一些小问题。
请问一下电子密度的最大值ρmax如何获取?能否在multiw ...

“电子密度的最大值ρmax”文中完全没表述清楚。这图看上去就是个普通的电子密度等值面图而已,看Multiwfn手册4.5节绘制各种函数等值面图的例子。

2.png一看就是Multiwfn画的图,怎么绘制平面图,在Multiwfn手册4.4节里一大堆例子
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发表于 2018-6-14 10:11:04 | 显示全部楼层
sob 老师,你好!我在使用multiwfn进行ADNDP分析的时候,发现,当我选择"0 Pick out some candidate orbitals and update occupations of others"时候,如果输入一个数字是代表把这以内的轨道都选择出来。而输入两个数字指的把这两个数字以内的轨道都选择出来,如果我只想选择众多轨道中的一个,应该怎么做呢?比如我只需要第249个?
感谢sob 老师。

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 楼主| 发表于 2018-6-14 19:39:30 | 显示全部楼层
jiaomy0113 发表于 2018-6-14 10:11
sob 老师,你好!我在使用multiwfn进行ADNDP分析的时候,发现,当我选择"0 Pick out some candidate orbita ...

249,249
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发表于 2018-6-14 20:16:50 | 显示全部楼层
Sob老师,我参考 通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容,在分析Mayer键级的时候发现,即便是将bndordthres设为 0.00,也还是有一些键级无法得到。例如附件中的C18-H21。的请问:
1. 这是数值误差导致的吗?在不更换键级类型的情况下,有办法得到键级的数值吗?
2. 对比前后的数值,此处对应的键级应该接近于0,可以认为是0或者通过插值得到数值作为替代吗?
谢谢Sob老师。 3_IRC0172.rar (356 KB, 下载次数: 3)

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 楼主| 发表于 2018-6-15 08:20:48 | 显示全部楼层
终_焉 发表于 2018-6-14 20:16
Sob老师,我参考 通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容,在 ...


这是因为此时Mayer键级出现了负值。你让程序导出bndmat.txt,直接读取这个键级矩阵里相应矩阵元就能看到。或者,你把bndordthres设为一个显著的负值,那么也可以确保大于它的负值都显示出来。
当前只是微小的负值,可以直接当做0看待。负值没有物理意义,是Mayer键级自身定义上的缺陷所致。
如果就是不想出现负值,可以改用Wiberg键级,相当于做Mayer键级之前先把基函数做对称正交化,此时从原理上可以保证所有键级值都不为负。(极个别时候Wiberg键级合理性可能不如Mayer键级)
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发表于 2018-6-15 14:49:59 | 显示全部楼层
Sob老师,您好!
我在用电子激发分析里计算delta_r这一项总是闪退,是什么原因呢?这是fch文件。
谢谢老师!

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 楼主| 发表于 2018-6-15 14:52:08 | 显示全部楼层
elleryliiu 发表于 2018-6-15 14:49
Sob老师,您好!
我在用电子激发分析里计算delta_r这一项总是闪退,是什么原因呢?这是fch文件。
谢谢老 ...


大于500K的文本型文件上传前务必先压缩,你的附件已经被删了
光有fch文件没法计算delta_r,看手册的例子
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发表于 2018-6-15 15:12:37 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-15 14:52
大于500K的文本型文件上传前务必先压缩,你的附件已经被删了
光有fch文件没法计算delta_r,看手册的例 ...

谢谢Sob老师!
我重新看了手册的例子,已经完美解决啦~
以后一定认真看手册大宝典T^T
再次谢谢Sob老师!

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发表于 2018-6-21 18:06:11 | 显示全部楼层
读了Dr. Lu的《谈谈分子体积的计算》的博文,疑问是Multiwfn可否计算 溶剂可及表面(SASA)? 多谢!另外,有机分子的范德华体积和范德华表面积,已在绘制分子表面静电势分布的过程中求得。

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 楼主| 发表于 2018-6-21 18:33:09 | 显示全部楼层
Chenglong_li 发表于 2018-6-21 18:06
读了Dr. Lu的《谈谈分子体积的计算》的博文,疑问是Multiwfn可否计算 溶剂可及表面(SASA)? 多谢!另外, ...

Multiwfn算不了SASA,可以用免费的VMD轻易地计算
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发表于 2018-6-22 15:53:55 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-21 18:33
Multiwfn算不了SASA,可以用免费的VMD轻易地计算

(1)使用Multiwfn将有机化合物保存为*.pdb文件;(2)使用VMD打开该pdb文件;(3)输入set all [atomselect top "all"];(4)输入measure sasa 1.4 $all。不知这样对否?请指教,多谢!
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