计算化学公社

标题: 为大分子pdb生成拓扑文件时出现错误需要如何修改？ [打印本页]

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-18 19:41
标题: 为大分子pdb生成拓扑文件时出现错误需要如何修改？
我在用gmx为大分子pdb生成拓扑文件时出现了如图的错误，需要如何修改该文件呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-18 19:57
-ignh

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 10:00

student0618 发表于 2025-10-18 19:57
-ignh

谢谢老师，我又出现了新问题

请问我生成拓扑文件后，蛋白质出现了两条链，我看网上的讲解中说可用-merge对多条链进行合并，请问这个链以什么键的方式合并有讲究吗？还是说我可以直接全部合并呢？

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 10:06

student0618 发表于 2025-10-18 19:57
-ignh

谢谢老师，问题解决一个但又出现新问题，蛋白质拓扑文件出现多条链时合并的方式有讲究吗，可以直接全部合并吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-19 13:40
是真的有多条链的话直接跑就好。

如果是单链断开被当成多条链、又需要考察整个蛋白的话，先用例如pdbfixer或modeller补缺失残基再跑pdb2gmx。

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 15:17

student0618 发表于 2025-10-19 13:40
是真的有多条链的话直接跑就好。

如果是单链断开被当成多条链、又需要考察整个蛋白的话，先用例如pdbfix ...

老师，如何判断时单链断开还是单条链呢？我打开两条链的拓扑itp文件，发现里面的内容是一样的，这种情况下是单链的残基缺失还是多链呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-19 16:08
用的蛋白pdb是单链还是多条链，在模拟什么体系，这个跑MD前必须要先了解清楚的。

pdb用vmd/pymol/chimera打开看，或者用文本编辑器看是不是有AB链。

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 16:32

student0618 发表于 2025-10-19 16:08
用的蛋白pdb是单链还是多条链，在模拟什么体系，这个跑MD前必须要先了解清楚的。

pdb用vmd/pymol/chimer ...

好滴!谢谢老师~

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 18:14

student0618 发表于 2025-10-19 16:08
用的蛋白pdb是单链还是多条链，在模拟什么体系，这个跑MD前必须要先了解清楚的。

pdb用vmd/pymol/chimer ...

老师，我在能量最小化时出现了如下警告，请问这种情况我继续做下去会对动力学分析有影响吗？我是不是应该增加mdp文件中的nsteps呢？

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 18:52

student0618 发表于 2025-10-19 13:40
是真的有多条链的话直接跑就好。

如果是单链断开被当成多条链、又需要考察整个蛋白的话，先用例如pdbfix ...

老师，我换了新的mdp文件后进行能量最小化出现了如图2的错误，请问这是为什么呢？该如何解决呀？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-19 19:23

XuMon 发表于 2025-10-19 18:52
老师，我换了新的mdp文件后进行能量最小化出现了如图2的错误，请问这是为什么呢？该如何解决呀？

报错信息不完整无法判断，往上先看看warning是什么。

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 19:46

student0618 发表于 2025-10-19 19:23
报错信息不完整无法判断，往上先看看warning是什么。

NOTE 1 [file topol.top, line 51]:
  System has non-zero total charge: 0.002000
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

WARNING 1 [file topol.top, line 51]:
  You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can
  lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low
  dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to
  neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a
  physiological salt concentration.

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-19 20:27

student0618 发表于 2025-10-19 19:23
报错信息不完整无法判断，往上先看看warning是什么。

老师，我根据这个帖子求助，刚学GROMACS，使用grompp命令时，出现了以下错误 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社忽略了这个警告，
然后gmx mdrun能量最小化，其过程中又出现了一个警告，

随后可以看到能量最小化终止，

我看到这个帖子能量最小化问题 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社中说可以先试试看小步长看是否稳妥，于是就先做了限制性动力学100ps，但是在做grompp这一步时出现如图报错，

我确认过我的目录文件中有小分子的itp文件并且文件名也一致，请问这个问题该如何解决呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-19 21:49
posre_LIG2.itp 看起来像小分子position restraint文件, 它在当前目录中吗?
如果没有，用 gmx genrestr 生成该文件

作者
Author: XuMon 时间: 2025-10-20 08:37
本帖最后由 XuMon 于 2025-10-20 09:53 编辑

student0618 发表于 2025-10-19 21:49
posre_LIG2.itp 看起来像小分子position restraint文件, 它在当前目录中吗?
如果没有，用 gmx genrestr 生 ...

是的，确实是小分子的位置限制文件，就在目录中。
老师，这些是我的文件，能不能麻烦您帮我看看呀？我还看了一下别人的topol（GROMACS:Topology include file "MOL.prm" not found - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社），发现我这个内容好少，是这个top文件里需要加入那些和他相比缺失的内容吗？

[url=]topol.top[/url]

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