计算化学公社

标题: 通过氢键结合两种物质如何计算结合能 [打印本页]

作者
Author: Charliewh 时间: 2023-9-12 10:23
标题: 通过氢键结合两种物质如何计算结合能
大家好！想请教一下诸位两种物质结合在一起并不是因为化学反应，而是通过分子间作用力，应该怎么计算他们的结合能？先把A和B分别算出出来，再计算AB在一起么？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-9-12 11:15
本帖最后由牧生于 2023-9-12 11:18 编辑

http://sobereva.com/685

http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

选一个适合你的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 17:18
常规方式：E(AB)-E(A)-E(B)，三个结构分别优化，然后都计算高精度单点能，然后求差。如果和实验对比，对各个物质计算自由能或者焓并求差（看下文），分别得到结合自由能或者结合焓
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

纯粹氢键作用的复合物也可以用下文的做法通过Multiwfn做AIM拓扑分析得到
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: linyushuang 时间: 2023-11-6 10:48

sobereva 发表于 2023-9-12 17:18
常规方式：E(AB)-E(A)-E(B)，三个结构分别优化，然后都计算高精度单点能，然后求差。如果和实验对比，对各 ...

社长，如果算的是结合能而不是结合自由能的话，是将复合物优化好之后，单独对复合物，以及两个分子片段做高精度单点吗？而不是对两个分子片段单独再做一个优化。
另外。结合能和结合自由能具体是有什么区别呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 06:20

linyushuang 发表于 2023-11-6 10:48
社长，如果算的是结合能而不是结合自由能的话，是将复合物优化好之后，单独对复合物，以及两个分子片段做 ...

都优化单体
结合能通常是指电子能量求差得到的
结合自由能显然是指自由能求差得到的

作者
Author: Dolantin 时间: 2024-4-9 20:56

sobereva 发表于 2023-11-7 06:20
都优化单体
结合能通常是指电子能量求差得到的
结合自由能显然是指自由能求差得到的

sob老师您好，我不太明白为什么用电子能量求差算结合能，单体也需要先优化再计算单点，不应该是直接从优化好的复合物中提取出片段直接计算单点吗？您之前在该帖子http://bbs.keinsci.com/thread-11360-1-1.html四楼说的就是直接从复合物中提取出片段不优化直接计算单点

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 03:18

Dolantin 发表于 2024-4-9 20:56
sob老师您好，我不太明白为什么用电子能量求差算结合能，单体也需要先优化再计算单点，不应该是直接从优 ...

不优化片段得到的是复合物结构下的相互作用能
仅当变形能可以忽略不计时，算结合能才可以不优化片段

作者
Author: Dolantin 时间: 2024-4-10 09:41

sobereva 发表于 2024-4-10 03:18
不优化片段得到的是复合物结构下的相互作用能
仅当变形能可以忽略不计时，算结合能才可以不优化片段

明白，感谢指点

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