使用现成的甲烷水合物跑MD，在能量最小化这一步，原子名就对不上，无法继续

牧生

高处裹棉被 发表于 2022-3-15 22:58
楼主好，我也遇到了同样的问题，想请教一下sob大佬说的方法是什么？

http://bbs.keinsci.com/thread-21676-2-1.html
以及本帖第九楼

faylovesnow

牧生 发表于 2021-8-23 17:32
感谢大佬的帮助。。

我重新调了顺序，使用packmol建立了甲烷水合物+200水分子+10个甲烷分子的盒子，大 ...

我现在已经使用sob老师的方法用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和O-H-H出现。能请教您如何创建对应的top吗？谢谢

牧生

faylovesnow 发表于 2022-8-1 16:49
我现在已经使用sob老师的方法用Multiwfn理顺了pdb中的原子排序。确保了pdb中原子顺序严格按照C-H-H-H-H和 ...

TIP4PICE用这里面的参数就行https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937?from_voters_page=true
甲烷的itp文件，用sobtop可以得到，或者ligpargen也不错

faylovesnow

牧生 发表于 2022-8-1 16:55
TIP4PICE用这里面的参数就行https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937?from_voters_page=true
甲烷的itp文 ...

收到，谢谢您。

faylovesnow

请教一个问题，这里用的三点水模型，计划在能量最小化以后，再转为四点水模型。请问为何如此操作呢？谢谢

牧生

faylovesnow 发表于 2022-8-1 17:11
请教一个问题，这里用的三点水模型，计划在能量最小化以后，再转为四点水模型。请问为何如此操作呢？谢谢

第一种方法：linux下用命令，但这个命令对于原子数从9999到10000的时候，就会因为没有空格而识别不了加虚原子的位点。
cat em.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s     MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro


第二种方法：win下用一个小软件，第七楼，这个是万能的。但这个软件只能正确识别纯水，如果含有CH4或者CO2等，要自己核算真实的加了多少个虚原子（非常简单，有多少个水分子，就加多少个虚原子），从而手动将gro中的原子数量改成真实的原子个数，并使用gmx editconf命令重新把编号理一下。
http://bbs.keinsci.com/thread-9958-1-1.html

faylovesnow

牧生 发表于 2022-8-1 17:19
第一种方法：linux下用命令，但这个命令对于原子数从9999到10000的时候，就会因为没有空格而识别不了加虚 ...

感谢您的科普，又学习到了。
我的本意是想问，为何不开始就使用4点水模型呢？谢谢

牧生

faylovesnow 发表于 2022-8-2 00:11
感谢您的科普，又学习到了。
我的本意是想问，为何不开始就使用4点水模型呢？谢谢

因为文献或软件中得到的水合物为三点水模型的晶胞，所以用三点水模型的水和三点水模型的晶胞一起建立自己想要模拟的盒子，然后在正式MD之前，用命令或者软件，统一转为四点水模型。

也可以先将三点水模型的水合物晶胞转为四点水模型，再用四点水模型的水和四点水模型的晶胞一起建立自己想要模拟的盒子。

我个人还是比较乐意直接就用第一个方法，用Multiwfn建立三点水模型的水合物超胞后，再用packmol建立三点水，超胞，气体的混合物盒子，em之后，统一转为四点水模型，再进行MD

只要在正式MD之前，都是四点水模型，这两种方法本质上没有区别的。

高糕糕

楼主，你好。

我遇到了10L和你一样的问题，请问是11L的回答吗？
问题是原子名不匹配，ffnonbonded.itp中的[ atomtypes ]不是原子类型吗？为什么要这样修改，直接改结构文件里的原子名将其与itp文件里的对应上可以吗？

牧生

高糕糕 发表于 2022-11-8 11:48
楼主，你好。

我遇到了10L和你一样的问题，请问是11L的回答吗？

比如水中氢，和甲烷的氢，实际上就要用不同的参数，它们是不一样的。
保险起见，我就把它们二者名字也改一下进行区别。

高糕糕

牧生 发表于 2022-11-8 12:31
比如水中氢，和甲烷的氢，实际上就要用不同的参数，它们是不一样的。
保险起见，我就把它们二者名字也改 ...

好的，我去试试。谢谢！

Pity

牧生 发表于 2022-11-8 12:31
比如水中氢，和甲烷的氢，实际上就要用不同的参数，它们是不一样的。
保险起见，我就把它们二者名字也改 ...

楼主您好，我也遇到了同样的问题，但我照您11L解决方式更改后会出现原子C_EPM2d NOT FOUND的报错，不知这是怎么回事呢，本人比较小白还请楼主谅解

牧生

Pity 发表于 2023-3-10 23:31
楼主您好，我也遇到了同样的问题，但我照您11L解决方式更改后会出现原子C_EPM2d NOT FOUND的报错，不知这 ...

其实我以前做的不太正确，现在能非常正确的做MD了。

你目前遇到的这个问题，大概率是因为include的内容不太对。。因为你做甲烷水合物，那就使用sobtop得到甲烷的itp，将原子电荷替换为RESP电荷，include甲烷itp和tip4pice水即可。不需要改什么名字。
如果仍有疑惑，把各个文件传上来把

zheng1994517

牧生 发表于 2023-3-11 09:24
其实我以前做的不太正确，现在能非常正确的做MD了。

你目前遇到的这个问题，大概率是因为include的内 ...

老师您好，我也在做类似的研究，但我发现了一个和您之前碰到类似的问题，就是在模拟水合物过程中出现气泡。即使是在纯甲烷和水加水合物的体系中，气泡也十分明显，我怀疑过是因为建模尺寸问题，即溶液部分盒子过大，其中分子过少，导致气泡的出现，但我经过调整后发现也不是这个问题（packmol构建的盒子内水和甲烷的比例为5.75—这是很多水合物生成文献给的比例，然后已经插入到无法插入的情况），看到您这个评论，我想到了另一个问题，是不是甲烷ITP文件的问题呢？因为我的甲烷电荷采用的不是RESP电荷，而是AUTOFF中的1.2×CM5（采用这个的原因是跟采用的OPLS/AA力场拟合性较好），如果我改用RESP电荷是否气泡出现的现象将大大降低？又或许是我温度压力的问题（我NVT的弛豫以及NPT的模拟都是选取的270K 14MPa）？

牧生

zheng1994517 发表于 2024-9-21 19:44
老师您好，我也在做类似的研究，但我发现了一个和您之前碰到类似的问题，就是在模拟水合物过程中出现气泡 ...

如果你预先加入了甲烷水合物的晶胞作为种子，那么是没问题的。
我是直接用gaff+RESP电荷，从没什么问题。用opls+1.2CM5，也应该没问题。
5.75这个比例也没问题。

唯一问题，你这个体系，看起来甲烷用的是联合原子，这个文献中给出过参数，所以你不应该自己去用什么1.2CM5。