wyfgg 发表于 2022-5-24 20:35
谢谢牧生老师，已经解决了，现在踩到了您当年top和pdb原子类型不匹配这一步，正在研究您的帖子
不过我感 ...

只要你确保确实能对应起来，可以忽略。但也有一个问题，warning末尾有提到more than 20 XXXXXXX,表明还有更多的原子不能匹配，有可能实际上是对的，也有可能不对。你先试试忽略这个警告以后跑一阵，再放进vmd看看有没有异常。

牧生 发表于 2022-5-24 20:03
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
看这个贴子第二楼，第四楼

谢谢牧生老师，已经解决了，现在踩到了您当年top和pdb原子类型不匹配这一步，正在研究您的帖子

使用现成的甲烷水合物跑MD，在能量最小化这一步，原子名就对不上，无法继续 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 - 第2页
http://bbs.keinsci.com/thread-24586-2-1.html

不过我感觉我整体的原子顺序是没问题的，原子类型的顺序对比之后都是对的上的，是不是因为top文件包含原子类型，pdb文件只有元素类型导致的？这样的话可不可以直接 -maxwarn
更新：
看到了Sob老师的帖子6#，直接忽略试试

请问top文件和gro文件的atom name不匹配该怎么办？ - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社
http://bbs.keinsci.com/thread-28342-1-1.html

wyfgg 发表于 2022-5-24 18:44
楼主老师，我现在就卡在您当年这一步，用packmol建立了mix.pdb，合并了top和itp，运行em.mdp提示指定的原 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
看这个贴子第二楼，第四楼

牧生 发表于 2020-8-13 09:45
我也试过使用LigParGen得到了CTAB+的pdb，top, itp等文件，如附件中压缩包内的信息，

楼主老师，我现在就卡在您当年这一步，用packmol建立了mix.pdb，合并了top和itp，运行em.mdp提示指定的原子类型无效

1. '[ atomtypes ]'
   
2. Invalid order for directive atomtypes

复制代码

我也试过使用LigParGen得到了CTAB+的pdb，top, itp等文件，如附件中压缩包内的信息，
CTAB+ atom.zip (52.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

2020-8-13 09:38 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

但是，下一步，我该怎么继续进行呢？

  "产生.itp文件然后include到主.top文件是最好的作法。"这个操作是如何进行的？？

即使认为得到的pdb，gro，top等生成文件就是正确的，那么，我进行能量最小化，

gmx grompp -f em.mdp -c MOL_95525A-PBC.gro -p MOL_95525A.top -o emctab.tpr


其中，em.pdb内容如下


define          = -DFLEXIBLE   
integrator      = steep         
emtol           = 500.0      
emstep          = 0.01         
nsteps          = 1000        
nstenergy       = 1            
energygrps      = System      
nstlist         = 1           
ns_type         = grid         
coulombtype     = PME         
rlist           = 1.0        
rcoulomb        = 1.0         
vdwtype         = cut-off      
rvdw            = 1.0         
constraints     = none         
pbc             = xyz         



得到的结果如下：

  gmx grompp -f em.mdp -c MOL_95525A-PBC.gro -p MOL_95525A.top -o emctab.tpr -maxwarn 2


NOTE 1 [file em.mdp, line 22]:
  em.mdp did not specify a value for the .mdp option "cutoff-scheme".
  Probably it was first intended for use with GROMACS before 4.6. In 4.6,
  the Verlet scheme was introduced, but the group scheme was still the
  default. The default is now the Verlet scheme, so you will observe
  different behaviour.


NOTE 2 [file em.mdp]:
  With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10, with GPUs >= 20. Note
  that with the Verlet scheme, nstlist has no effect on the accuracy of
  your simulation.

Setting the LD random seed to -1039400983

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2019.3
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\grompp.cpp (line 545)


Fatal error:
No molecules were defined in the system       #这个错误，我该如何解决

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------



所谓“然后再合并到一起去”，由于没有实际操作教程流程，我一时间还无法理解。

这种体系本来就不适合用pdb2gmx，除非你把所有分子信息都定义到rtp文件里

这种体系应当用acpype之类程序分别产生各种分子的拓扑信息，然后再合并到一起去
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
Br-在ions.itp里、水在spce.itp里已经有，不需要上述步骤。