计算化学公社

标题: Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误 [打印本页]

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-6-9 21:21
标题: Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误
根据这两个帖子求教，Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)和求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化 - 分子模拟（Molecular Modeling） - 计算化学公社 (keinsci.com)
我也把两个itp文件中的[ atomtypes ]剪切到了oplsaa.ff/ffnonbonded.itp中[atomtypes]中,并
保证了开头的[ atomtypes ]部分必须挪到引入forcefield.itp之后,
以及[atomtypes]必须出现在所有[moleculetype]之前
[下图标蓝部分为剪切部分]
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
可是依旧提示:
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
我实在是搞不清楚还有哪里会导致[atomtypes]没有出现在所有[moleculetype]之前
附加如下:
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-9 21:26
老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html
该说的都说了，没有可补充的

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-6-9 21:38

sobereva 发表于 2024-6-9 21:26
老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖
http://bbs.keinsci.com/thread-457 ...

我知道,可我已经按照这个帖子的要求去改了
还有哪里会导致[atomtypes]没有出现在所有[moleculetype]之前?
我哪步是错的?都是照着两个帖子改的

作者
Author: 牧生 时间: 2024-6-9 21:49
本帖最后由牧生于 2024-6-9 21:51 编辑

尝试删除这一些内容。
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
1             3             yes          0.5    0.5

再者，不建议新手用opls。我知道你把ABC和DEF中的原子类型剪切到了 ffnonbonded.itp ，但因为网页返回来的原子的命名有可能改变，或者重复，需要自己重新去编号。
比如你看opls_802，或者opls_803等等，就出现了两次，但对应的是不同的原子。
opls_802   N802    14.0070    0.000    A 3.25000E-01  7.11280E-01
opls_809 H809    1.0080    0.000    A 2.50000E-01  1.25520E-01
opls_808 H808    1.0080    0.000    A 2.42000E-01  1.25520E-01
opls_807 O807    15.9990    0.000    A 2.96000E-01  8.78640E-01
opls_802 C802    12.0110    0.000    A 3.50000E-01  2.76144E-01

用sobtop更好更便捷更傻瓜化。

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-6-9 22:28

牧生发表于 2024-6-9 21:49
尝试删除这一些内容。
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
...

我解决了atomtypes的问题,然后又提示这个
Fatal error:
Syntax error - File ABC.itp, line 8
Last line read:
'[ bonds ]'
Invalid order for directive bonds

崩溃了,

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