sobereva 发表于 2025-10-17 16:32
自己写脚本循环

好的 谢谢sob老师

John_Tao 发表于 2025-10-17 12:59
老师您好，请教下如果我想将每个含有O的残基（其实是每个水）独立输出相应的原子序号，应该怎么操作呢~
sa ...

自己写脚本循环

老师您好，请教下如果我想将每个含有O的残基（其实是每个水）独立输出相应的原子序号，应该怎么操作呢~
same residue as name O只能输出所有的
我想要的是例如316-381,381-383这样，每个residue分隔开输出

sobereva 发表于 2024-3-28 20:47
residue：残基编号，从0开始
resid：残基编号，从1开始。若结构文件里有残基号则与之一致

明白了，谢谢老师！

yihanxu 发表于 2024-3-28 18:00
老师好，我想请教一下，为什么同一个残基它的residue 165、但resid 195？resid看起来对同一个蛋白的同一个 ...

residue：残基编号，从0开始
resid：残基编号，从1开始。若结构文件里有残基号则与之一致

老师好，我想请教一下，为什么同一个残基它的residue 165、但resid 195？resid看起来对同一个蛋白的同一个残基是固定的，不同文献中这个蛋白质上的这个残基都是SER195。
谢谢老师！

sobereva 发表于 2024-3-14 10:27
没有结构文件没法回答
这取决于体系里都有什么、原子名、残基名、原子序号范围
根据这些信息自行判断怎 ...

谢谢卢老师，我再上传结构文件在另一个帖子进行求助。老师，我是想用CP2K培训班统计产物脚本时想统计产物CO2和H2O随着时间变化，尝试一段时间后没有成功，麻烦老师有空看看，谢谢老师。

Gzh_NJ 发表于 2024-3-13 15:37
卢老师好，请教下老师我想选择体系中的CO2和N2该如何使用选择语法，谢谢卢老师。

没有结构文件没法回答
这取决于体系里都有什么、原子名、残基名、原子序号范围
根据这些信息自行判断怎么用合适的选择语句

卢老师好，请教下老师我想选择体系中的CO2和N2该如何使用选择语法，谢谢卢老师。

sobereva 发表于 2023-1-30 23:43
我不知道你说的angle.tcl是什么东西

老师您好，是在 http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html 这个帖子里的angle.tcl脚本，内容如下#---------------------------------------------------
set outfile [open angle.dat w]
set select1 "protein and resid 1"
set select2 "protein and resid 2"
set select3 "protein and resid 2"
set select4 "protein and resid 3"
#---------------------------------------------------
set nf [molinfo top get numframes]
set sel1 [atomselect top "$select1"]
set sel2 [atomselect top "$select2"]
set sel3 [atomselect top "$select3"]
set sel4 [atomselect top "$select4"]
for { set i 1 } { $i <= $nf } { incr i } {   
        $sel1 frame $i
        set V1 [measure center "$sel1"]
        $sel2 frame $i
        set V2 [measure center "$sel2"]
        $sel3 frame $i
        set V3 [measure center "$sel3"]
        $sel4 frame $i
        set V4 [measure center "$sel4"]
        set VA [vecsub $V1 $V2]
        set VB [vecsub $V3 $V4]
        set COSAB [expr [vecdot $VA $VB]/([veclength $VA]*[veclength $VB])]
        set ANGLE [expr acos($COSAB)*180/3.1415926]
        puts $outfile "[expr $ANGLE]"
}
close $outfile
puts "All Done!"

Jus 发表于 2023-1-29 22:20
sob老师您好，我是想用angle.tcl脚本计算夹角，这个脚本里是用四个变量来确定两个向量，我想计算的夹角， ...

我不知道你说的angle.tcl是什么东西

sobereva 发表于 2023-1-12 06:36
输入文件里没有明确记录的信息肯定是VMD自己判断的，不清楚的话测试几次就知道了

sob老师您好，我是想用angle.tcl脚本计算夹角，这个脚本里是用四个变量来确定两个向量，我想计算的夹角，是两个原子构成的向量与Z轴形成的夹角。我在前两个select里输入的是resid 691 and type O58和resid 691 and type O119确定的两个原子（我也不确定是不是这样写的），然后剩下的两个select不知道写啥来描述Z轴。
万分感谢老师指点！

ginlpein 发表于 2023-1-11 22:11
社长，想问一下“一般关键词”这一批里面，哪些是直接从原文件中读取的？哪些是读取原子坐标后VMD根据程序 ...

输入文件里没有明确记录的信息肯定是VMD自己判断的，不清楚的话测试几次就知道了