简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-5 10:16:40

虽然本论坛有专门的Multiwfn板块，但还是老有人问Multiwfn问题的时候跑到量化版的“简单量子化学问题答疑专帖”（http://bbs.keinsci.com/thread-33965-1-1.html），这样不好。

遂这里专门开一个“简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴”。尽管还是鼓励有Multiwfn问题的时候在本版单独发个帖子咨询，但如果是一两句话就能交代清楚的简单问题，也可以在本帖末尾跟帖咨询，Sobereva看到后就一定会回复。

与Multiwfn程序本身不直接相关的而是一般性且简单的波函数分析问题也可以在此帖提问，我有时间和能力就会回答。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的相对复杂的问题请单独发帖，别在此帖询问。

初学Multiwfn者必读这两篇文章（内容经常更新）：
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2018-6-5 15:23:10

建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”，可以有效地涵盖一些小众向问题

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-6 04:11:42

我本是个娃娃发表于 2018-6-5 15:23
建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”，可以有效地涵盖一些小众向问题

不改

oucli · 发表于 Post on 2018-6-11 16:18:52

多谢sob老师新开帖子，关于multiwfn有一些小问题。
请问一下电子密度的最大值ρmax如何获取？能否在multiwfn中绘制这种图形，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-11 18:37:29

oucli 发表于 2018-6-11 16:18
多谢sob老师新开帖子，关于multiwfn有一些小问题。
请问一下电子密度的最大值ρmax如何获取？能否在multiw ...

“电子密度的最大值ρmax”文中完全没表述清楚。这图看上去就是个普通的电子密度等值面图而已，看Multiwfn手册4.5节绘制各种函数等值面图的例子。

2.png一看就是Multiwfn画的图，怎么绘制平面图，在Multiwfn手册4.4节里一大堆例子

jiaomy0113 · 发表于 Post on 2018-6-14 10:11:04

sob 老师，你好！我在使用multiwfn进行ADNDP分析的时候，发现，当我选择"0 Pick out some candidate orbitals and update occupations of others"时候,如果输入一个数字是代表把这以内的轨道都选择出来。而输入两个数字指的把这两个数字以内的轨道都选择出来，如果我只想选择众多轨道中的一个，应该怎么做呢？比如我只需要第249个？
感谢sob 老师。

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-14 19:39:30

jiaomy0113 发表于 2018-6-14 10:11
sob 老师，你好！我在使用multiwfn进行ADNDP分析的时候，发现，当我选择"0 Pick out some candidate orbita ...

249,249

终_焉 · 发表于 Post on 2018-6-14 20:16:50

Sob老师，我参考通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容，在分析Mayer键级的时候发现，即便是将bndordthres设为 0.00，也还是有一些键级无法得到。例如附件中的C18-H21。的请问：
1. 这是数值误差导致的吗？在不更换键级类型的情况下，有办法得到键级的数值吗？
2. 对比前后的数值，此处对应的键级应该接近于0，可以认为是0或者通过插值得到数值作为替代吗？
谢谢Sob老师。

3_IRC0172.rar (356 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-15 08:20:48

终_焉发表于 2018-6-14 20:16
Sob老师，我参考通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容，在 ...

这是因为此时Mayer键级出现了负值。你让程序导出bndmat.txt，直接读取这个键级矩阵里相应矩阵元就能看到。或者，你把bndordthres设为一个显著的负值，那么也可以确保大于它的负值都显示出来。
当前只是微小的负值，可以直接当做0看待。负值没有物理意义，是Mayer键级自身定义上的缺陷所致。
如果就是不想出现负值，可以改用Wiberg键级，相当于做Mayer键级之前先把基函数做对称正交化，此时从原理上可以保证所有键级值都不为负。（极个别时候Wiberg键级合理性可能不如Mayer键级）

elleryliiu · 发表于 Post on 2018-6-15 14:49:59

Sob老师，您好！
我在用电子激发分析里计算delta_r这一项总是闪退，是什么原因呢？这是fch文件。
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-15 14:52:08

elleryliiu 发表于 2018-6-15 14:49
Sob老师，您好！
我在用电子激发分析里计算delta_r这一项总是闪退，是什么原因呢？这是fch文件。
谢谢老 ...

大于500K的文本型文件上传前务必先压缩，你的附件已经被删了
光有fch文件没法计算delta_r，看手册的例子

elleryliiu · 发表于 Post on 2018-6-15 15:12:37

sobereva 发表于 2018-6-15 14:52
大于500K的文本型文件上传前务必先压缩，你的附件已经被删了
光有fch文件没法计算delta_r，看手册的例 ...

谢谢Sob老师！
我重新看了手册的例子，已经完美解决啦~
以后一定认真看手册大宝典T^T
再次谢谢Sob老师！

Chenglong_li · 发表于 Post on 2018-6-21 18:06:11

读了Dr. Lu的《谈谈分子体积的计算》的博文，疑问是Multiwfn可否计算 溶剂可及表面（SASA）? 多谢！另外，有机分子的范德华体积和范德华表面积，已在绘制分子表面静电势分布的过程中求得。

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-21 18:33:09

Chenglong_li 发表于 2018-6-21 18:06
读了Dr. Lu的《谈谈分子体积的计算》的博文，疑问是Multiwfn可否计算溶剂可及表面（SASA）? 多谢！另外， ...

Multiwfn算不了SASA，可以用免费的VMD轻易地计算

Chenglong_li · 发表于 Post on 2018-6-22 15:53:55

sobereva 发表于 2018-6-21 18:33
Multiwfn算不了SASA，可以用免费的VMD轻易地计算

（1）使用Multiwfn将有机化合物保存为*.pdb文件；（2）使用VMD打开该pdb文件；（3）输入set all [atomselect top "all"]；（4）输入measure sasa 1.4 $all。不知这样对否？请指教，多谢！

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